Όσο διαρκούσε η ένταση στις σχέσεις Ελλάδας-Τουρκίας εξαιτίας του Κρητικού ζητήματος οι Τούρκοι, στον αγώνα τους κατά του Ελληνισμού, άρχισαν να υποδαυλίζουν τις αξιώσεις των Βουλγάρων για εθνική Εκκλησία, δηλαδή Βουλγαρική Εξαρχία. Οι αξιώσεις αυτές (που ανάγονταν στην περίοδο του Μεσαίωνα) αποτελούσαν μία από τις πολλές ενδείξεις της πολιτιστικής αφύπνισης και του εθνικιστικού κινήματος των Βουλγάρων. Και τα δύο αυτά ρεύματα, που όφειλαν πολλά στο παράδειγμα των Ελλήνων, των Σέρβων και των Ρουμάνων, εκφράστηκαν έντονα κατά τα μέσα του 19ου αιώνα. Ο βουλγαρικός κλήρος είχε ήδη από την εποχή της δεκαετίας του 1820 προβάλει κατά καιρούς το αίτημα να διορίζονται Βούλγαροι και όχι Έλληνες επίσκοποι στις μητροπόλεις της Βουλγαρίας.
Αλλά μόλις το 1856 είχαν λόγους να αρχίσουν να ελπίζουν ότι θα εφαρμοζόταν στην πραγματικότητα η λύση που επιθυμούσαν. Τη χρονιά αυτή ένα τουρκικό μεταρρυθμιστικό διάταγμα (το hati-humayun) έλαβε μέτρα για την αναδιοργάνωση των μη μουσουλμανικών εθνοτήτων και αυτό αναπτέρωσε τις προσδοκίες της βουλγαρικής εκκλησιαστικής κίνησης. Παρ΄όλα αυτά ο Έλληνας πατριάρχης απέρριπτε συνεχώς τα επανειλημμένα αιτήματα για διορισμό Βουλγάρων επισκόπων και την παροχή κάποιας «εθνικής» αυτονομίας, με την αιτιολογία ότι το εκκλησιαστικό δίκαιο δεν αναγνώριζε εθνικές διακρίσεις. Τον Μάρτιο του 1860 όμως η βουλγαρική κοινότητα στην Κωνσταντινούπολη ανακοίνωσε ότι εκτελούσε τα θρησκευτικά του καθήκοντα με την άδεια του σουλτάνου και όχι με την άδεια του πατριάρχη, δίνοντας έτσι το παράδειγμα της ανυπακοής που το ακολούθησαν περίπου τριάντα κοινότητες στις βουλγαρικές επαρχίες.
Σε παρόμοιο σκοπό απέβλεπε και ένα σχέδιο που από πολύ καιρό ευνούσαν η Αυστρία και η Γαλλία, να ιδρυθεί μια βουλγαρική ουνιτική Εκκλησία, που, όπως οι ουνιτικές εκκλησίες της Τρανσυλβανίας τον 19ο αιώνα, θα αναγνώριζε τα πρωτεία της Ρώμης ενώ θα συνέχιζε να παραμένει ορθόδοξη τόσο από δογματική όσο και από λειτουργική άποψη. Η ουνιτική αυτή κίνηση, παρόλο που δεν έκανε στην ουσία και πολλά πράγματα, θορύβησε τους Ρώσους και πάνω από όλα τους πανσλαβιστές, που δεν ήθελαν με κανένα τρόπο τη διείσδυση των καθολικών στη Χερσόνησο του Αίμου. Οι πανσλαβιστές φοβούνταν τη δημιουργία σχίσματος στην ορθόδοξη Εκκλησία και πραγματικά το τελευταίο πράγμα που επιθυμούσαν ήταν να αποξενωθεί ο πατριάρχης. Παρ΄όλα αυτά από σεβασμό προς τους αδελφούς Σλάβους γενικά, αισθάνονταν υποχρεωμένοι να δείξουν κάποια συμπάθεια στις επιδιώξεις των Βουλγάρων.
Τον Ιούλιο του 1860 ο πατριάρχης προσφέρθηκε να κάνει παραχωρήσεις -τον διορισμό ορισμένων Βουλγάρων επισκόπων και τη χρήση της βουλγαρικής γλώσσας στις εκκλησίες και τα σχολεία. Ο Stoyanovich (επίσκοπος που διόρισαν οι αποστάτες ως κεφαλή της Βουλγαρικής Εκκλησίας) δεν αποδέχθηκε τις παραχωρήσεις αυτές. Μόνο ένα πράγμα τον ικανοποιούσε η δημιουργία αυτοκέφαλης Εκκλησίας.
Το 1867 ο πατριάρχης Γρηγόριος Στ΄ προσφέρθηκε να αναγνωρίσει την ύπαρξη αυτόνομης βουλγαρικής Εκκλησίας στην περιοχή που περικλειόταν από τον Δούναβη και την οροσειρά των Βαλκανίων – προσφορά που ο Ignatiev παρότρυνε τους Βούλγαρους ηγέτες να την δεχθούν. Οι ηγέτες όμως που είχαν βάλει στο μάτι τις περιοχές της Ρωμυλίας και της Μακεδονίας αρνήθηκαν να δεχθούν την προσφορά αυτή: ήλπιζαν να αποκομίσουν μεγαλύτερα κέρδη σε διαπραγματεύσεις με τους Τούρκους, οι οποίοι εξαιτίας των εξελίξεων στην Κρήτη είχαν τάση να ευνοήσουν τους Σλάβους της Βουλγαρίας.
Ο Ignatiev κατέβαλε μεγάλες προσπάθειες να προωθήσει μια συμβιβαστική λύση. Έπεισε την Πύλη να καθιερώσει μια μικτή ελληνοβουλγαρική επιτροπή, η οποία με την καθοδήγηση του κατέληξε σε ένα σχέδιο για τη δημιουργία βουλγαρικής εθνικής Εκκλησίας από εβδομήντα τέσσερις μητροπόλεις. Οι τριάντα επτά από αυτές θα υπάγονταν στη διοικητική δικαιοδοσία του πατριάρχη, οι είκοσι πέντε θα διοικούνταν από τον αρχηγό της βουλγαρικής Εκκλησίας, οι τέσσερις από την Εκκλησία της Σερβίας και οι οκτώ θα υπάγονταν στην κοινή διοίκηση Ελλήνων και Βουλγάρων. Ο πατριάρχης απέρριψε αυτό το σχέδιο.
Για να δοθεί τέλος στη διαμάχη, οι Τούρκοι εξέδωσαν στις 11 Μαρτίου 1870 ένα διάταγμα με το οποίο ιδρυόταν αρχικά με δεκαεπτά μητροπόλεις μια Βουλγαρική Εξαρχία, η οποία θα διοικούνταν από έξαρχο που θα τον επέλεγε μία σύνοδος. Στο ίδιο διάταγμα προβλεπόταν ότι μπορούσαν να προσχωρήσουν και άλλες μητροπόλεις στην Εξαρχία, σε όσα μέρη οι κάτοικοι το αποφάσιζαν με πλειοψηφία δύο τρίτων. Ο πατριάρχης τήρησε τελικά ανένδοτη στάση στο ζήτημα και στράφηκε εναντίον της εφαρμογής του μέτρου αυτού. Τον Φεβρουάριο του 1872 χαρακτήρισε τη νέα βουλγαρική Εκκλησία αιρετική, και αργότερα αφόρισε τον Έξαρχο και τους επισκόπους του.
Η ήττα στην Κρήτη και η ίδρυση της βουλγαρικής Εξαρχίας επηρέασε άμεσα τους Έλληνες. Πίσω από τα δύο αυτά χρυπήματα έκριναν ότι κρυβόταν η ύπουλη στάση όχι της Αλβιόνας αλλά της Ρωσίας. Είχαν επιτέλους καταλάβει ότι οι Ρώσοι είχαν σκοπό να εκμεταλλευτούν τους Έλληνες προς όφελος των Σλάβων και κυρίως των Βουλγάρων. Γι΄ αυτό αγωνίστηκαν να κερδίσουν την υποστήριξη της Γαλλίας και της Μεγάλης Βρετανίας για μια νέα πολιτική φιλίας με την Τουρκία.
Αποδοκίμασαν επίσης τις χωριστές προσπάθειες της Ρωσίας να εξαναγκαστεί η Πύλη σε αναγνώριση της ελληνικής υπηκοότητας 300.000 περίπου πρώην Οθωμανών υπηκόων που είχαν με χίλιους δύο τρόπους αποκτήσει πιστοποιητικά ελληνικής πολιτογράφησης. Στο ζήτημα αυτό οι Τούρκοι που ήθελαν να προλάβουν τη επέμβαση των τριών μεγάλων Δυνάμεων, ακολούθησαν μια μέση λύση για να ικανοποιήσουν τους Έλληνες: ίδρυσαν μικτές επιτροπές έρευνας, ώστε να μη θίγεται ουσιαστικά το status quo.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους
Με πληροφορίες από: Η ενοποίηση της Ελλάδας, Douglas Dakin