Η Γαλλία με πόλεμο διώχνει τους ουγενότους το 1628. Η δεύτερη χώρα στην οποία τα πράγματα ήταν βίαια και κορυφώθηκαν σε πόλεμο μεταξύ προτεσταντών και καθολικών, είναι η χώρα της γέννησης του προτεσταντισμού, η Γερμανία.
Στη Γερμανία, μετά την εκδήλωση των πραγμάτων και τις εντάσεις που πραγματοποιήθηκαν, το 1555 ο Κάρολος Ε’, αυτοκράτορας της Γερμανίας, κατέληξε σε ένα διάταγμα το οποίο είχε τη μεσαιωνική αντίληψη «cuius regio, eius religio», όπως έλεγαν οι Λατίνοι, δηλαδή: «εκείνου που είναι η διοίκηση, εκείνου είναι και το θρήσκευμα». Δηλαδή αυτό το διάταγμα έλεγε: σε όποια περιοχή της Γερμανίας ο ηγεμόνας είναι προτεστάντης, τότε και οι υπόλοιποι θα είναι προτεστάντες, αλλιώς καθολικοί. Αυτή η ρύθμιση δεν ήταν τόσο προχωρημένη. Το διάταγμα της Νάντης του 1598 στη Γαλλία ήταν πολύ περισσότερο φωτισμένο και πιο ευέλικτο και ήταν πολύ πιο πολιτικό.
Εκ των πραγμάτων, λοιπόν, η βία στη Γερμανία συνεχιζόταν -σε διάφορα κράτη πιο πολύ, σε άλλα λιγότερο- και το αποκορύφωμα ήταν η μεγάλη σύγκρουση των Γερμανών μεταξύ τους το 1618. Δηλαδή, 100 σχεδόν χρόνια μετά την έκρηξη της Μεταρρύθμισης, η χώρα στην οποία ξεκίνησε αυτό το μεγάλο βήμα του χριστιανισμού βρέθηκε χωρισμένη αμείλικτα σε δύο στρατόπεδα, σε έναν εξοντωτικό πόλεμο μεταξύ των Γερμανών προτεσταντών και των Γερμανών καθολικών.
Ο πόλεμος αυτός ονομάζεται «Τριακονταετής». Διήρκησε από το 1618 έως το 1648, τριάντα χρόνια. Ένας πόλεμος ο οποίος, ενώ ήταν πόλεμος εμφύλιος μεταξύ Γερμανών, εξελίχτηκε στον πρώτο πανευρωπαϊκό πόλεμο της Ιστορίας. Διότι προς ενίσχυση των προτεσταντών Γερμανών έσπευσαν προτεσταντικά κράτη, και αντιστοίχως προς ενίσχυση των Γερμανών καθολικών, καθολικά κράτη. Όχι σε τόσο καθαρή διαίρεση, αλλά κατά κανόνα έτσι: προτεστάντες βοηθούν προτεστάντες και
καθολικοί βοηθούν καθολικούς. Έτσι, συγκρούστηκε στο έδαφος της Γερμανίας σχεδόν ολόκληρη η δυτική Ευρώπη, σε αυτά τα τριάντα χρόνια.
Ήταν ένας πόλεμος μέχρις εσχάτων. Υπολογίζεται ότι μόνο από πλευράς στρατιωτών, σε αυτό τον πόλεμο υπήρχαν 1 εκατομμύριο θύματα, που είναι πάρα πολύ μεγάλος αριθμός, αν σκεφτεί κανείς το γεγονός ότι τότε η δημογραφική εικόνα των πληθυσμών ήταν τελείως διαφορετική από αυτή που έχουμε τα νεότερα χρόνια· δηλαδή 1 εκατομμύριο τότε είναι σαν 10 εκατομμύρια σήμερα.
Εκτός από το 1 εκατομμύριο στρατιώτες, στη Γερμανία ένας απροσδιόριστος αριθμός χωρικών, απλών ανθρώπων, επίσης έχασε τη ζωή του. Ολόκληρα χωριά ή ολόκληρες ομάδες καθολικών ή προτεσταντών βρίσκονταν να κρεμιούνται σε κλαδιά δέντρων, τα περίφημα «στολισμένα δέντρα», όπως λέγονταν. Εκτός από τους νεκρούς που έφερνε ο ίδιος ο τακτικός πόλεμος, υπήρχε και ο άτακτος πόλεμος και η βία σε τοπικό επίπεδο.
Η Γερμανία για τριάντα χρόνια έζησε πραγματικά μια κόλαση, και βέβαια όσες χώρες συμμετείχαν επίσης οι στρατιώτες τους. Και τελικά, το 1648 αυτός ο τρομερός κύκλος πολέμου στην Ευρώπη έληξε με τη Συνθήκη της Βεστφαλίας, μια εξαιρετικά περίπλοκη συνθήκη, διότι σε αυτή μετέσχαν 194 πλευρές.
