Τον Λέοντα Δ’ διαδέχθηκε ο δεκάχρονος Κωνσταντίνος Στ’ ο οποίος, επειδή ήταν ανήλικος επιτρεπόταν από τη μητέρα του Ειρήνη. Η Ειρήνη λίγο μετά την άνοδο της στο θρόνο αντιμετώπισε με επιτυχία μια συνωμοσία που είχε εξυφάνει ο καίσαρας Νικηφόρος, αδελφός του Λέοντα Δ’.
Το 784 μετά τη διάλυση των κινδύνων και από τη Δύση (Σλάβοι) και από την Ανατολή (Άραβες), η Ειρήνη άρχισε να σκέφεται την αναστήλωση των εικόνων. Μέχρι τώρα είχε πολιτευτεί συμβατικά, δεν είχε καταδιώξει κανέναν, είχε επαναφέρει τους εξόριστους εικονολάτρες και είχε αφήσει ελεύθερη την θρησκευτική συνείδηση.
Έπρεπε πρώτα να ρυθμιστεί το ζήτημα του Οικουμενικού Πατριάρχη. Ο εικονομάχος πατριάρχης πείστηκε να παραιτηθεί. Τότε εξελέγη πατριάρχης ο αφοσιωμένος εικονολάτρης και γραμματέας της αυτοκράτειρας Ταράσιος, ο οποίος αναγνωρίστηκε και από τον Πάπα. Μετά την χειροτονία του Ταράσιου ως πατριάρχη και με υπόδειξη του άρχισαν προετοιμασίες για την σύγκληση οικουμενικής Συνόδου, που θα είχε ως σκοπό να ακυρώσει τις αποφάσεις της εικονοκλαστικής Συνόδου του 754 και να αποκαταστήσει την λατρεία των εικόνων. Η Σύνοδος συνεκλήθη τον Ιούλιο του 786 στο ναό των Αγίων Αποστόλων της Κωνσταντινούπολης. Μόλις όμως άρχισαν οι εργασίες οι στρατιώτες της αυτοκρατορικής φρουράς, που ήταν πιστοί στις εντολές του αυτοκράτορα, όρμησαν με υψωμένα τα ξίφη στο ναό και διέλυσαν τη Σύνοδο.
Όμως η αυτοκράτειρα Ειρήνη δεν ήταν από τους ανθρώπους που υποχωρούν εύκολα. Αφού απομάκρυνε από την Κωνσταντινούπολη τα εικονομαχικά στρατεύματα ώστε να μην γίνονται εμπόδιο στα σχέδια της, προετοίμασε και συνεκάλεσε πάλι Σύνοδο όχι στην πρωτεύουσα, αλλά στη Νίκαια της Βιθυνίας, εκεί όπου είχε συγκληθεί και η Α’ Οικουμενική Σύνοδος. Έτσι, η Ζ’ Οικουμενική Σύνοδος συνήλθε τον Σεπτέμβριο του 787, καταδίκασε την εικονομαχία ως αίρεση, κήρυξε άκυρη τη Σύνοδο της Ιέρειας του 754 και καθιέρωσε την προσκύνηση και όχι τη λατρεία των εικόνων.
Η λύση του προβλήματος της Εικονομαχίας έφερε την ποθητή προσέγγιση με τους υπόλοιπους πατριάρχες (Ιεροσολύμων, Αλεξανδρειας καιΑντιόχειας) και με τον Πάπα, ο οποίος ονομάζει σε μια επιστολή του την Ειρήνη «νέα Ελένη». Η Σύνοδος μάλιστα έλυσε και δογματικά το ζήτημα με βάση τη διδασκαλία του Ιωάννη του Δαμασκηνού, σύμφωνα με την οποία η τιμητική προσκύνηση των εικόνων δεν απευθύνεται στο ξύλο και στο χρώμα αλλά στο εικονιζόμενο πρόσωπο που παριστάνεται δηλαδή στον άγιο. Όσο για τη λατρεία αυτή ανήκει μόνο στον Θεό.
Εν τω μεταξύ οι Άραβες και οι Βούλγαροι ξεκίνησαν νέες επιδρομές τις οποίες η Ειρήνη δεν κατάφερε να αναχαιτίσει. Οι στρατιωτικές αποτυχίες της Ειρήνης προκάλεσαν την αγανάκτιση του στρατού και των μικρασιατικών θεμάτων και επευφήμησαν ως μόνο αυτοκράτορα τον Κωνσταντίνο Στ’ και η Ειρήνη αναγκάστηκε να αποσυρθεί σε ιδιαίτερα ανάκτορα που είχε χτίσει στην Κωνσταντινούπολη. Ο νεαρός Κωνσταντίνος Στ’ εξεστράτευσε τότε κατά των Βουλγάρων αλλά επειδή δεν είχε καλά προετοιμάσει τον στρατό του νικήθηκε στο φρούριο Μαρκέλλες (792). Στη μάχη αυτή έπεσε ηρωικά ο στρατηγός Μιχαήλ Λαχανοδράκων.
Ο Κωνσταντίνος ήταν αφελής, καλόψυχος και συναισθηματικός. Γι΄αυτό έκανε το σφάλμα να δεχθεί ξανά την Ειρήνη στα ανάκτορα ως συμβασίλισσα. Η Ειρήνη άρχισε ξανά τις ραδιουργίες της. Σειρά γεγονότων προκάλεσαν τη δυσαρέσκεια και του λαού και του στρατού απέναντι στον Κωνσταντίνο Στ’. Σιγά σιγά έγινε αντιδημοτικός προς μεγάλη χαρά της μητέρας του, η οποία προσπαθούσε με κάθε τρόπο να τον παραμερίσει. Ο Σταυράκιος οργάνωσε συνωμοσία, συνέλαβε τον Κωνσταντίνο, τον έκλεισε στα ανάκτορα και τον τύφλωσαν μέσα στο δωμάτιο, όπου γεννήθηκε (Πορφύρα). Ακολούθησε μια πενταετία κατά την οποία η Ειρήνη κυβέρνησε μόνη της χωρίς συμβασιλείς.
Το τέλος της Ειρήνης υπήρξε περίεργο. Ο βασιλιάς τον Φράγκων Κάρολος ο Μέγας, φού πρώτα στέφθηκε στη Ρώμη από τον Πάπα (Χριστούγεννα του 800), σκέφτηκε να ενώσει τη Δύση (Δυτική Ευρώπη) με την Ανατολή (Βυζαντινή Αυτοκρατορία) και να ονομαστεί αυτοκράτορας των Ρωμαίων. Αντί όμως να αρχίσει πολέμους, επεδίωξε να πετύχει την ένωση παίρνοντας γυναίκα του την Ειρήνη. Για το σκοπό αυτό έστειλε πρεσβευτές στην Κωνσταντινούπολη. Η φιλόδοξη βασίλισσα θα δεχόταν πιθανότατα, αν δεν την εμπόδιζε ο στρατηγός Αέτιος και άλλοι πολιτικοί και στρατιωτικοί της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας, επειδή φοβήθηκαν ότι με αυτόν τον τρόπο θα υποταχθεί το Βυζάντιο στη Δύση.
Οργάνωσαν λοιπόν συνωμοσία εναντίον της αυτοκράτειρας και στις 31 Οκτωβρίου 802 οι συνωμότες πολιόρκησαν με στρατιωτική δύναμη την Ειρήνη στα ανάκτορα, όπου βρισκόταν άρρωστη και αναγόρευσαν αυτοκράτορα το Νικηφόρο, ο οποίος στέφθηκε αμέσως στην Αγιά Σοφιά από τον πατριάρχη Ταράσιο. Ο νέος αυτοκράτορας εξόρισε την Ειρήνη στη νήσο της Προποντίδας Πρίγκιπο. Μετά από λίγες μέρες τη μετέφεραν στη Λέσβο, όπου μετά από ένα χρόνο πέθανε εκεί άδοξα (9Αυγούστου 803). Μετά την εκπόνιση της Ειρήνης έσβησε η δυναστεία των Ισαύρων, η οποία έδωσε στο Βυζάντιο δύο λαμπρούς αυτοκράτορες τον Λέοντα Γ’ και τον Κωνσταντίνο Ε’.
