Με την σύσταση του, το Πανεπιστήμιο της Κωνσταντινούπολης από τον Θεοδόσιο τον Β’, το 425, δέχθηκε την πνευματική διανόηση του κράτους. Όπως και στη σχολή των Αθηνών, στο πλαίσιο των φιλοσοφικών σπουδών, οι σπουδαστές παρακολουθούσαν και ιατρικά μαθήματα. Μάλιστα ένας φιλόσοφος, ο Αγάπιος, κλήθηκε από την Αλεξάνδρεια να αναλάβει τη θέση του διδασκάλου.
Σημαντική ήταν η παρουσία, στο Πανεπιστήμιο, των αρχιτεκτόνων, Ανθέμιου και Ισίδωρου, της Αγίας του Θεού Σοφίας, οι οποίοι υπηρετούσαν εξαιρετικά την επιστήμη των μαθηματικών και ιδίως της γεωμετρίας, καθώς και του αδελφού του Ανθέμιου Αλεξάνδορυ, που ήταν ιατρός. Ο τελευταίος είχε γράψει μια δωδεκάτομη παθολογία με το τίτλο «Θεραπευτικά». Υπήρχαν στενοί δεσμοί Αθηνών, Αλεξάνδρειας και Κωνσταντινούπολης, αλλά από τον 7ο αιώνα η φιλοσοφία εγκαταστάθηκε στην Βασιλεύουσα.
Σπουδαίος διδάσκαλος στο Πανεπιστήμιο της Κωνσταντινούπολης ήταν ο Ιωάννης Λυδός. Γεννήθηκε το 490 στην Φιλαδέλφεια και μετά το 511 μαθήτευσε κοντά στον Αγάπιο στην Κωνσταντινούπολη. Ο Ιωάννης στο έργο του «Περί μηνών», πραγματεύεται μεταξύ άλλων και τα ονόματα τους, τα οποία συσχετίζει με ελληνικές μυθολογίες και ρωμαϊκά ζητήματα. Έγραψε επίσης και το έργο «Περί αρχών της Ρωμαϊκής πολιτείας».
Ο Αέτιος Αμιδηνός, προσωπικός φίλος του Ιουστινιανού, είχε σπουδασει στην Αλεξάνδρεια και υπηρέτησε ως καθηγητής στην Κωνσταντινούπολη. Έχει συγγάψει μια συλλογή με τίτλο «Βιβλία ιατρικά εκκαίδεκα», στην οποία, εκτός της αναφοράς του σε παλαιότερους συγγραφείς, προβαίνει και σε προσωπικές κρίσεις και θεωρίες. Ο Αέτιος ήταν χριστιανός, επηρεασμένος από την νεοπλατωνική σχολή της Αλεξάνδρειας.
Μαθητής του Ισιδώρου και του Αμμωνίου και μεγάλος μαθηματικός, που δίδαξε στο Πανεπιστήμιο της Κωνσταντινούπολης, ήταν ο Ευτόκιος από την Ασκάλωνα. Ο Ευτόκιος έγραψε υπομνήματα στα έργα του Αρχιμήδη «Περί σφαίρας και κυλίνδρου», το οποίο αφιερώνει στον Αμμώνιο. Ο Ευτόκιος εικάζεται ότι δίδασκε, εκτός από μαθηματικά, και φιλοσοφία στην Αλεξάνδρεια. Αν δίδαξε στην Κωνσταντινούπολη είναι άγνωστο, αλλά είναι βέβαιο ότι καθιέρωσε στο Πανεπιστήμιο της Κωνσταντινούπολης τα μαθηματικά της κλασικής ελληνικής αρχαιότητας.