Για να ολοκληρωθεί ο κύκλος της συνθήκης αυτής, υπήρξαν 11 διαφορετικές υποσυνθήκες για να ρυθμίσουν επιμέρους ζητήματα. Χονδρικά, με τη Συνθήκη της Βεστφαλίας το πράγμα ως προς το καθολικός-προτεστάντης, όσον αφορά τη Γερμανία, έληξε ισόπαλο. Δηλαδή, όποιος είναι προτεστάντης ας είναι προτεστάντης, όποιος είναι καθολικός ας είναι καθολικός. Από αυτή την πλευρά, χρειάστηκε τόσο πολύ αίμα για να καταλήξει σε κάτι αυτονόητο.
Πάντως η Συνθήκη της Βεστφαλίας δεν αφορούσε μόνο πλέον το θέμα των προτεσταντών και καθολικών Γερμανών, αλλά προέβλεπε και πολλές άλλες ρυθμίσεις, διότι τα κράτη τα οποία ενεπλάκησαν στον πόλεμο αυτό, τον εμφύλιο της Γερμανίας, επιθυμούσαν να αποσπάσουν εδάφη προς όφελός τους από τα εδάφη της Γερμανίας. Δηλαδή η Γερμανία ήταν η ηττημένη από αυτό τον εμφύλιο πόλεμο. Η Γαλλία έβαλε πόδι στην Αλσατία και τη Λορένη, η Σουηδία διεκδίκησε και πήρε εδάφη του βορρά της Γερμανίας.
Το 1648 ήταν μια κομβική χρονιά για την ευρωπαϊκή ιστορία. Η Ευρώπη έχει κάνει έναν κύκλο μεγάλων ζυμώσεων, θρησκευτικών, κοινωνικών, πολιτικών, διότι όλα αυτά που συμβαίνουν αυτά τα εκατό χρόνια της Θρησκευτικής Μεταρρύθμισης δεν είναι μόνο θρησκευτικά, άλλες και βαθιά πολιτικά, άλλαξαν το κλίμα της Ευρώπης ολόκληρης.
Αυτός ο Τριακονταετής Πόλεμος επίσης έπαιξε ρόλο σε σχέση με την αποκοπή της Αυστρίας από τον υπόλοιπο κορμό των Γερμανών. Οι Αυστριακοί είναι Γερμανοί, αλλά η Αυστρία, η οποία είχε και δικιά της δυναστεία, τη δυναστεία των Habsburg (Αψβούργων), όταν γίνονται αυτές οι εξελίξεις, ενώ στον βορρά κυριαρχεί η δυναστεία των Hohenzollern (Χοεντσόλερν), η Αυστρία καταλήγει στο να είναι μια καθαρά καθολική χώρα, μάλιστα εχθρική στον προτεσταντισμό, με αποτέλεσμα και σήμερα το χαρακτηριστικό της Αυστρίας είναι να είναι κατά κύριο λόγο καθολική χώρα. Και όλα αυτά έχουν την αρχή τους στις πραγματικότητες του εμφυλίου πολέμου και στις ρυθμίσεις του Τριακονταετούς Πολέμου, της περίφημης Συνθήκης της Βεστφαλίας.
Σε αυτή τη Συνθήκη της Βεστφαλίας επίσης μπήκε και η επίσημη σφραγίδα στην ανεξαρτησία δύο χωρών, σημαντικών για την Ευρώπη: Η μία είναι η Ελβετία. Η Ελβετία είναι ένα μικρό θαύμα της Ευρώπης, που από το 1291 η Ελβετία είναι μία χώρα ομοσπονδιακή, οργανωμένη σε καντόνια, με αυτή την ιδιότυπη δημοκρατία που έχει επιλέξει από εκατονταετίες, εκεί στην καρδιά της Ευρώπης, πάνω στις Άλπεις.
Και η άλλη χώρα, της οποίας επικυρώθηκε η ανεξαρτησία, είναι η Ολλανδία. Στη διάρκεια αυτών των εμφυλίων πολέμων και του Τριακονταετούς Πολέμου, παρότι το βόρειο κομμάτι της Ολλανδίας είχε εισπράξει γρήγορα τον προτεσταντισμό, οι νότιες επαρχίες της βρίσκονταν υπό ισπανικό έλεγχο, και γι’ αυτό η Ολλανδία χρειάστηκε, μέσα στον πόλεμο αυτό, να δώσει μάχη εναντίον της Ισπανίας, που ήταν καθολική χώρα.