Το ανεξάρτητο Βυζαντινό κράτος που ιδρύθηκε μετά την Δ΄ Σταυροφορία στην Ήπειρο για πολύ καιρό λεγόταν «Δεσποτάτο της Ηπείρου». Η ονομασία αυτή είναι ανακριβής και οφείλεται στην λανθασμένη αντίληψη ότι ο ιδρυτής του κράτους Μιχαήλ Δούκας έφερε τον τίτλο του «δεσπότου». Καμία μαρτυρία δεν υπάρχει για κάτι τέτοιο. Ο τίτλος του «δεσπότου» μπορούσε να απονεμηθεί μόνο από τον αυτοκράτορα και έτσι μόνο μετά την αναγόρευση και στέψη του αδελφού του Μιχαήλ, Θεόδωρου Κομνηνού Δούκα, στη Θεσσσαλονίκη το 1224, απονεμήθηκε τον ελλαδικό χώρο.
Είναι δύσκολο να προσδιορίσουμε με ακρίβεια τη θεσμική μορφή του κράτους της Ηπείρου. Ο ιδρυτής της Μιχαήλ Δούκας πρέεπι να θεωρηθεί απλώς ένας «τοπάρχης» ή «άρχων», όπως ήταν ο Λέων Σγουρός στο Άργος και στην Κόρινθο ή ένας συγγενής του Μιχαήλ, ο Μανουήλ Καμύτζης, στη Μακεδονία και τη Θεσσαλία πριν από το 1204. Ο Ιωάννης Καντακουζηνός υποστήριζε ότι οι κυβερνήτες της Ηπείρου την διοικούσαν όχι με το δίκαιο της κατάκτησης, αλλά ως υπήκοοι του αυτοκράτορος της Νίκαιας. Είναι πάντως βέβαιο ότι, όταν ο Θεόδωρος Δούκας έφυγε από τη Μικρά Ασία για να συναντήσει τον αδελφό του Μιχαήλ στην Ήπειρο, έδωσε όρκο υποταγής στον αυτοκράτορα της Νίκαιας. Εξάλλου, είναι γεγονός ότι οι αυτοκράτορες της Νίκαιας θεωρούσαν τους κυβερνήτες της Ηπείρου ως αποστάτες, που δεν διέθεταν κανένα στοιχείο νομιμότητας.
Η ανεξαρτησία της Ηπείρου μετά το 1204 υπήρξε γεγονός αναμφισβήτητο που ενισχύθηκε από γεωγραφικούς παράγοντες. Η αυτοκρατορία της Νίκαιας ιδρύθηκε ως εστία αντίστασης εναντίον ενδεχόμενης επέκτασης των Λατίνων στη Μικρά Ασία. Στην Ήπειρο όμως, ο κίνδυνος εισβολής ήταν πολύ μικρότερος. Ενώ στη Νίκαια οι Έλληνες έπρεπε να αγωνισθούν για να διαφυλάξουν ένα θύλακα ανεξαρτησίας, στην Ήπειρο ο θύλακας είχε προετοιμασθεί από τη φύση και προστατευόταν από τη θάλασσα και τα βουνά. Με τη συμφωνία διανομής της αυτοκρατορίας από τους σταυροφόρους, το μεγαλύτερο μέρος της περιοχής είχε επιδικασθεί στους Βενετούς, αλλά οι Βενετοί δεν ήταν σε θέση να πραγματοποιήσουν την κατάκτηση επιχειρώντας εκστρατεία στο εσωτερικό της Ηπείρου.
Η καρδιά της ηγεμονίας υπήρξε πάντα η παλαιά Ήπειρος με κυριότερες πόλεις τα Ιωάννινα, την Άρτα και τη Ναύπακτο. Τα Ιωάννινα αναπτύχθηκαν σημαντικά κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Μιχαήλ Α΄, που τα μετέτρεψε από «πολίδιο» σε «κάστρον», εγκαθιστώντας εκεί μεγάλο αριθμό προσφύγων από τις λατινοκρτοτύμενες και βουλγαροκρατούμενες περιοχές. Η Ναύπακτος που βρίσκεται κοντά στο στενότερο σημείο του Κορινθιακού κόλπου, κατείχε θέση ζωτικής σημασίας γα την άμυνα της Αιτωλίας από ενδεχόμενες επιθέσεις των Φράγκων του Μορέως της γειτονικής φραγκικής βαρωνίας των Σαλώνων.
Η Άρτα, η πρωτεύουσα του Μιχαήλ, είναι φυσικά οχυρή. Συνδεόταν οδικά, στα βόρεια με τα Ιωάννινα και επίσης με τη Θεσσαλία, με ένα δρόμο που ακολουθούσε τις υπώρειες των Τζουμέρκων. Αυτόν τον δρόμο φαίνεται ότι χρησιμοποίησε ο Μιχαήλ στην επίθεση του εναντίον των Λατίνων της περιοχής και έτσι απελευθέρωσε τη Λάρισα και άλλες θεσσαλικές πόλεις. Η προσάρτηση της Θεσσαλίας και της Κέρκυρας που ακολουθήθηκε από τις θεαματικές κατακτήσεις του Θεόδωρου Δούκα στη Μακεδονία εις βάρος των Λατίνων και των Βουλγάρων, επεξέτειναν σημαντικά τα όρια της ηγεμονίας, που ίδρυσε ο Μιχαήλ.
Λίγο μετά την κατάληψη της Θεσσαλονίκης το 1224, ο Θεόδωρος Δούκας κυβερνούσε μια αυτοκρατορία που επεκτεινόταν από την Αδριανούπολη ως το Δυρράχιο και από την Αχρίδα ως τον Κορινθιακό κόλπο. Αλλά η αυτοκρατορία υπήρξε ένα εύθραυστο και αναφομοίωτο σύνολο και κατέρρευσε αμέσως μετά την ήττα του Θεόδωρου στον πόλεμο με τον Ιωάννη Β΄ Ασάν το 1230. Μετά την οριστική προσάρτηση της Θεσσαλονίκης από την αυτοκρατορία της Νίκαιας, οι μόνες περιοχές που έμειναν υπό τον έλεγχο της κυβέρνησης της Άρτας υπήρξαν η Παλαιά Ήπειρος και η Θεσσαλία.
Μετά το 1230 ο Μιχαήλ Β’ επέστρεψε στην Ήπειρο για να διεκδικήσει ό,τι θεωρούσε πως του ανήκε κληρονομικά. Πριν πεθάνει, το 1268, μοίρασε τις κτήσεις ανάμεσα στους δυο γιουςτου, τον Νικηφόρο και τον Ιωάννη Δούκα, κληροδοτώντας στον πρώτο την Ήπειρο με πρωτεύουσα την Άρτα και στον δεύτερο τη Θεσαλία με πρωτεύουσα την πόλη των Νέων Πατρών (Υπάτη). Αυτές οι δύο περιοχές παρέμειναν ανεξάρτητες από το Βυζάντιο επί 80 χρόνια μετά την ανακατάληψη της Κωνσταντινούπολης, το 1261, για να επανενσωματωθούν στην αυτοκρατορία κατά τη διάρκεια της βασιλείας του Ανδρόνικου Γ΄ Παλαιολόγου.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους