Οι προτεστάντες κατηγορούσαν την Καθολική Εκκλησία: Ότι εκμεταλλεύεται τους πιστούς, ότι τους αφήνει στην αμάθεια, ότι τους αφήνει μέσα στη δεισιδαιμονία, ότι τους παρουσιάζει δήθεν κόκαλα αγίων για να τους παγιδεύει, ότι χρησιμοποιεί τα μοναστήρια για να βολεύει τους δικούς της ανθρώπους και για τους νεποτισμούς της και για τα μέσα της και για τη διαφθορά της, ότι το μόνο που σκέφτεται είναι το χρήμα, ότι έπαψε να έχει σχέση με τα κηρύγματα του Ιησού και την αγάπη και τη συμπόνια κ.λπ. και έχει γίνει ένας χώρος λεηλασίας και απληστίας χρηματικής -αυτές ήταν οι κατηγορίες των προτεσταντών.
Η Καθολική Εκκλησία στη δεκαετία του 1530 αποφάσισε να αντιμετωπίσει τις κατηγορίες και μπήκε στη διαδικασία που λέγεται «αντιμεταρρύθμιση». Σε τι συνίστατο αυτή η Αντιμεταρρύθμιση; Είναι μια σειρά συνεδρίων και σεμιναρίων και συνόδων που έκανε η Καθολική Εκκλησία. Ονομάζεται Σύνοδος του Τριδέντο, διότι όλα αυτά έγιναν στην περιοχή Τριδέντουμ, Τρέντουμ (Tridentum, Trentum), στη βόρεια Ιταλία. Ήταν μια πολύ μακρά διαδικασία, διήρκησε από τη δεκαετία του 1530 έως τη δεκαετία του 1560.
Το αποτέλεσμα των αποφάσεων της Συνόδου του Τριδέντο είναι: Πρώτον, να αλλάξει η δομή της Καθολικής Εκκλησίας. Η Καθολική Εκκλησία παραμένει υπό ένα Πατριαρχείο, δεν απέκτησε ποτέ περισσότερα Πατριαρχεία, αλλά γίνεται πιο αποκεντρωμένη έτσι ώστε να μπορεί να εκφράζεται και η άποψη των πιστών και των κατωτέρων στελεχών της Εκκλησίας και έτσι να γίνει η Καθολική
Εκκλησία πιο ευέλικτη, πιο πλούσια και πιο ταχεία στο να εισπράττει τις αλλαγές και τις απόψεις των χαμηλοτέρων στρωμάτων ανθρώπων και των ίδιων των πιστών της και αυτό το έκανε. Έκανε μια πολύ μεγάλη αναδιάταξη, που μέχρι σήμερα συνεχίζει να την εμβαθύνει.
Το δεύτερο το οποίο απάντησε είναι οι παρακάτω κατηγορίες: Ότι θέλουν τους πιστούς αμαθείς. Η απάντησή είναι ότι η Καθολική Εκκλησία θα γίνει ο μεγαλύτερος φορέας παιδείας στον κόσμο. Η Καθολική Εκκλησία θα δημιουργήσει παντού σχολεία, σε όλη τη Γη -όχι μόνο στην Ευρώπη, όχι μόνο στην Αμερική, αλλά σε όλη τη Γη.
Επίσης τους κατηγορούν ότι είναι διεφθαρμένοι. Ότι τα μόνο που τους απασχολεί είναι οι πολυτέλειες. Η Καθολική Εκκλήσια απάντησε με τη μεγαλύτερη ιεραποστολική δράση που θα είχε γνωρίσει η ανθρωπότητα. Ο καθολικισμός θα βρεθεί σε όλη τη Γη και θα στήσει σε όλη τη Γη: σχολεία, νοσοκομεία, ορφανοτροφεία και θα είναι δίπλα στις ανάγκες των ανθρώπων. Αφού πάρθηκε αυτή η απόφαση, στη Σύνοδο του Τριδέντο, αμέσως μπήκε σε εφαρμογή μία ευρεία οργάνωση ιεραποστολικών σωμάτων.
Η Καθολική Εκκλησία είχε παράδοση σε ιεραποστολικά σώματα, πολλά εκ των οποίων τα αναδιαμόρφωσε τώρα κι άλλα δημιούργησε εξαρχής. Ο κύριος βραχίονας αυτής της δράσης της θα γίνει ένα σώμα που ονομάζεται Ιησουίτες -από τη λέξη Ιησού- που αποτελούνταν κυρίως από Ισπανούς και Γάλλους ιερωμένους, πολύ υψηλής μόρφωσης, οι οποίοι και θα στέλνονταν στις δυσκολότερες αποστολές.
Επίσης αξιοποιήθηκαν Βενεδικτίνοι, Δομινικανοί, Ουρσουλίνες, Καπουτσίνοι, Φραγκισκανοί. Τα σώματα δηλαδή τα οποία διέθετε η Εκκλησία, τα αναδιαμόρφωσε κι έστειλε σε όλη τη Γη ιεραποστόλους. Πριν πάνε στο οποιοδήποτε σημείο στο οποίο αποστέλλονταν, μάθαιναν τη γλώσσα του τόπου, επίσης έπαιρναν μαθήματα κάποιου τύπου ιατρικών γνώσεων και έφευγαν και εγκαθίσταντο στα διάφορα μέρη που εγκαθίσταντο.
Ανάμεσα σε αυτά ήρθαν και στα ελληνικά εδάφη, τέλος του 16ου αιώνα και στον 17ο αιώνα τα νησιά του Αιγαίου -τα νησιά μας, στην Τήνο, στην Σύρο, στη Νάξο, στην Πάρο, στη Σαντορίνη, στην Κίμωλο, στη Χίο, στα παράλια της Ιωνίας στη Σμύρνη, στην Κωνσταντινούπολη, στο Ναύπλιο, στην Αθήνα, στην Πάτρα- παρουσιάστηκαν ομάδες ιεραποστόλων, καθολικών ιεραποστόλων, οι οποίοι έκαναν το έργο, που είχε αποφασίσει η σύνοδος του Τριδέντο, δηλαδή να προσφέρουν.
Ντυμένοι ιεραπόστολοι: με ένα πανί, σανδάλια στα πόδια, δηλαδή εικόνα του πιο σεμνού ανθρώπου που παρέπεμπε στην Παλαιά Διαθήκη, που να μην έχει τίποτα κοινό με την πολυτελή ζωή, οι οποίοι στις περιοχές που εγκαθίσταντο δημιουργούσαν σχολεία, δημιουργούσαν δομές κοινωνικών παροχών, χωρίς να κάνουν προσηλυτισμό ανοιχτό. Δηλαδή τα σχολεία που έχτισαν οι Ιησουίτες στα νησιά μας (στη Νάξο, στην Τήνο, στη Σύρο κ.λπ.) δίδασκαν στην ελληνική γλώσσα, δίδασκαν και Γαλλικά και Ιταλικά αλλά δεν δίδασκαν καθολικισμό.
Όμως περνούσαν τον καθολικισμό μέσα από το παράδειγμά τους, από το ηθικό παράδειγμα, από τη δράση τους. Τέτοια δράση έγινε σε όλον τον κόσμο και πράγματι η Καθολική Εκκλησία μετατράπηκε σε ναυαρχίδα τέτοιων δράσεων ιδιαίτερα στις καθολικές χώρες. Όποιος χρειάζεται οτιδήποτε απευθύνεται στην Καθολική Εκκλησία και η εκεί ενορία θα βρει λύσεις.
Αυτά ήταν η απάντηση του καθολικισμού στην επίθεση του προτεσταντισμού. Το αποτέλεσμα είναι ο καθολικισμός να κρατήσει δυνάμεις. Ενώ φάνηκε αρχικά ότι θα καταποθεί από τον προτεσταντισμό, αντ’ αυτού ο καθολικισμός κράτησε δυνάμεις. Αν όλοι οι χριστιανοί είναι πάνω από δύο δισεκατομμύρια, το ένα δισεκατομμύριο περίπου είναι καθολικοί, δηλαδή στον χριστιανισμό το 50% των πιστών αυτής της τεράστιας θρησκείας είναι καθολικοί. Οι προτεστάντες καλύπτουν το 37% του χριστιανικού κόσμου, η Ορθοδοξία καλύπτει το 12% περίπου του χριστιανικού κόσμου. Αυτές είναι οι τρεις μεγαλύτερες ομάδες χριστιανών κι από κει και πέρα μένουν κάποια λίγα εκατομμύρια τα οποία καλύπτονται από πάρα πολλές μικρές ομάδες.