Μετά την κατάρρευση του μικρασιατικού μετώπου οι Έλληνες του Πόντου εκδιώχθηκαν χωρίς καμιά προειδοποίηση. Οι Τούρκοι δεν τους επέτρεψαν να πάρουν μαζί τους παρά μονάχα ελάχιστα προσωπικά αντικείμενα. Οι φυγάδες συγκεντρωμένοι στα λιμάνια της Μαύρης Θάλλασσας, με βάρκες και αδρές αμοβές στους Τούρκους λεμβούχους προσπαθούσαν να πλησιάσουν τα πλοία που θα τους έφερναν κοντά στην Κωνσταντινούπολη και έπειτα στην Ελλάδα. Οι εκτοπισμένοι Πόντιοι στην ενδοχώρα της Μικράς Ασίας αναγκάστηκαν και αυτοί να εγκαταλείψουν το τουρκικό έδαφος. Πολλοί από αυτούς αποκομμένοι από τις οικογένειες τους, χωρίς χρήματα για να χρησιμοποιήσουν μεταφορικά μέσα, έφθασαν στην Κωνσταντινούπολη πεζοί.
Επειδή όμως δεν υπήρχαν πλέον επίσημες ελληνικές αρχές στην Πόλη, αποφασίστηκε, έπειτα από συμφωνία με τους συμμμάχους, να σταλεί εκεί αντιπρόσωπος του Ελληνικού Ερυθρού Σταυρού, για να αναλάβει την περίθαλψη των προσφύγων που έφθαναν από τον Πόντο και τη ναύλωση πλοίων για τη μεταφορά τους στην Ελλάδα.
Οι πρόσφυγες αυτοί, εξαιτίας και της αδιαφορίας των συμμαχικών στρατιωτικών αρχών στην Πόλη στεγάζονταν στα επιταγμένα ελληνικά σχολεία, με κίνδυνο να μεταδοθούν ασθένειες και στον εντόπιο πληθυσμό και στα στρατεύματα.
Τελικά, έπειτα από έντονες ενέργειες ο αρχηγός των Συμμαχικών στρατευμάτων C. Harington τους παραχώρησε τον μεγάλο στρατώνα του Σελιμιέ στο Σκούταρι, στη ασιατική όχθη, όπου παρέμειναν υπό αυστηρή απομόνωση, ώσπου να επιβιβαστούν στα πλοία. Ο στρατώνας του Σελιμιέ και τα παραπήγματα του Αγίου Στεφάνου φιλοξένησαν πάνω από 15.000 Πόντιους πρόσφυγες.
Οι ελληνικές κοινότητες της Κωνσταντινούπολης έκαναν ό,τι μπορούσαν για να τους ανακουφίσουν, ενώ οι αμερικανικές φιλανθρωπικές οργανώσεις και ιδίως η American Nera East Relief δεν είχαν αμέσως, μετά την καταστροφή, κινητοποιήσει τα υγειονομικά τους συνεργεία. Από το σύνολο των 400.000 προσφύγων του Πόντου που κατέφυγαν στην Ελλάδα είχαν μεταφερθεί ως τον Φεβρουάριο του 1923 περίπου οι μισοί.
Μετά την υπογραφή του πρωτοκόλλου των Μουδανιών τον Σεπτέμβριο του 1922, ειδοποιήθηκαν οι ελληνικοί πληθυσμοί για τη βαθμιαία αποχώρηση του ελληνικού στρατού από την ανατολική Θράκη και για τις προθεσμίεςς μέσα στις οποίες έπρεπε, όσοι ήθελαν να εγκαταλείψουν τις πατρίδες τους. Στις 30 Σεπτεμβρίου κοινοποιήθηκαν οι χώροι και τα λιμάνια συγκέντρωσης, τα δρομολόγια κλπ.
Ο υποστράτηγος Γεώργιος Κατεχάκης ορίσθηκε γενικός διοιητής Θράκης και έφθασε στις 2 Οκτωβρίου στην Αδριανούπολη. Στις 3 Οκτωβρίου ο πρόεδρος της διασυμμαχικής Επιτροπής Ραιδεστού συνταγματάρχης Μπέμερν, με προκήρυξη του στον ελληνικό πληθυσμό ανακοίνωσε ότι άρχισαν να καταφθάνουν βρετανικά στρατεύματα στη Ραιδεστό με σκοπό την συμπαράσταση στις ελληνικές αρχές και ότι δεν πρόκειται να μεταβιβαστεί η διοίκηση στις τουρκικές αρχές πριν από τις 2 Νοεμβρίου 1922.
Οι ελληνικοί πληθυσμοί όταν πληροφορήθηκαν την αποχώρηση του ελληνικού στρατού πανικοβλήθηκαν. Κανείς δεν ήθελε να παραμείνει. Ενώ οι ελληνικές αρχές προσπαθούσαν να επιβάλουν την τάξη και να εμποδίσουν τα έκτροπα, διάφορες τουρκικές συμμορίες άρχισαν τις επιθέσεις εναντίον των Ελλήνων που προσπαθούσαν να φύγουν για να διασωθούν. Από την ελληνική κυβέρνηση στάλθηκαν πλοία, επιβατικά και φορτηγά, κατά το πλείστον, για να παραλάβουν τους πρόσφυγες. Μερικοί χρησιμοποίησαν τα ιδιόκτητα ιστιοφόρα τους ή ναύλωσαν ξένα πλοία. Μέχρι τα μέσα Οκτωβρίου είχαν εκκενωθεί η Σηλυβρία, η Ηράκλεια, η Ραιδεστός, τα Γονόχωρα, οι Σαράντα Εκκλησίες.
Ένα μεγάλο μέρος του πληθυσμού αναγκάστηκε να ακολουθήσει το οδικό δίκτυο των διαβάσεων του Έβρου, χρησιμοποιώντας βοϊδάμαξες και υποζύγια, μεταφέροντας και την κινητή περιουσία του. Τα μεταγωγικά μέσα ανήκαν περισσότερο στους Τούρκους, οι οποίοι για να εμποδίσουν τις μεταφορές της κινητής περιουσίας έσπαζαν τους τροχούς των αμαξιών ή τα έκρυβαν. Έτσι οι πρόσφυγες αναγκάζονταν πολλές φορές να αφήσουν εκεί την περιουσία τους. Η μεταφορά του υλικού του δημοσίου (γεωργικές μηχανές, οικοδομήσιμη ξυλεία, αλωνιστικές μηχανές κλπ) έγινε με τη συνδρομή των ελληνικών στρατιωτικών αρχών.
Στις 16 Οκτωβρίου ο γενικός διοικητής τηλεγράφησε στην κυβέρνηση ότι το σύνολο των Ελλήνων της Ανατολικής Θράκης (περισσότεροι από 160.000 ), συναποκομίζοντας ένα μέρος από την κινητή περιουσία τους, πλην των σιτηρών, εγκατέλειψαν τις εστίες τους. Οι πρόσφυγες με την φροντίδα των αρχόντων και των ιεραρχών μετέφεραν ακόμη και κειμήλια καθώς και βιβλία. Χρακτηριστικά αναφέρεται ότι μεταφέθηκε και η βιβλιοθήκη του φιλεκπαιδευτικού συλλόγου Αδριανούπολης, που περιελάμβανε βιβλία του Δωρόθεου Πρωίου.
Οι 25.000 Έλληνες της Χερσονήσου της Καλλίπολης έφυγαν αργότερα (μέχρι τις 11 Νοεμβρίου 1922). Οι Έλληνες της Τσατάλτζας και ένα μεγάλο μέρος του νομού Κωνσταντινούπολης έφυγαν το 1924, σύμφωνα με τα μέτρα της ανταλλαγής των πληθυσμών.