Το μεγαλύτερο τμήμα του ελληνικού πληθυσμού υποχωρούσε. Προορισμός ήταν η χερσόνησος της Ερυθραίας και το Τσεσμέ, όπου επρόκειτο να επιβιβασθεί στα πλοία για τη Χίο ή τη Μυτιλήνη. Στις 28 Αυγούστου οι ελληνικές δυνάμεις βρίσκονταν στα Βουρλά, όπου υπήρχαν 35.000 Έλληνες σε σύνολο 40.000 κατοίκων. Από τους υπόλοιπους 5.000, οι περισσότεροι ήταν Τουρκοκρήτες που μιλούσαν ελληνικά και είχαν ελληνικές συνήθειες.

Στα Βουρλά είχε σχηματισθεί πολιτοφυλακή για την τήρηση της τάξης και είχε γίνει ένα είδος συμφωνίας ανάμεσα στους Τούρκους και τους Έλληνες της πόλης για αμοιβαία παροχή προστασίας και ασφάλειας στη μία ή στην άλλη περίπτωση. Η συμφωνία μάλιστα είχε επικυρωθεί από τον αρχιερατικό επίτροπο του μητροπολίτη Εφέσου και από τον Τούρκο μουφτή, καθώς και από τους προκρίτους. Έτσι μεγάλος αριθμός Ελλήνων που είχε καταφύγει στο Εγγλεζονήσι ή σε άλλα νησάκια της Ερυθραίας είχαν αρχίσει να επιστρέφου στα Βουρλά.
Οι ενέργειες όμως αυτές για την σωτηρία του πληθυσμού δεν είχαν κανένα αποτέλεσμα. Ολόκληρες οικογένειες ξεκληρίστηκαν και τα Βουρλά πυρπολήθηκαν, ενώ ο ανδρικός πληθυσμός μεταφέρθηκε σε στρατόπεδα του εσωτερικού. Ανάλογες βιαιότητες έγιναν και στο επίνειο των Βουρλών, την Σκάλα, καθώς και στα Αλάτσατα. Όσοι επέζησαν παραλήφθηκαν ύστερα από μέρες από πλοία.
Στις Κυδωνίες μόλις έφθασαν τα πρώτα άσχημα νέα από την υποχώρηση του ελληνικού στρατού, άρχισε η αγωνία του πληθυσμού. Η πόλη είχε περίπου 40.000-45.000 κατοίκους, που ήταν όλοι χριστιανοί. Μόνο οι δημόσοι υπάλληλοι ήταν Τούρκοι. Αμέσως σχηματίστηκε πολιτοφυλακή από τους κατοίκους για την τήρηση της τάξης, ενώ οι ελληνικές αρχές και η χωροφυλακή είχαν εγκαταλείψει την πόλη προτού φθάσουν οι Τούρκοι.Παρουσιάσθηκαν τότε διαφορετικές απόψεις ανάμεσα στους κατοίκους, σχετικά με το αν έπρεπε να φύγουν ή να παραμείνουν. Τελικά έπειτα από σύσκεψη της δημογεροντίας και των προκρίτων αποφασίσθηκε να παραμείνουν όλοι και να φύγουν μόνο όσοι είχαν υπηρετήσει στον ελληνικό στρατό, καθώς και οι Αρμένιοι.
Στο μεταξύ έφθαναν στο Αϊβαλί πρόσφυγες από την περιοχή του Αγιασματίου, εργάτες ή κτηματίες, φέρνοντας στη πόλη τραγικές ειδήσεις για την τύχη των χριστιανικών πληθυσμών της περιοχής τους. Στις 29 Αυγούστου μπήκαν στην πόλη οι πρώτοι τσέτες και λίγες μέρες αργότερα, στις 6 Σεπτεμβρίου, έγινε η είσοδος στην πόλη τουρκικού τακτικού στρατού. Την επομένη ήρθαν και νέες δυνάμεις και άρχισε η απομόνωση της πόλης. Από τότε άρχισαν οι βιαιοπραγίες. Ύστερα από μια εβδομάδα αναχώρησε από την πόλη η τουρκική μεραρχία ιππικού παίρνοντας μαζί της και πρόσφυγες ανάμεσα στους οποίους υπήρχαν πολλά γυναικόπαιδα καθώς και Αρμένιοι που είχαν συρρεύσει στην πόλη, με την ελπίδα να μεταφερθούν στην Μυτιλήνη.
Οι Τούρκοι δημόσιοι υπάλληλοι, οι οποίοι είχαν παραμείνει στην πόλη, παρέδωσαν πλήρεις καταλόγους για όσους είχαν υπηρετήσει στον ελληνικό στρατό, ή είχαν μπει στην πολιτοφυλακή, ή στην Άμυνα. Οι άνδρες συνελήφθησαν και στάλθηκαν σε στρατόπεδα του εσωτερικού, αλλά κοντά στο Φρένελι,που είχε πληθυσμό κυρίως ελληνικό, φονεύθηκαν στην χαράδρα Μοσούλ Δαγ ή στη θέση Ταμ Αλή. Ο αριθμός τους έφθανε τις 4.000. Άλλοι εκτελέστηκαν κοντά στο Αδραμύττιο ή ακόμα και κοντά στην είσοδο των Κυδωνιών.
Από τις 14 Σεπτεμβρίου, με την άφιξη της 4ης τουρκικής μεραρχίας, της λεγόμενης Χασάπ ασκερ, επιδενώθηκε η θέση των Αϊβαλιωτών και των προσφύγων που είχαν καταφύγει εκεί από τις γειτονικές κωμοπόλεις και τα χωριά, όπως το Κερέμκιοϊ, το Γκιουμέτς, το Γιαγιάκιοϊ, το Καραγάτς, το Αγιασμάτι. Οι πρόσφυγες αυτοί, έπειτα από τουρκική προκήρυξη καλούνταν να επιστρέψουν στις εστίες τους και τις εργασίες τους, ενώ απειλούνταν με αυστηρή τιμωρία οι Αϊβαλιώτες, που θα προσπαθούσαν να τους κρύψουν. Αναγκαστικά οι πρόσφυγες πήραν τον δρόμο της επιστροφής. Σε μια ακραία όμως συνοικία της πόλης, την Ταμπακαριά, οι Τούρκοι τσέτες του περίμεναν, όπου τους λήστεψαν και στη συνέχεια τους έσφαξαν.
Στις 19 Σεπτεμβρίου οι Τούρκοι διέταξαν τον μητροπολίτη Γρηγόριο να ειδοποιήσει όλον τον άρρενα πληθυσμό της πόλης, όσους δεν είχαν ακόμα φονευθεί, από 18 έως 45 ετών, να παρουσιαθεί στις τουρκικές αρχές. Μόνο όσοι ήταν ράφτες, βυρσδέψες, υποδηματοποιοί και σαπουνοποιοί θα παρέμεναν στη πόλη, καθώς και όσοι καττάσσονταν στο πυροσβεστικό σώμα, που δηύθενε ο Αλή εφέντης, ο οποίος αργότερα εκτελέστηκε από τς τουρκικές αρχές, γιατί κατηγορήθηκε ότι ήταν φίλος των Ελλήνων.
Δύο μέρες αργότερα έσπευσαν στο λιμάνι των Κυδωνιών δύο μικρά ελληνικά πλοία με αμερικανική σημαία, ενώ έξω από το λιμάνι βρισκόταν ένα μεγαλύτερο σκάφος, για να μεταφέρουν τους κατοίκους σε ελληνικό έδαφος. Στην πόλη τοιχοκολλήθηκε προκήρυξη των τουρκικών αρχ΄ων που ανέφερε ότι «όσοι εκ των πολιτών επιθυμούν να αναχωρήσουν διά των ατμοπολοίων, είναι ελεύθεροι να το πράξουν εντός 24 ωρών. Όσοι δεν κατορθώσουν να το πράξουν θα μεταφερθούν στο εσωτερικόν». Έτσι ένα μεγάλο μέρος μεταφέρθηκε στη Μυτιλήνη. Στον μητροπολίτη Γρηγόριο όμως που είχε αρνηθεί να φύγει από την πόλη εγκαταλείποντας τον πληθυσμό, οι Τούρκοι δεν επέτρεψαν να επιβιβασθεί στο πλοίο. Στις 30 Σεπτεμβρίου συνελήφθη μαζί με άλλους ιερείς και θανατώθηκε.
Οι ίδιες βιαιοπραγίες επαναλήφθηκαν και στα Μοσχονήσια. Το μεγαλύτερο από αυτά, το Μοσχονήσι, είχε περίπου 6.000 κατοίκους που ήταν όλοι Έλληνες. Στις 14 Σεπτεμβρίου, όσοι δεν είχαν φονευθεί, στάλθηκαν προς τα στρατόπεδα του εσωτερικού, όπου εξοντώθηκαν. Ένα από τα θύματα αυτά ήταν και ο μητροπολίτης Μοσχονησίων Αμβρόσιος.