Η Εθνική Εταιρεία ήταν μια μυστική, παρακρατική οργάνωση με ιδρυτική βάση κατώτερους αξιωματικούς στρατού και ναυτικού, με αόρατη ανωτάτη αρχή, η οποία δημιουργήθηκε το 1894 στην Αθήνα. Απευθυνόμενη προς τους Έλληνες «εν ονόματι του Θεού και της Πατρίδος» κύριος σκοπός της, όπως καταγράφεται στο καταστατικό του 1895, ήταν «η αναζωπύρωση του εθνικού φρονήματος, η επαγρύπνηση επί των συμφερόντων των δούλων Ελλήνων» και η «προπαρασκευή της απελευθέρωσης αυτών δια πάσης θυσίας». Σκοπός, δηλαδή, της οργάνωσης ήταν ο εν γένει αλυτρωτισμός: η απελευθέρωση ελληνικών πληθυσμών υπόδουλων στους Οθωμανούς και η ενσωμάτωση εδαφών.
Η πρωτοβουλία για την ίδρυση της «Εθνικής Εταιρείας», η οποία έπαιξε τόσο μεγάλο ρόλο στη δημόσια ζωή και στα γεγονότα από το 1895-1897, προήλθε από μια ομάδα νεαρών στρατιωτκών. Οι ίδιοι θεωρούσαν την πράξη τους αυτή σαν μια απάντηση στην πρόκληση εναντίον του σώματος των Ελλήνων αξιωματικών όπως είχε εκδηλωθεί μέσα από τον τύπο και γενικότερα την κοινή γνώμη. Οι ίδιοι αναγνώριζαν άλλωστε ότι η ανυπαρξία στρατιωτικής εκπαίδευσης και οργάνωσης σε συγχρονισμένη βάση ενός στρατεύματος ικανού για πραγματικό πόλεμο ήταν φανερή.
Για την κακή κατάσταση του στρατού εκτός από τους πολιτικούς ευθύνονταν και οι στρατιωτικοί, που όχι μόνο ανέχονταν, αλλά και κατά κάποιον τρόπο την προκαλούσαν. Δεν είναι περίεργο, σύμφωνα με έκθεση των πεπραγμένων της Εταιρείας, ότι αρχικά αποκλείσθηκαν από την Εταιρεία, που συστήθηκε την άνοιξη του 1894, αξιωματικοί με βαθμό μεγαλύτερο του υπολοχαγού. Αργότερα, τα πράγματα άλλαξαν. Τα πρώτα 14 μέλη, με βαθμό όχι ανώτερο του υπολοχαγού, έφθασαν τα εξήντα τον Σεπτέμβριο του 1895 και ήταν όλοι στρατιωτικοί. Φυσικά η αρχή να μην γίνονται δεκτοί παρά μόνο νέοι αξιωματικοί είχε παραβιαστεί λίγο καιρό μετά την ίδρυση της Εταιρείας.
Οι αρχικοί πυρήνες της Εθνικής Εταιρείας οργανώθηκαν σε τμήματα και πολλαπλασιάσθηκαν. Οι συνεδριάσεις γίνονταν κατά τμήματα, καθένα από αυτά εξέλεγε έναν αντιπρόσωπο ο οποίος ερχόταν σε επαφή με το κεντρικό συμβούλιο, που η σύνθεσή του ήταν άγνωστη στα υπόλοιπα μέλη. Με την εξάπλωση της Εταιρείας δημιουργήθηκαν και πολλά τοπικά συμβούλια στις πόλεις που υπήρχαν πολλά τμήματα για να τα κατευθύνουν.
Η πολυσχιδής δράση της Εταιρείας καλύπτει φάσεις μέσα στην Ελλάδα, αλλά και το εξωτερικό, όπου δημιούργησε 80 τμήματα. Συγκροτήθηκαν επιτροπές στις μεγάλες πόλεις του εξωτερικού, εκεί φυσικά που υπήρχαν ακμάζουσες κοινότητες Ελλήνων οι οποίες εμφορούνταν από πατριωτικά αισθήματα και μπορούσαν να συντρέξουν οικονομικά το έργο της Εταιρείας. Βασικός σκοπός της Εθνικής Εταιρείας ήταν η διενέργεια εράνων για αγορά εξοπλισμού, τον οποίο θα προωθούσε μαζί με το ανάλογο έμψυχο υλικό εκεί όπου θεωρούσε ότι η παρουσία των ένοπλων αυτών ομάδων ήταν αναγκαία.
Οι ενέργειες της Εταιρείας δεν γίνονταν όλες γνωστές στα τμήματα για να υπάρχει ανεξαρτησία από τη βάση. Ακόμη υπήρχαν μέτρα ασφάλειας καθώς και ένα σύστημα αστυνόμευσης, όπως ένα είδος «δεύτερου γραφείου» που έκανε χρέη αντικατασκοπείας απέναντι σε πιθανές κατασκοπευτικές ενέργειες της Τουρκίας μέσα στον ελληνικό χώρο.
Μεγάλη σημασία έδινε η Εθνική Εταιρεία στη συλλογή πληροφοριών, προσπαθώντας να δρα σε αυτόν τον τομέα με περίσκεψη και χωρίς να δίνει λαβή για υποψίες. Για τις παραμεθόριες περιοχές μεταχειριζόταν κρυπτογραφικά λεξικά. Ένα μέλος της Εταιρείας, ο Γεώργιος Φιλάρετος, είχε χρησιμοποιήσει το πρώτο ελληνικό κρυπτογραφικό λεξικό που είχε συντάξει όταν βρισκόταν παλαιότερα στο Παρίσι και μεταχειρίστηκε κατόπιν όταν ήταν μέλος μιας άλλης πρόδρομης της Εθνικής Εταιρείας οργάνωσης, της «Αδελφικής Ενώσεως», κατά την θεσσαλική επανάσταση του 1878. Το τύπωσε για πρώτη φορά στα 1889 και ήταν το βασικό όργανο κατανόησης των μελών της Εταιρείας.
Η δράση και το έργο της Εταιρείας δεν θα τελεσφορούσαν αν δεν επεδίωκε την τοποθέτηση ανθρώπων της σε θέσεις-κλειδιά μέσα και έξω από το στρατό, αλλά και μονάδων ολόκληρων επιδίωξε τη στάθμευση σε σημεία που αυτή επιθυμούσε, όπως για παράδειγμα της πυροβολαρχίας στην Άρτα. Τους πολιτευόμενους η Εταιρεία δεν τους εμπιστευόταν, ακόμα και σαν μέλη της. Ο κανονισμός δεν απέκλειε τους πολιτευόμενους αλλά η στάση της ήταν επιφυλακτική. Έτσι γίνονταν δεκτοί μόνο όσοι δεν ήταν πολύ αφοσιωμένοι στα κόμματά τους. Αντίθετα, τους ζητούσε να θυσιάσουν τα ατομικά ή κομματικά συμφέροντά τους για χάρη της Ιδέας, πράγμα που σήμαινε τυφλή αφοσίωση στην ίδια την Εθνική Εταιρεία.
Δεν απέφυγε πάντως να αποκτήσει εχθρούς ακόμα και μέσα στους κόλπουυς της, κυρίως όταν άρχισε ο Μακεδονικός Αγώνας. Από τα αρχεία της Εταιρείας μαρτυρείται καταγγελία ότι το τμήμα Αλεξάνδρειας έστειλε χρήματα σε πολιτευόμενο, που αν και μέλος της Εταιρείας αντιπολιτευόταν τις ενέργειες της στη Μακεδονία. Η Εταιρεία αντιδρούσε φυσικά, και με κάθε τρόπο προσπαθούσε να εξουδετερώσει τους αντιπάλους της.
Η δράση της Εταιρείας για τους υπόδουλους στον τουρκικό ζυγό Έλληνες ήταν κατανεμημένη σε τρεις γεωγραφικούς κύκλους ενδιφέροντος της: τη Μακεδονία, την Ήπειρο και την Κρήτη. Το θέμα της προτεραιότητας δεν ήταν ζήτημα επιλογής αλλά πρακτικής εκτίμησης των δεδομένων όπως εξελίσσονταν και διαμορφώνονταν κατά την περίσταση. Πολύ διαφορετική ήταν η κατάσταση από τη μία περιοχή στην άλλη. Στην Κρήτη υπήρχε οργανωμένη από τους ντόπιους παράγοντες η πολιτική και η δράση εναντίον της τουρκικής κυριαρχίας. Υπήρχε μια μακρά παράδοση εξεγέρσεων και επιτευγμάτων που είχαν ωριμάσει τον κάθε Κρητικό και υπήρχε φυσικά η πατροπαράδοτη εξοικείωση του με τα όπλα.
Στην Ήπειρο και στη Μακεδονία η κατάσταση ήταν διαφορετική. Εκεί ο πληθυσμός ουδέποτε απήλαυσε κάποια πλεονεκτήματα από παραχωρήσεις δικαιωμάτων, εκτός από ένα περιορισμένο σύτημα εθιμικών κανόνων ως προς τους κοινοτικούς θεσμούς που τελούσαν κάτω από το καθεστώς ανοχής του κυριάρχου. Καμιά ένοπλη δράση δεν καταξιώθηκε ποτέ και οι αγωνιστές ύστερα από τις αποτυχίες κατέφυγαν στην ελεύθερη Ελλάδα σαν πρόσφυγες. Αυτοί ήταν πρόθυμοι να αναλάβουν δραση σε πρώτη ευκαιρία.
Οι οργανώσεις όμως που θα τους κατηύθυναν και θα τους χρηματοδοτούσαν έλειπαν και δεν υπήρχε καμιά ενθάρρυνση από την πλευρά των ελληνικών κυβερνήσεων, που μάλλον επεδίωκαν τον αφοπλισμό τους. Χωρίς γεωργικό κλήρο ή απασχόληση με την κτηνοτροφία, οι πρόσφυγες αυτοί προσπαθούσαν να επιβιώσουν κάποτε και με παράνομα μέσα. Έργο της Εταρείας θεωρήθηκε η αξιοποίηση των ανθρώπων αυτών για την Ιδέα.
Ο ατυχής, όμως, πόλεμος του 1897 σήμανε και την αρχή του τέλους της Εταιρείας. Η Εθνική Εταιρεία διαλύθηκε, τελικά, το 1899, αφού παρέδωσε στο Εθνικό Σκοπευτήριο όλο το πολεμικό υλικό που κατείχε, καθώς και το ποσό των 300.000 δραχμών από την περιουσία που παρουσίασε.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους