Ο αρχιτεκτονικός τύπος που προτιμάται από τον 6ο μ.Χ. αιώνα και μετά στην κατασκευή εκκλησιών είναι η τρουλλαία βασιλική. Ένας αρχιτεκτονικός τύπος που δημιουργήθηκε στη εποχή του Ιουστινιανού, από τον συνδυασμό της βασιλικής και του τρουλλαίου κτίσματος. Τον αρχιτεκτονικό αυτό τύπο θα επεξεργαστούν οι Βυζαντινοί αρχιτέκτονες, στους αιώνες που θα ακολουθήσουν, μέχρι να καταλήξουν στον καθαρά βυζαντινό αρχιτεκτονικό τύπο, τον «σταυροειδή εγγεγραμμένο με τρούλο» ναό με τέσσερα λεπτά και ελεύθερα στηρίγματα του τρούλλου που εμφανίζεται στον 8ο αιώνα και θα επικρατήσει στη βυζαντινή ναοδομία ως τον 10 αιώνα.

Η πρόθεση και το διακονικό στα μέσα του 6ου αιώνα μεταφέρονται από το δυτικό στο ανατολικό τμήμα του ναού εκατέρωθεν του Ιερού Βήματος. Θα αποκτήσουν και αψίδα. Η πρόθεση και το διακονικό στη αρχή δεν συνδέονται αρμονικά με το Ιερό Βήμα, σταδιακά εναρμονίζονται με όλη την αρχιτεκτονική μορφή του ναού, επικοινωνούν με τον κυρίως ναό και το Ιερό Βήμα και διαμορφώνουν με το τελευταίο έναν αυτοτελή χώρο προορισμένο για το ιερατείο, το τριμερές Ιερό βήμα που έχει στην ανατολική πλευρά του τρεις αψίδες. Προοδευτικά αυξάνεται και το ύψος του τέμπλου με τον αυξανόμενο μυστικισμό της εποχής και τη συμβολική ερμηνεία των μερών του ναού, που βλέπει σε αυτό το νοητό χώρισμα μεταξύ επουρανίων και επιγείων.
Οι μεταβολές αυτές στην τρουλλαία βασιλική έγιναν πρώτη φορά στην Κωνσταντινούπολη. Τα μνημεία της έχουν αλλοιωθεί από μεταγενέστερες επισκευές ή έχουν εξαφανιστεί και έτσι σαφή εικόνα μας δίνουν μνημεία από τη Νίκαια της Βιθυνίας και τη Θεσσαλονίκη, που αντανακλούν άμεσα την τέχνη της Βασιλεύουσας.
Η Αγία Σοφία Θεσσαλονίκης, που χρονολογείται η πρώτη φάση της τον 7ο αιώνα, χτίστηκε πάνω σε πεντάκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική που μπορεί να χρονολογηθεί μέχρι το 450 και καταστράφηκε πιθανότατα από τον σεισμό του 620. Ο κυρίως ναός έχει αυξηθεί σε πλάτος και περιοριστεί σε μήκος. Αυτή η τάση για τετραγωνισμό επέφερε μετατροπή στη διάταξη των καμαρών του κεντρικού κλίτους. Οι καμάρες όμως αυτές είναι άνισες. Έτσι τονίζεται ο κατά μήκος άξονας του μνημείου. Στην Αγία Σοφία Θεσσαλονίκης έχει ήδη αρχίσει η διαδικασία μείωσης του όγκου των στηριγμάτων του τρούλλου που αργότερα στους μεσοβυζαντινούς σταυροειδείς θα είναι λεπτοί κίονες ή μικροί πεσσοί στη θέση των ογκωδών πεσσών, όπου και θα δημιουργηθούν μικρά διαμερίσματα.
Η τρουλλαία βασιλική της Αγίας Σοφίας Θεσσαλονίκης, με τον όγκο των μαζών της και γενικά το αυστηρό και βαρύ ύφος της καλλιτεχνικής μορφής της, αντιπροσωπεύει την παράδοση της αυτοκρατορικής αρχιτεκτονικής, όπως εκφράζεται στην Αγία Σοφία της Κωνσταντινούπολης, μία δυναμική αρχιτεκτονική του συγκεντρωτικού κράτους. Η επιλογή της αρχιτεκτονικής αυτής μορφής στην παρούσα περίπτωση ίσως απέβλεπε στο να προβάλει την ισχύ της αυτοκρατορίας στους βαρβάρους που απειλούσαν την πόλη και να τονώσει το ηθικό των καταταλαιπωρημένων κατοίκων της μετά τους καταστρεπτικούς σεισμούς και τις συνεχείς επιθέσεις των Αβάρων και των Σλάβων.
[…] του ελεύθερου σταυρού με την τρίκλιτη θολωτή βασιλική. Οι ναοί αυτοί χαρακτηρίζονται από το γεγονός ότι τα […]
[…] της χριστιανικής ναοδομίας με άμεσο πρόγονο την τρουλλαία βασιλική. Αυτό που χαρακτηρίζει γενικά τους σταυροειδείς […]