Τα φοβερά εγκλήματα του Ιουστινιανού Β’ κατά τη δεύτερη περίοδο της βασιλείας του προκάλεσαν νέο κίνημα εναντίον του. Το κίνημα αυτό οργανώθηκε από τους Έλληνες της Χερσώνας με επικεφαλής τον αρμενικής καταγωγής στρατηγό Βαρδάνη, που όταν ανακηρύχθηκε αυτοκράτορας πήρε το όνομα Φιλιππικός Βαρδάνης. Ο νέος αυτοκράτορας φεύγει από τη Χερσώνα, διαπλέει τον Εύξεινο Πόντο, καταλαμβάνει την Κωνσταντινούπολη και αποκεφαλίζει τον Ιουστινιανό Β’. Έτσι άδοξα τελειώνει η δυναστεία του Ηρακλείου και του Κωνσταντίνου Δ’ Πωγωνάτου.
Ο Φιλιππικός Βαρδάνης, αν και έλαβε ελληνικό όνομα, δεν ξέχασε την αρμενική καταγωγή του και την πίστη του στον Μονοθελητισμό, τον οποίο υποστήριξε και τον θεώρησε ως τη μόνη ορθή διδασκαλία, ενώ καταδίκασε την Έκτη Οικουμενική Σύνοδο. Εξόρισε τον πατριάρχη Κύρο σε κάποιο μοναστήρι και ανέβασε στον πατριαρχικό θρόνο τον ομόφρονά του Ιωάννη. Στη συνέχεια συνεκάλεσε στη Κωνσταντινούπολη Σύνοδο φανατικών μονοθελητών, οι οποίοι ανέτρεψαν τις αποφάσεις της Έκτης Οικουμενικής Συνόδου, την αναθεμάτισαν και έκαψαν τα πρακτικά της.
Εν τω μεταξύ η παράβαση των συμφωνιών με τους Βούλγαρους, τις οποίες είχε συνάψει ο Ιουστινιανός Β’ παλαιότερα, προκάλεσε βουλγαρικές επιδρομές. Οι Βούλγαροι σε μια αιφνιδιαστική επίθεση έφτασαν μέχρι τον Βόσπορο και την Κωνσταντινούπολη λεηλατώντας και καταστρέφοντας. Οι Άραβες από την άλλη πλευρά επανέλαβαν τις επιδρομές τους στη Μικρά Ασία όπου κατέλαβαν την Ταρσό (712), την Αμάσεια του Πόντου και το 713 την Αντιόχεια της Πισιδίας.
Η αλλοπρόσαλλη θρησκευτική πολιτική που ακολούθησε ο Φιλιππικός Βαρδάνης, και γενικά η αδέξια πολιτική του προκάλεσαν δυσαρέσκειες και στους άρχοντες και στον στρατό. Εξυφάνθηκε συνωμοσία, η οποία οργάνωσε στρατιωτικό κίνημα, το οποίο ανέτρεψε τον Φιλιππικό και αναγόρευσε αυτοκράτορα έναν ανώτερο πολιτικό υπάλληλο (πρωτοασηκρητή), ο οποίος μετονομάστηκε Αναστάσιος Β’.
Ο Σπυρίδων Λάμπρος αναφέρει για τον Φιλιππικό Βαρδάνη ότι «ήτο ως ιδιώτης εξεταζόμενος παράδοξον κράμα αρετών και κακών. Καίπερ ων λόγιος και εχέφρων, διήγε τον βίον ασέμνως και ραθύμως».