Η οθωμανική κυριαρχία, εδραιωμένη σταθερά, προσδιόριζε τη διαμόρφωση της πολιτικής, κοινωνικής και οικονομικής ζωής στα νησιά του Αιγαίου. Η οικονομική άνοδος των νησιών του Αιγαίου πελάγους, ιδιαίτερα μετά τα μέσα του 18ου αιώνα, οφείλεται στα προνόμια που χορηγήθηκαν στα περισσότερα από αυτά αμέσως μετά την κατάλυση της βενετικής κυριαρχίας ή ανανεώθηκαν αργότερα.
Παραχωρήθηκε απόλυτη ελευθερία στους νησιώτες σε ό,τι αφορούσε τη λατρεία, μειώθηκαν ή καταργήθηκαν βαθμιαία ορισμένοι φόροι, αν και δεν έλειψαν οι αυθαίρετοι φόροι που επέβαλλαν μικροί ή μεγάλοι αξιωματούχοι και οι οποίοι ήταν συχνά δυσβάστακτοι, αναγνωριζόταν η διαιτησία ανάμεσα στους χριστιανούς, απαγορευόταν η εγκατάσταση γενιτσάρων στα νησιά. Ελάχιστοι Τούρκοι υπάλληλοι -κυρίως ο μπέης και ο καδής- αποτελούσαν, εκτός από σπάνιες εξαιρέσεις μεγάλων νησιών, τους μόνους εκπροσώπους της οθωμανικής εξουσίας, γεγονός που επηρέασε αποφασιστικά όχι μόνο τη δημογραφική, αλλά και την οικονομική εξέλιξη και τους θεσμούς της αυτοδιοίκησης.
Το καθεστώς όμως των νησιών δεν ήταν ενιαίο και ομοιόμορφο σε όλα τα νησιά του Αιγαίου. Ενότητα διοικητική αποτελούσαν τριάντα τέσσερα νησιά, που είχαν υπαχθεί στην δικαιοδοσία του αρχιναυάρχου του τουρκικού στόλου (καπουδάν πασά) από τα μέσα του 17ου αιώνα. Τα νησιά αυτά ήταν οι Κυκλάδες, τα νησιά του Αργολικού κόλπου και του Σαρωνικού, οι Σποράδες, τα Ψαρά, από τα Δωδεκάνησα μόνο η Πάτμος, η Κάσος και η Αστυπάλαια, και στην είσοδο του Παγασητικού κόλπου το νησί Τρίκερι.
Σε μερικά νησιά η δικαιοδοσία του καπουδάν πασά ήταν περιορισμένη. Η Τήνος που περιήλθε στην οθωμανική αυτοκρατορία το 1715, παραχωρήθηκε σαν τιμάριο στη σύζυγο του σουλτάνου και αργότερα στον διευθυντή του νομισματοκοπείου ως το 1805. Στα τελευταία δεκαπέντε χρόνια της τουρκοκρατίας τα εισοδήματα του νησιού καταβάλλονταν στον δεφτερδάρη, τον αρμόδιο αξιωματούχο για τα σουλτανικά έσοδα.
Παρά την οικονομική εξάρτηση από άλλους αξιωματούχους της Πύλης, ο καπουδάν πασάς αναμειγνυόταν στη διοίκηση της Τήνου, όπως συνέβαινε και με την Άνδρο, την οποία ο σουλτάνος είχε παραχωρήσει σε μπέη ή σε αγά για την είσπραξη των φόρων ως μέσα του 18ου αιώνα, όταν παραχωρήθηκε στην βαλιντέ σουλτάνα (μητέρα του σουλτάνου) και ύστερα από το 1803 στον διευθυντή του νομισματοκοπείου. Ανάλογη με τη θέση των δύο αυτών νησιών ήταν και αυτή της Σύρου, με κάποιες μικρές διαφορές.
Στα άλλα νησιά του Αιγαίου της δικαιοδοσίας του καπουδάν πασά η εξουσία του ήταν απόλυτη. Ο Τούρκος αυτός αξιωματούχος που η θέση του ήταν μία από τις σημαντικότερες στην ιεραρχία της Πύλης, ώστε να διορίζει και καθαιρεί «κατά το δοκούν και αρέσκον όχι μόνο τους τρεις μεγάλους, καπετάνια, πατρώνας και ιργιάλια (αξιωματούχους του ναυτικού), αλλά και όλους τους καπετάνιους των λοιπών γαλιονιών και επιστάτας και προεστώτας πάντων των εν των στόλω πλευσιμάτων και τους μπέηδες των κατέργων», ήταν ταυτόχρονα ο ουσιαστικός διοικητής των νησιωτικών πληθυσμών: ρύθμιζε τις διάφορες υποθέσεις, καθόριζε τον αριθμό των ναυτών που κάθε νησί ήταν υποχρεωμένο να στείλει στον τουρκικό ναύσταθμο για την κάλυψη των αναγκών του στόλου, επέβαλλε και εισέπραττε τους φόρους, φρόντιζε για την ασφάλεια των θαλασσών από τους πειρατές.
Άμεσος βηθός και αντικαταστάτης του καπουδάν πασάς ήταν ο δραγουμάνος του στόλου. Η δημιουργία του θεσμού αυτού ανάγεται πιθανότατα στο 1701, και η σημασία του για τα νησιά υπήρξε τεράστια. Η ανάμιξη του Φαναριώτη αξιωματούχου στις υποθέσεις των νησιωτικών κοινοτήτων δημιούργησε ιδιότυπη διοικητική μορφή σε ένα τμήμα του Αιγαίου, ιδιαίτερα στα τελευταία χρόνια της τουρκοκρατίας. Ζητήματα φορολογικά, διορισμοί ή επικύρωση εκλογής προκρίτων, κωδικοποίηση νομικών εθίμων και απονομή δικαιοσύνης, θέματα παιδείας και εκκλησίας, διατιμήσεις τροφίμων και ένα πλήθος άλλες υποθέσεις υπάγονταν στην αρμοδιότητα του δραγουμάνου του στόλου, που μπορούσε να τις ρυθμίζει όπως νόμιζε καλύτερα. Μπορεί να υποστηριχθεί ότι ο δραγουμάνος του στόλου ήταν ο συγκυβερνήτης των νησιών.
Δεν ήταν σπάνιες οι περιπτώσεις που η αυτοτέλεια των κοινοτήτων του Αιγαίου περιοριζόταν από τις παρεμβάσεις των δραγουμάνων του στόλου, που είχαν τη δύναμη να αποκλείουν ανεπιθύμητα πρόσωπα από τον κατάλογο των επιλέξιμων ή να μην επικυρώσουν την εκλογή τους. Παρ΄ όλα όμως τα ελαττώματά τους, παρά τη ιδιοτέλεια και τη φιλοχρηματία που οδηγούσαν συχνά τις ενέργειές τους, παρά την αυστηρότητα με την οποία συμπεριφέρονταν απέναντι στους ομοεθνείς τους, βοήθησαν αποτελεσματικά στη δημιουργία των προϋποθέσεων για την καταπληκτική οικονομική ακμή που παρατηρήθηκε κατά την τουρκοκρατία στα νησιά του Αιγαίου.
Εκτός από τη διοικητική αυτονομία, για την ανάπτυξη της νησιωτικής οικονομίας τεράστια υπήρξε η ώθηση την οποία έδωσε η συνθήκη του Κιουτσούκ-Καϊναρτζή (1774), η σύμβαση του Αϊναλή Καβάκ (1779) και η εμπορική συνθήκη της Κωνσταντινούπολης (1783). Με τις συνθήκες αυτές μπορούσαν τώρα οι Έλληνες με ρωσική σημαία να ταξιδεύουν ανενόχλητοι στον Εύξεινο και στα λιμάνια της ανατολικής και δυτικής Μεσογείου. Στα νησιά του Αιγαίου ιδρύθηκαν ρωσικά προξενεία, τα ναυπηγεία των νησιών κατασκεύαζαν πλοία που η χωρητικότητά τους έφθανε τους 400 τόνους, και οι μεταφορές πειρήλθαν στα χέρια των νησιωτών, ιδιαίτερα μετά την κάμψη του γαλλικού εμπορίου της Μεσογείου την τελευταία δεκαετία του 18ου αιώνα.
Αξιοπρόσεκτο αλλά και ευεξήγητο είναι το γεγονός ότι, πριν ανατείλει ο 19ος αιώνας, τη μεγάλη ναυτιλιακή κίνηση παρουσιάζουν μερικά από τα φτωχότερα και αγονότερα νησιά του Αιγαίου: εκτός από τα Ψαρά, τις Σπέτσες και την Ύδρα, αξιόλογα ναυτικά νησιά είναι η Μύκονος, η Σκόπελος, η Σαντορίνη, η Κάσος που η αύξηση των πλοίων τους συμβαδίζει με την αύξηση του πληθυσμού.
Δεν είναι άσχετη, λοιπόν, με την εμπορική δραστηριότητα η αύξηση του πληθυσμού των νησιών εκείνη την περίοδο και ο επανοικισμός μερικών από αυτά, που είχαν ερημωθεί παλαιότερα λόγω της πειρατείας, των επιδημιών και της φτώχειας. Η αύξηση αυτή αποκτά περισσότερη σημασία αν λάβουμε υπόψιν οτι δεν ήταν μικρό το κύμα αποδημιών των φτωχώτερων κυρίως τάξεων προς την Κωνσταντινούπολη και τη Μικρά Ασία.
Το 1715 πολλοί καθολικοί κάτοικοι της Τήνου την εγκατέλειψαν και εγκαταστάθηκαν στη Σμύρνη ή στην Ιταλία. Στα μέσα του 18ου αιώνα φεύγουν από τη Νάξο αμπελουργοί και βαρελάδες και δημιουργούν δική τους συντεχία στη Σμύρνη. Από την φτωχή και άγονη Κύθνο, από την Σύρο τη Σέριφο, την Σίφνο, την Αμοργό μεταναστεύουν προς την Κωνσταντινούπολη και τις παράλιες πόλεις της Ιωνίας για αναζήτηση προσωρινής εργασίας ή για μόνιμη εγκατάσταση. Παράλληλα προς το τέλος του 18ου αιώνα έρχονται πρόσφυγες προς τα νησιά από την Πελοπόννησο και την Κρήτη, που πυκνώνουν τον πληθυσμό, ο οποίος είχε αυξηθεί από την μείωση της θνησιμότητας και από τον περιορισμό της πειρατείας που μάστιζε τα νησιά κατά τον προηγούμενο αιώνα.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους