Το 1489, η Αικατερίνη Κορνάρο, τελευταία βασίλισσα της Κύπρου, αναγκάζεται να πουλήσει το νησί στη Βενετία. Η Βενετοκρατία θα διαρκέσει ως το 1571 οπότε η μεγαλόνησος θα κατακτηθεί από τους Τούρκους και θα αρχίσει η τουρκοκρατία στην Κύπρο, μια μακρά και σκληρή περίοδος για το νησί.
Μόλις κατακτήθηκε η Λευκωσία, η Κύπρος κηρύχθηκε Εγιαλέτι υπό τη διοίκηση ενός μπεηλέρμπεη και ο Μουσταφά Πασάς, ο πρώην μπεηλέρμπεης του Αυλώνα, διορίστηκε ως μπεηλέρμπεης. Η Κύπρος χωρίστηκε σε τρία Σαντζάκια, της Αμμοχώστου, της Κερύνειας και της Πάφου. Επιπρόσθετα, τα σαντζάκια της Αλάνια, της Ταρτούς, του Ιτσέλ, της Σις, του Ζουλκαντριγέ και της Τρίπολης της Συρίας στην ηπειρωτική χώρα τέθηκαν υπό τη διοίκηση του εγιαλετίου της Κύπρου.
Η Κύπρος χωρίστηκε επίσης στους καζάδες της Τούζλας, της Λεμεσού, της Επισκοπής, της Κυθρέας, της Πάφου, των Κουκλίων, της Λευκάς, της Μόρφου, της Χρυσοχούς, της Αμμοχώστου, της Κερύνειας και της Μεσαορίας. Αυτοί οι καζάδες είχαν το δικό τους καδή ή ναΐμπ. Το Σαντζάκι της Τρίπολης, ωστόσο, απομακρύνθηκε από τη δικαιοδοσία της Κύπρου το 1573 λόγω της απόστασης και δόθηκε στο Εγιαλέτι της Δαμασκού. Τα Σαντζάκια του Ιτσέλ, της Αλάνια και της Ταρτούς αποσπάστηκαν επίσης το 1610 και δόθηκαν στο νεοσυσταθέν Εγιαλέτι των Αδάνων.
Ωστόσο, μετά την κατάκτηση της Κρήτης, η Εκκλησία της Κύπρου ισχυρίστηκε ότι η Κύπρος είχε χάσει τη σημασία της, ότι ο όγκος του εμπορίου είχε μειωθεί και ότι οι άνθρωποι μετανάστευαν. Ζήτησε λοιπόν να αλλάξει το διοικητικό καθεστώς, καθώς η Κύπρος δεν μπορούσε να αντέξει να παραμένει Εγιαλέτι. Έτσι, το 1670, η Κύπρος έγινε σαντζάκι και εντάχθηκε στο Εγιαλέτι του Αρχιπελάγους, υπό τον άμεσο έλεγχο του καπουδάν πασά, επικεφαλής του Οθωμανικού Ναυτικού. Η διακυβέρνηση ασκήθηκε μέσω ενός διορισμένου μουτεσελίμη. Ωστόσο, στο πλαίσιο αυτού του συστήματος, οι τοπικοί αγάδες εισέπραταν τους φόρους.
Αυτό αύξησε τη δύναμή τους και κατέληξε σε δυσαρέσκεια, καθώς η αντιπαλότητα μεταξύ τους προκάλεσε μια διετή εξέγερση στη δεκαετία του 1680 από τον Μπογιατζίογλου Μεχμέτ Αγά. Αυτό το γεγονός απέδειξε ότι το συγκεκριμένο σύστημα προκάλεσε κενό εξουσίας και ήταν αναποτελεσματικό, οπότε το 1703 η Κύπρος τέθηκε απευθείας υπό τον έλεγχο του μεγάλου βεζίρη, για λογαριασμό του οποίου διοικούσε ένας μουχασίλης. Για να μειωθούν οι δυνάμεις των αγάδων, δόθηκε στον μουχασίλη η εξουσία να συλλέγει τους φόρους, καθώς και αυξημένη πολιτική και στρατιωτική εξουσία.
Μεταξύ του 1745 και του 1748, η Κύπρος έγινε για λίγο ξανά εγιαλέτι. Αυτά τα τρία χρόνια, ειδικά η θητεία του κυβερνήτη Εμπουμπεκίρ Πασά (1746–48), ήταν περίοδος ανάπτυξης και σχετικής ευημερίας. Μετά το πέρας της θητείας του Εμπουμπεκίρ Πασά, η Κύπρος επανήλθε στο προηγούμενο καθεστώς.
Οι Ελληνοκύπριοι είχαν δύο πολύ σημαντικές διοικητικές θέσεις, τον αρχιεπίσκοπο, ο οποίος ήταν επικεφαλής της Ορθόδοξης Εκκλησίας και αναγνωριζόταν ως ο μοναδικός εκπρόσωπος του ελληνοκυπριακού πληθυσμού από τη δεκαετία του 1670 και τον δραγουμάνο, που επιλεγόταν από τους υποψηφίους που όριζε ο αρχιεπίσκοπος. Η διοίκηση του μουχασίλη γινόταν όλο και πιο δυσλειτουργική. Το 1764, ο μουχασίλης Τσιλ Οσμάν Αγάς σκοτώθηκε μέσα σε ένα χαοτικό περιβάλλον που προκλήθηκε από την εξουσία του.
Εν τω μεταξύ, ο συνεχιζόμενος πόλεμος με τη Ρωσία σήμαινε επιδείνωση της ευημερίας του λαού. Έτσι, με τις απαιτήσεις του αρχιεπισκόπου και του δραγουμάνου, η Κύπρος τέθηκε απευθείας υπό τη διοίκηση του Αυτοκρατορικού Συμβουλίου το 1785, με το μουχασίλη να διορίζεται άμεσα. Οι μουχασίλιδες είχαν χάσει πλέον την εξουσία που διέθεταν στο παρελθόν, γεγονός που αύξησε σημαντικά την επιρροή του ορθοδόξου κλήρου καθώς ανέλαβε τη συλλογή των φόρων.
Το 1839, με τις μεταρρυθμίσεις του Αμπντούλ Μετζίτ Α΄, η νήσος έγινε και πάλι σαντζάκι του εγιαλετίου του Αρχιπελάγους αλλά απέκτησε σημαντική αυτονομία. Η νήσος διοικούνταν πλέον από έναν μουτεσαρίφη, οι κάζες συνενώθηκαν σε έξι διευρυμένους καζάδες με δικά τους διοικητικά και δικαστικά συμβούλια. Δημιουργήθηκε ένα διοικητικό συμβούλιο σαντζακίων, στο οποίο εκπροσωπούνταν οι Έλληνες, οι Τούρκοι, και άλλες μειονότητες.
Το 1861, η Κύπρος έγινε ανεξάρτητο σαντζάκι υπό τον άμεσο έλεγχο της Πύλης. Ωστόσο, η κατάσταση αυτή άλλαξε ξανά το 1868, όταν η Κύπρος έγινε σαντζάκι και εντάχθηκε στο βιλαέτι του Αρχιπελάγους υπό το νεοσυσταθέν σύστημα των βιλαετίων. Αυτό, όμως, δεν θα διαρκούσε πολύ, καθώς το βιλαέτι διοικούνταν από τα Δαρδανέλλια και η μεγάλη απόσταση έκανε τη διοίκηση μη πρακτική. Με τις προσπάθειες του αρχιεπισκόπου Σωφρονίου Γ΄ της Κύπρου, καθώς και λόγω της ξηρασίας και των καταστροφών των ακρίδων, η Κύπρος έγινε μια ανεξάρτητο σαντζάκι για άλλη μια φορά το 1870. Αυτή η ρύθμιση κράτησε μέχρι το 1878, όταν οι Βρετανοί ανέλαβαν την εξουσία επί της νήσου.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους