Το «Γένος των Ρωμαίων», όπως εξακολουθούσε να λέγεται το ελληνικό έθνος μετά την Άλωση, έμεινε οργανικά συνδεδεμένο με την Ορθοδοξία. Την εξάρτηση της Εκκλησίας από την εξουσία των αυτοκρατόρων, που καθιερώθηκε από την εποχή του Μεγάλου Κωνσταντίνου, «του πρώτου βασιλέως των χριστιανών», την αντικατέστησε επί τουρκοκρατίας μία ταύτιση θρησκείας και Γένους. Με τη κατάλυση της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας η Εκκλησία επωμίστηκε για πρώτη φορά τον ρόλο του πολιτικού ηγέτη.
Από τη βυζαντινή αυτοκρατορία έμεινε πάντοτε σύμβολο ακατάλυτο ο δικέφαλος αετός. Η Εκκλησία το υιοθέτησε στα άμφια των αρχιερέων. Εξάλλου στη λειτουργία οι δεσπότες φορούσαν μίτρες και άμφια που μιμούνταν ακόμη την αμφίεση των χριστιανών βασιλέων του παρελθόντος. Οι τοιχογραφίες των Εκκλησιών και οι εικόνες των χειρογράφων διατηρούσαν ζωντανή τη μορφή των αυτοκρατόρων απαλλαγμένη από τα ανθρώπινα πάθη και πλουτισμένη με την ευλάβεια των υπερασπιστών της πίστεως.
Επικεφαλής του Γένους βρέθηκε το οικουμενικό πατριαρχείο Κωνσταντινουπόλεως ή, όπως λεγόταν επισημότερα «η Μεγάλη του Χριστού Εκκλησία». Η δικαιοδοσία όμως του οικουμενικού πατριαρχείου πήρε μεγαλύτερη έκταση από ό,τι είχε πριν το 1453, γιατί ο Μωάμεθ Β΄ παραχώρησε στον πατριάρχη Γεννάδιο την ανώτατη διοίκηση των ορθόδοξων εκκλησιών των χωρών στη χερσόνησο του Αίμου που είχαν υποταγεί στους Τούρκους.
Σε μια εποχή που δεν υπήρχε ακόμα η έννοια του έθνους, όπως την αντιλαμβανόμαστε σήμερα, ήταν αδιανόητο να κάνει το πατριαρχείο διάκριση ανάμεσα στους Έλληνες από τη μια και στους Βούλγαρους, Σέρβους, Βλάχους ή Αλβανούς από την άλλη. Ως ηγετική αρχή των ορθόδοξων της οθωμανικής αυτοκρατορίας, το πατριαρχείο έλαβε πανορθόδοξο προσανατολισμό και τέθηκε επικεφαλής του αγώνα για την επιβίωση της θρησκείας, όπως την παρέλαβε από το Βυζάντιο, στηριγμένη δηλαδή στην Αγία Γραφή, στην Ιερά Παράδοση και στις αποφάσεις των επτά οικουμενικών συνόδων.
Η γλώσσα της Ορθοδοξίας, σύμφωνα με την παλαιά παράδοση, ήταν η ελληνική, αλλά δεν υπήρχε καμιά εχθρική διάθεση απέναντι στις άλλες γλώσσες τις οποίες χρησιμοποιούσε η Εκκλησία. Προστατεύοντας όμως τη θρησκεία και μαζί με αυτή τον πολιτισμό των ορθόδοξων λαών, το πατριαρχείο έδωσε τη δυνατότητα στους λαούς αυτούς να διατηρήσουν την εθνική τους συνείδηση, έστω και σε υποτυπώδη κατάσταση, κατά τα χρόνια της τουρκοκρατίας. Με άλλα λόγια, συνετέλεσε να μην «τουρκέψουν» περνώντας από την πόρτα του Ισλάμ, που ήταν ο μόνος άλλωστε τρόπος να ενταχθεί κανείς στον τουρκισμό. Μένοντας χριστιανοί ορθόδοξοι δεν αφομοιώθηκαν από τον κατακτητή, κράτησαν τη μνήμη της εθνικής τους καταγωγής, της μεσαιωνικής τους ιστορίας και της πολιτιστικής τους αυτοτέλειας.
Όπως ο εξισλαμισμός θα είχε ως αποτέλεσμα της εξαφάνιση των εθνοτήτων στη χερσόνησο του Αίμου, κατά ανάλογο τρόπο η προσχώρηση των ορθόδοξων στον Καθολικισμό ή στον Προτεσταντισμό θα επέφερε αλλοίωση του εθνικού χαρακτήρα των λαών αυτών. Όταν το οικουμενικό πατριαρχείο διατηρούσε στάση ουδετερότητας προς τις αντιμαχόμενες παρατάξεις των καθολικών και των προτεσταντών, την εποχή των θρησκευτικών πολέμων, προστάτευε την αυτοτέλεια της ιστορικής και πολιτιστικής παράδοσης των λαών της χερσονήσου του Αίμου. Ήταν και αυτή μια σημαντική υπηρεσία, το να δημιουργήσει τη γέφυρα από τον βυζαντινό κόσμο του Μεσαίωνα, μέσα από την σκοτεινή εποχή της τουρκοκρατίας, ως την εποχή του Διαφωτισμού.
Ιδιαίτερα στην περίπτωση του ελληνικού έθνους, βασικό στοιχείο της αναγέννησής του ήταν η πολιτιστική παράδοση που διατηρήθηκε κάτω από τη σκέπη της Εκκλησίας. Εκεί που δεν υπήρχε κανένα άλλο πνευματικό στήριγμα, η θρσηκεία σήμαινε αυτογνωσία και αυτοτέλεια μέσα στο αλλόφυλο, διαβρωτικό περιβάλλον που δημιουργούσε ο τουρκικός ισλαμισμός. Όπου χανόταν η θρησκεία, χανόταν και η εθνική συνείδηση. Η διαρήρηση της γλώσσας, χωρίς τη θρησκεία, δεν αποτέλεσε ισχυρό συνδετικό κρίκο για να συγκρατήσει την εθνική συνείδηση.
Για να συγκρατήσει το ποίμνιο της η Εκκλησία διεξήγε επίμονο αλλά άνισο αγώνα, από τον οποίο δεν έβγαινε πάντοτε νικήτρια. Κατά τους δύο πρώτους αιώνες της τουρκοκρατίας, πολλοί χριστιανοί εξισλαμίστηκαν με αποτέλεσμα η μεταβυζαντινή κοινωνία να υποστεί σοβαρή αιμορραγία στις ανθρώπινες δυνάμεις της.
Η μεγαλύτερη συμφορά για το «Γένος των Ρωμαίων» ήταν το παιδομάζωμα, που στερούσε από την ελληνική κοινωνία το άνθος του άρρενος πληθυσμού, ενώ άλλη αφαίμαξη προερχόταν από την απαγωγή των κοριτσιών για τα χαρέμια των ισχυρών Τούρκων. Για το παιδομάζωμα η Εκκλησία δεν μπορούσε να κάνει τίποτα, παρά μόνο να θρηνήσει. Για τις άλλες όμως περιπτώσεις εξωμοσιών προσπαθούσε να αποσοβήσει τον κίνδυνο της αλλαξοπιστίας με νουθεσίες, κατηχήσεις αλλά και με απειλές αιώνιας κόλασης, και συχνά πετύχαινε τον σκοπό της.
Αποφασιστικός παράγοντας για την αποτροπή της αλλαξοπιστίας ήταν ο ορθόδοξος κλήρος με την καθημερινή επαφή με το ποίμνιό του, ιδίως τα χωριά και τις κωμοπόλεις, και με το ηθικό σθένος που γενικά έδειξε. Η Εκκλησία δεν υστέρησε σε εκδηλώσεις χριστιανικής αυτοθυσίας, που ενέπνεαν τον λαό στους δύσκολους εκείνους καιρούς. Μέσα στην αμάθεια και κάτω από το σπαθί των Τούρκων βρέθηκαν κληρικοί όλων των βαθμίδων, από την ανώτατη ως την κατώτατη, που έμειναν «πιστοί άχρι θανάτου», έζησαν κατά Χριστόν, «ορθοτομούντες τον λόγον της αληθείας».
Στους σκοτεινούς αιώνες μετά το 1453 η ορθόδοξη πίστη υπήρξε το καταφύγιο και η παρηγοριά του υπόδουλου ελληνικού λαού και η Εκκλησία το κύριο στήριγμα και ο πολύτιμος συμπαραστάτης του στην αγωνιώδη προσπάθειά του να επιβιώσει και να διασώσει τον πολιτισμό του και την εθνική του αυθυπαρξία.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους