Σε συνδυασμό με τις πολεμικές δράσεις στην Κεντρική και Νότια Αμερική θα συμβεί μια καταστροφή ανθρώπων που δεν έχει ξαναγραφεί στα παγκόσμια χρονικά. Οι περιοχές που κατέκτησαν οι Ισπανοί και οι Πορτογάλοι ήταν εξαιρετικά πυκνοκατοικημένες στα σημεία των Άνδεων, στις περιοχές των Ίνκας, των Αζτέκων. Επομένως, εκεί οι Ισπανοί βρήκαν ανθρώπινο υλικό πολυάριθμο, το οποίο δεν είχε εξοικείωση με τις ασθένειες των Ευρωπαίων.

Αυτή η περιοχή ήταν απομονωμένη, δεν είχε επαφές με την Ευρώπη, την Ασία, την Αφρική και τις ασθένειες που υπήρχαν εκεί. Δεν είχαν επομένως αντισώματα στα σώματα των Αμερικανών προκολομβιανών κατοίκων. Και επιπλέον, επειδή δεν είχαν εξημερώσει ζώα, εκτός από τη γαλοπούλα και το λάμα, δεν ζούσαν κοντά στα ζώα, στενά, όπως ζούσαν οι γεωργοί και οι κτηνοτρόφοι των περιοχών της Ευρασίας και της πρώιμης γεωργίας.
Αυτή η ήπειρος δεν γνώριζε ασθένειες όπως: η ευλογιά, ο τύφος, η γρίπη, η ιλαρά, που, πολλές από αυτές, προέρχονται από τη στενή επαφή του ανθρώπου με τα ζώα. Έτσι, οι Ισπανοί οι οποίοι ήρθαν εδώ μετέφεραν ασθένειες που για τον παρθένο σε αυτές τις ασθένειες οργανισμό των κατοίκων της προκολομβιανής Αμερικής ήταν καταστροφικές. Οι άνθρωποι πέθαιναν σαν τις μύγες από αυτές τις ασθένειες. Υπολογίζεται ότι μέσα σε λίγες δεκαετίες, από την εμφάνιση των Κονκισταδόρες, χάθηκε πάνω από το 80% του πληθυσμού αυτών των περιοχών. Πρόκειται για μία ανθρώπινη καταστροφή που δεν μπορεί να συγκριθεί στο μέγεθός της με άλλες.
Εκτός από αυτό, οι Ισπανοί βέβαια εφάρμοσαν και μια ανήκουστη βία απέναντι σε αυτούς τους ανθρώπους, τους οποίους και είχαν διαγράψει κιόλας από τον χάρτη, λόγω του ότι τους είχαν φορτώσει τη βαριά εικόνα που είδαν των θυσιών, των ανθρωποθυσιών και της ανθρωποφαγίας. Η Κεντρική και Νότια Αμερική είναι η πιο ανθρωποφαγική περιοχή στην ανθρώπινη ιστορία. Πράγματι, αυτός ο παράγοντας υπήρχε.
Αλλά με τη σειρά τους οι Κονκισταδόρες θα κάνουν τις δικές τους αγριότητες, που οι αγριότητες αυτές στοχεύουν σε δύο πράγματα. Το ένα είναι υλικό: αξιοποίησαν αυτούς τους ανθρώπους ως εργατικό δυναμικό σε ανήκουστες συνθήκες εργασίας. Δεν τους ενδιέφερε αν πέθαιναν από την πολλή δουλειά· αμέσως τους αντικαθιστούσαν με άλλους στα ορυχεία του αργύρου και του χρυσού, για να φορτώνουν τις καραβέλες τους με χρυσό και να τις στέλνουν στην πατρίδα τους, την Ισπανία.
Ευτυχώς δεν εξολοθρεύτηκαν όλοι οι κάτοικοι της Κεντρικής και Νότιας Αμερικής, γιατί προστατεύτηκαν κάποιοι πληθυσμοί από τη μεγάλη ποικιλία του γεωφυσικού αναγλύφου, δηλαδή το πολύ μεγάλο ύψος των Άνδεων, τα βαθιά δάση. Σε τέτοια τοπία διεσώθησαν ολόκληρες φυλές και μεμονωμένα άτομα.
Η μία πίεση που έφερε και μαζικές καταστροφές ζωών ήταν η αξιοποίηση του ανθρώπινου δυναμικού μέχρι θανάτου στα ορυχεία του αργύρου και του χρυσού. Και η άλλη πηγή αγριοτήτων απέναντι στους ντόπιους είχε θεία κατεύθυνση, διότι οι Ισπανοί θεώρησαν ότι είναι υποχρέωσή τους να αναγκάσουν με ανήκουστη βία τους ντόπιους κατοίκους να γίνουν χριστιανοί.