Πολυπληθέστεροι από τις βασιλικές και τα τρουλαία κτίσματα είναι στη μεσοβυζαντινή εποχή οι σταυροειδείς εγγεγραμμένοι ναοί, των οποίων ο τρούλλος βαστάζεται από τέσσερα ελεύθερα στηρίγματα. Ο τύπος αυτός ναών διαμορφώνεται πλήρως την εποχή της μακεδονικής δυναστείας και θα επικρατήσει με διάφορες παραλλαγές σε ολόκληρη τη Βυζαντινή Αυτοκρατορία και στους λαούς που επηρεάζονται από αυτήν.
Την ονομασία «σταυροειδής εγγεγραμμένος με τρούλλο ναός» οφείλει ο τύπος στο ότι ο τρούλλος υποβαστάζεται σε τέσσερις ημικυκλικές καμάρες που διατάσσονται σταυροειδώς διαγράφοντας στη στέγη του ναού κατά τρόπο πλαστικό το σημείο του σταυρού. Για να εξουδετερώνονται οι ωθήσεις των ημικυκλικών θόλων τα εκατέρωθεν των κεριών του σταυρού κενά γεμίζουν με τέσσερα μικρά γωνιακά διαμερίσματα και έτσι ο σταυρός, που είναι ο πυρήνα του κτίσματος, εγγράφεται σε τετράγωνο ή ορθογώνιο.
Τα μικρά γωνιακά διαμερίσματα στεγάζονται χαμηλότερα από τις κεραίες του σταυρού, ο οποίος διαγράφεται με σαφήνεια στη στέγη. Εσωτερικά τα γωνιακά διαμερίσματα στεγάζονται, στην Κωνσταντινούπολη και στις περιοχές που επηρεάζει άμεσα, με σταυροθόλια, ασπίδες ή τρουλλίσκους. Στην υπόλιπη Ελλάδα επικρατεί η στέγαση τους με ημικυλινδρικές καμάρες, εμφανίζονται όμως και τρόποι στέγασης που χαρακτηρίζουν τα μνημεία της Πόλης.
Ο τρούλλος στα παλαιότερα μνημεία βυθιζόταν σε μια τετράγωνη βάση, στους μεσοβυζαντινούς σταυροειδείς εγγεγραμμένους ναούς υψώνεται ραδινός σε ένα τύμπανο που διατρυπάται από πολλά παράθυρα. Τα στηρίγματα των καμαρών και του τρούλλου στα παλαιότερα μνημεία ήταν ογκώδεις πεσσοί ή τοίχοι, που απομόνωναν το κέντρο του ναού από τους γύρω χώρους, τώρα εκλείπουν και τη θέση τους παίρνουν λεπτοί κίονες ή σπανιότερα λεπτοί πεσσοί, πάνω στους οποίους στηρίζονται τόξα που κρατούν τις καμάρες και τον τρούλλο μέσω των σφαιρικών τριγώνων, που διαμορφώνονται πάνω ακριβώς από τα στηρίγματα μεταξύ καμαρών των κεραιών του σταυρού και της βάσης του τρούλλου. Έτσι ο εσωτερικός χώρος αποκτά μεγαλύτερη ενότητα και συνοχή.
Το τριμερές Ιερό Βήμα με τρεις αψίδες προς ανατολάς αποτελεί τώρα ένα ενιαίο σύνολο με τον κυρίως ναό καθώς έχουν εκλείψει οι τοίχοι που το χώριζαν. Πολλές φορές στον κυρίως ναό προστίθενται νάρθηκες, στοές και παρεκκλήσια σαν προσκτίσματα. Ο πλήρως απαρτισμένος σταυροειδής εγγεγραμμένος διακρίνεται για τη συμμετρική και σαφή διάταξη των τμημάτων του και την ενότητα του χώρου.
Για το πως δημιοιργήθηκε αυτός ο τύπος χριστιανικού ναού υπάρχουν διάφορες απόψεις. Το σίγουρο είναι ότι από πολύ νωρίς διαμορφώθηκε η ιδέα του τρούλλου που στηρίζεται σε καμάρες, οι οποίες σχηματίζουν ελληνικό σταυρό. Έτσι ώστε να δίνει η εκκλησία καθαρότερα την εικόνα του μικρόκοσμου και παράλληλα να αναδεικνύεται το σημείο της Πίστεως, ο σταυρός. Αυτή η αρχιτεκτονική μορφή που φαίνεται καθαρότερα εξωτερικά, για λειτουργικούς λόγους με το χρόνο εγγράφεται σε ορθογώνιο, οι τοίχοι του ναού αρχίζουν να διαλύονται και αντικαταστάθηκαν σταδιακά με λεπτούς πεσσούς και συνηθέστερα με κίονες επιτρέποντας έτσι την ενωποίηση του εσωτερικού χώρου του ναού και δίνοντας στο όλο οικοδόμημα την αίσθηση της λιτότητας και της σαφήνειας στη σχέση των διαφόρων μερών του και της συμμετρικής γύρω από το κεντρικό τρούλλο διάταξης του χώρου.
Ο σταυροειδής εγγεγραμμένος ναός είναι αποτέλεσμα εξελικτικής διαδικασίας της χριστιανικής ναοδομίας με άμεσο πρόγονο την τρουλλαία βασιλική. Αυτό που χαρακτηρίζει γενικά τους σταυροειδείς εγγεγραμένους ναούς και παράλληλα μπορεί να θεωρηθεί και μειονέκτημα είναι το περιορισμένο μέγεθος τους σε σχέση με τα προγενέστερα μνημεία. Ακόμη, σημαντικό χαρακτηριστικό του ναού αυτού είναι η έλλειψη σαφούς χωρισμού του ναού σε κλίτη. Ολόκληρος ο ναός αποτελεί ένα και μοναδικό κλίτος, έτσι δεν έιναι εύκολη η διάκριση του εκκλησιάσματος σε άνδρες και γυναίκες. Έτσι μπορεί κανείς να συμπεράνει ότι ο τύπος αυτός προοριζόταν για μικρό εκκλησίασμα και αναπτύχθηκε κυρίως σε μοναστήρια, που αριθμούσαν συνήθως μέχρι εκατό μοναχούς και αυτοί ανήκαν πάντα στο ίδιο φίλο, άνδρες ή γυναίκες.