Ο Άγιος Νικόλαος είναι η πρωτεύουσα του Νομού Λασιθίου και βρίσκεται στη βόρεια ακτογραμμή της Κρήτης, στη Δυτική πλευρά του κόλπου του Μιραμπέλλου. Η ονομασία του προήλθε από το βυζαντινό εκκλησάκι που βρίσκεται στον όρμο Αγίου Νικολάου. Παλαιότερα ονομαζόταν «Μαντράκι», καθώς υπήρχαν πολλές μάντρες με κατσίκια που ξεχειμώνιαζαν. Άλλη γνωστή ονομασία, που ακόμα χρησιμοποιούν οι κάτοικοι των γύρω χωριών, είναι «Γιαλός».
Η οικονομία της περιοχής βασίζεται στον τουρισμό, στην καλλιέργεια ελιάς και στη μη σταβλισμένη κτηνοτροφία. Οι μόνιμοι κάτοικοι είναι 11.421 για την πόλη, 12.638 για την δημοτική ενότητα και 27.074 για τον διευρυμένο δήμο Αγίου Νικολάου. Χαρακτηριστικό γνώρισμα της πόλης είναι οι πολλές παραλίες της, οι οποίες συχνά πιστοποιούνται για την καθαριότητα και τις παροχές τους.
Ο αρχαίος και ο βυζαντινός Άγιος Νικόλαος
Η σημερινή πόλη είναι χτισμένη στη θέση της αρχαίας Λατούς προς Καμάρα, επίνειο της Λατούς Ετέρας (σημαντική ορεινή πόλη των Δωριέων, 3,5 χιλιόμετρα βόρεια της Κριτσάς). Οι δύο πόλεις αποτελούσαν μια διοικητική ενότητα τον 3ο π.Χ. αιώνα, λάτρευαν την ίδια θεότητα, την Ειλειθυία, προστάτιδα των τοκετών κι είχαν ενιαία νομίσματα που από το ένα μέρος εικόνιζαν την Ειλειθυία ή την Άρτεμη κι από το άλλο τον Ερμή με τη λέξη ΛΑΤΙΩΝ. Οι πολίτες της Λατούς προς Καμάρα ονόμαζαν τους εαυτούς τους Καμαρίτες.
Η Λατώ προς Καμάρα, ως λιμάνι, αναπτύχθηκε την περίοδο αυτή πληθυσμιακά και οικονομικά ενώ αντίθετα η Λατώ άρχισε να φθίνει. Από την περίοδο αυτή έχουν ανεβρεθεί αγάλματα, επιγραφές και πολλοί τάφοι στην περιοχή του ποταμού. Τα κτερίσματα των τάφων αρκετά από τα οποία είναι ενδιαφέροντα, εκτίθενται στο αρχαιολογικό Μουσείο.
Την πρώτη Βυζαντινή περίοδο εξακολουθούσε να υπάρχει ως αξιόλογη πόλη, η Επισκοπή Καμάρας, όπως αναφέρεται στο Συνέκδημο από τον Ιεροκλή.
Ο Άγιος Νικόλαος των Ενετών
Στις αρχές του 13ου αιώνα, ίσως το 1206, κατασκευάστηκε στο ύψωμα όπου σήμερα είναι η νομαρχία ένα φρούριο, πιθανόν από το Γενοβέζο Ενρίκο Πεσκατόρε. Το φρούριο ονομάστηκε Μιραμπέλλο και έδωσε το όνομά του στην επαρχία Μιραμπέλου και στον κόλπο. Το φρούριο καταστράφηκε από ισχυρό σεισμό το 1303, αλλά οι Βενετοί το ανακατασκεύασαν. Το 1374 αναφέρεται ως Castro Mirabelli και διέθετε αποθήκη αλατιού από τις αλυκές της Ελούντας, το οποίο στη συνέχεια εξαγόταν στην Ευρώπη. Το φρούριο εγκαταλείφθηκε και έγινε αποθήκη όταν σταμάτησαν οι επαναστάσεις εναντίον των Βενετών.
Το φρούριο Μιραμπέλου καταστράφηκε το 1537 από Τούρκους πειρατές, αλλά ανακατασκευάστηκε σε σχέδιο του Μικέλε Σαμιτσέλι. Γύρω από το φρούριο αναπτύχθηκε οικισμός (βούργος). Στην απογραφή του Καστροφύλακα ο οικισμός αναφέρεται ως Mirabello proprio με 753 κατοίκους, κυρίως ψαράδες. Το 1630 αναφέρεται από τον Φραντσέσκο Μπαζιλικάτα ως Μιράμπελο Καστέλο και ότι στα ελληνικά ο οικισμός λεγόταν Βουλισμένη, από τη λίμνη.
Το 1646, κατά τη διάρκεια του Μεγάλου Κρητικού Πολέμου, ο φρούραρχος Κολονέλο Μπαλντέλα παρέδωσε αμέσως το φρούριο στους Τούρκους που το περικύκλωσαν. Αυτή η πράξη θεωρήθηκε προδοσία και ο Μπαλντέλα κρεμάστηκε. Οι Βενετοί ανακατέλαβαν το φρούριο, αλλά επειδή δεν μπορούσαν να το κρατήσουν στην κατοχή τους το κατέστρεψαν, αφού το φρούριο της Σπιναλόγκας κάλυπτε τις ανάγκες τους.
Το 1671 αναφέρεται στην τουρκική απογραφή ως Nefs Meranblo με 42 χαράτσια, που σημαίνει ότι κατοικούνταν. Στην αιγυπτιακή απογραφή του 1834 δεν αναφέρεται και η περιοχή ήταν ακατοίκητη. Όμως το λιμάνι χρησιμοποιούταν για την εξαγωγή προϊόντων της επαρχίας όπως χαρούπια. Το 1845 ο Victor Raulin αναφέρει ότι υπήρχαν τέσσερις εκκλησίες ερειπωμένες που χρησιμοποιούνταν ως αποθήκες χαρουπιών.
Το Μαντράκι
Ο σύγχρονος οικισμός δημιουργήθηκε με την επανάσταση του 1866, από κατοίκους της Φουρνής, της Κριτσάς, του Ηρακλείου και των Σφακίων. Τα ερείπια του ενετικού φρουρίου χρησιμοποιήθηκαν ως οικοδομικά υλικά των νέων κτιρίων. Αναφέρεται για πρώτη φορά στην απογραφή του 1881, όταν είχε 87 Χριστιανούς και 8 Τούρκους κατοίκους. Αρχικά ονομαζόταν «Μαντράκι» αλλά πήρε το όνομα «Άγιος Νικόλαος» από το μικρό βυζαντινό εκκλησάκι του 9ου αιώνα που βρίσκεται στην χερσόνησο Αμμούδι, περίπου 2 χιλιόμετρα βόρεια της πόλης. Το 1900 ο Άγιος Νικόλαος γίνεται η έδρα του Δήμου Κριτσάς. Το 1904 η έδρα του Δήμου Λασιθίου μετακινήθηκε από την Νεάπολη στον Άγιο Νικόλαο.
Η Λίμνη Βουλισμένη
H Λίμνη Βουλισμένη («Λίμνη» για τους Αγιονικολιώτες) είναι μια μικρή λιμνοθάλασσα στο κέντρο της πόλης. Η λίμνη συνδέεται με το λιμάνι της πόλης με ένα κανάλι που ανοίχθηκε το 1870. Πολλοί αρχαίοι μύθοι αναφέρουν τη Λίμνη, οι αρχαιότεροι από τους οποίους θέλουν τις θεές Αθηνά και Άρτεμη να λούζονται σε αυτή. Με τη Λίμνη συνδέονται δύο αστικοί μύθοι, ότι δεν υπάρχει πυθμένας, και ότι η Λίμνη συνδέεται με το ηφαίστειο της Σαντορίνης. Ο τελευταίος μύθος στηρίζεται στο ότι κατά την τελευταία έκρηξη του ηφαιστείου, τα νερά της Λίμνης φούσκωσαν και πλημμύρισαν τις γύρω από αυτήν αποθήκες. Στον πυθμένα της λίμνης υπάρχει πολεμικό υλικό που εγκαταλείφθηκε από τους Γερμανούς στρατιώτες προτού αποχωρήσουν στο τέλος του Β΄ Παγκόσμιου Πολέμου.