Οι διαδοχικές αποτυχίες στην Ήπειρο είχαν δημιουργήσει ανησυχία και απογοήτευση στους Σουλιώτες, αφού καμιά ελπίδα για βοήθεια δεν υπήρχε πλέον. Η αντίσταση στην Κιάφα συνεχιζόταν, οι πολιορκημένοι όμως και ιδίως 15.000 γυναικόπαιδα, που είχαν καταφύγει σε αυτήν είχαν τρομερά καταπονηθεί από την έλλειψη νερού και τροφών και περισσότερο από τις επιδημικές αρρώστιες. Το γεγονός αυτό εκμεταλλεύτηκαν οι Τουρκαλβανοί αρχηγοί που οι δικοί τους άνδρες υπέφεραν από τις ίδιες ελλείψεις και επιδημίες, και επεδίωκαν να πείσουν τους Σουλιώτες να παραδοθούν. Παράλληλα οι ειδήσεις που έφθαναν στην Κιάφα από την υπόλοιπη Ελλάδα ήταν αποκαρδιωτικές και είχαν αρχίσει να επηρεάζουν το ηθικό των Σουλιωτών.
Σε πρόταση των Τουρκαλβανών για συνθηκολόγηση, οι Σουλιώτες, όταν συνειδητοποίησαν πως δεν μπορούσαν να αμυνθούν περισσότερο χρόνο και όταν μάλιστα αντιλήφθηκαν πως οι πολιορκημένοι μαζί τους γείτονες χωρικοί είχαν αρχίσει να διαπραγματεύονται κρυφά, απάντησαν ότι μόνο με τους πασάδες θα μπορούσαν να συζητήσουν. Έτσι επίσημοι αντιπρόσωποι της τουρκικής στρατιωτικής ηγεσίας έφθασαν στο Σούλι και έθεσαν ως βασικό όρο, πάνω στον οποίο θα στηρίζονταν οι διαπραγματεύσεις, την απομάκρυνση των Σουλιωτών, από την περιοχή και την εγκατάσταση τους σε τόπο που οι ίδιοι θα διάλεγαν. Οι Σουλιώτες ζήτησαν να μετοικήσουν στα Επτάνησα ή στην Πελοπόννησο. Οι Τούρκοι δέχτηκαν το πρώτο και στις 28 Ιουλίου στο αγγλικό προξενείο της Πρέβεζας υπογράφηκε, με την εγγύηση του Άγγλου Προξένου Καρόλου Μάγερ, συνθήκη που περιελάμβανε μεταξύ των άλλων τα εξής:
Η μεταφορά των Σουλιωτών, που θα έφεραν τα όπλα τους και ό,τι ήθελαν από την κινητή περιουσία τους θα γίνονταν στην Άσσο της Κεφαλονιάς με πλοία επτανησιακά, των οποίων οι Τούρκοι θα πλήρωναν το ναύλο και η επιβίβαση θα γινόταν από τη Σπιάντζα. Τα τουρκικά στρατεύματα που ήταν στρατοπεδευμένα στο Γλυκύ θα απομακρύνονταν για να περάσουν χωρίς κίνδυνο επίθεσης οι Σουλιώτες, οι οποίοι θα έπαιρναν για ασφάλεια ομήρους «τους πλησιέστερους συγγενείς των σημαντικών Τούρκων» και θα τους κρατούσαν ως τη στιγμή της επιβίβασης στα πλοία. Οι Σουλιώτες φρόντισαν να εξασφαλίσουν ευνοϊκούς όρους και για τους γειτονικούς ελληνικούς πληθυσμούς, που μετά την αποχώρηση τους από την Κιάφα θα επέστρεφαν στα σπίτια τους και στα κτήματα τους.
Ο Κουτσονίκας γράφει σχετικά ότι είχε προηγηθεί πρόταση των Τούρκων να παραμείνουν οι Σουλιώτες στην πατρίδα τους, απολαμβάνοντας τα ίδια όπως και πριν προνόμια υπό την επικυριαρχία του σουλτάνου. Για τους Σουλιώτες όμως η παραδοχή μιας τέτοιας συμφωνίας θα σήμαινε αποχωρισμό από τους άλλους Έλληνες, για τον Αγώνα των οποίων θα μπορούσαν μάλιστα να γίνου επιζήμιοι. Απέρριψαν αυτή την πρόταση, η οποία κατά τον Περραιβό, ήταν δολία και απέβλεπε στην εξαπάτηση τους και στην εξολόθρευση τους.
Στις 2 Σεπτεμβρίου από το λιμάνι της Σπιάντζας οι Σουλιώτες και μαζί τους και ο Χριστόφορος Περραιβός εγκατέλειψαν και πάλι τον τόπο τους για να εγκατασταθούν πρόσφυγες στα Επτάνησα. Προηγουμένως όμως είχαν απαιτήσει και είχαν εισπράξει τους μισθούς ενός χρόνου, 150.000 γρόσια, που τους χρώσταγε ο Αλή πασάς και έναντι των οποίων κρατούσαν ως όμηρο τον εγγονό του Χουσεΐν πασά. Από εκεί παρά την απαγόρευση των αγγλικών αρχών διέφυγαν αργότερα στα διάφορα μέτωπα της νότιας Ελλάδας, για να πολεμήσουν υπό την αρχηγία δικών τους ή άλλων οπλαρχηγών.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών