Η εξέλιξη των πραγμάτων, μετά το Σχίσμα, λειτούργησε υπέρ της δυτικής πλευράς, η οποία είδε τον εαυτό της να ενισχύεται, ο χριστιανισμός να επεκτείνεται και να κατακτά ολόκληρη την
Ευρώπη, οι πιστοί της αυξήθηκαν κατά πολύ με αυτόν τον τρόπο. Η δυτική πλευρά του Χριστιανισμού, η Καθολική Εκκλησία έχει ένα μόνο Πατριαρχείο, το Πατριαρχείο της Ρώμης, σε αντίθεση με την Ανατολική Εκκλησία έχει πολλά Πατριαρχεία.
Τα πράματα για τον Πάπα της Ρώμης είναι όλο και θετικότερα. Όμως το Πατριαρχείο Ρώμης ποιμαίνει ένα μεγάλο κομμάτι της Ευρώπης, εκατομμύρια ανθρώπων, με όλα τα προβλήματα που αυτά φέρουν, και φυσικά ένα πρόβλημα του Πάπα της Ρώμης είναι οι αιρετικοί. Διότι δεν έχει μόνο η ανατολική πλευρά το προνόμιο να έχει πολλές διαφορετικές συλλήψεις, το έχει και η δυτική πλευρά.
Μία χαρακτηριστική ομάδα, με την οποία βρέθηκε ο Πάπας σε αδυσώπητη σύγκρουση,
είναι η ομάδα των Καθαρών. «Καθάρ» (Cathar) έτσι ονομάζονται, ελληνική λέξη: «καθαροί».
Αυτοί οι Καθαροί ονομάζονταν Καθαροί κυρίως στην Ιταλία, όπως Καθαροί υπήρχαν και στη νοτιοδυτική Γαλλία, που στη Γαλλία όμως ονομάζονται Αλβιγηνοί.
Αυτοί οι Καθάρ, οι Καθαροί, είχαν σχέση μεγάλη με τους Βογομίλους, δηλαδή εμμέσως με τους Παυλικιανούς. Πιθανόν, κατά τη διάρκεια των Σταυροφοριών, ήρθαν σε επαφή με Βογομίλους. Άτομα του στρατεύματος που κινούνταν για να απελευθερώσουν τους Αγίους Τόπους, στα Βαλκάνια και ιδίως στη ζώνη της Θράκης, της σημερινής νότιας Βουλγαρίας, της Μακεδονίας, των Σκοπίων, της σημερινής Βοσνίας, υπήρχαν πολλοί Βογόμιλοι. Και ως φαίνεται αυτό επηρέασε έναν αριθμό χριστιανών, οι οποίοι όταν επέστρεψαν στις πατρίδες τους μετέφεραν στην ουσία έναν κάπως παραλλαγμένο βογομιλισμό.
Εξαπλώθηκε, κυρίως απ’ τον 11ο αιώνα, και αυτοί θεωρούσαν ότι είναι μεγάλη αξία η πενία και η πείνα. Έδιναν έμφαση στο κήρυγμα, αρνούνταν τις θρησκευτικές και πολιτικές εξουσίες και αυτό δημιουργούσε θέματα στον Πάπα. Μάλιστα, με μία αφορμή που συνέβη το 1209, ο Πάπας αποφάσισε σφαγή των Καθαρών και έτσι ακολούθησε ένα από τα δραματικά γεγονότα της ιστορίας: η εξάλειψη των Καθαρών από τη βόρεια Ιταλία και τη νότια και νοτιοδυτική Γαλλία.
Είναι από τις πιο «επιτυχημένες» σφαγές στην ιστορία της ανθρωπότητας, απέμειναν ελάχιστοι ή και κανένας. Και έτσι ο Πάπας τελείωσε μ’ αυτούς τους Καθαρούς και τους Αλβιγηνούς στο πρώτο τέταρτο του 13ου μ.Χ. αιώνα, αλλά αυτό δεν τον ασφάλισε και πολύ, επειδή και άλλες ομάδες εξέφραζαν διάφορες απόψεις και αντιθέσεις, ακριβώς όπως συνέβαινε και στην ανατολική πλευρά παλαιότερα, και έτσι ο Πάπας δέχθηκε τη δημιουργία της Ιεράς Εξέτασης.
Η Ιερά Εξέταση δημιουργείται μετά την ολοκλήρωση της σφαγής των Καθαρών, μετά το 1215, οπότε και ο Πάπας αποφαίνεται ότι η Εκκλησία έχει δικαίωμα να αποσπά πληροφορίες και να εκκαθαρίζει την Εκκλησία και με μεθόδους βίας, βασανισμό και θάνατο. Έτσι ξεκινά η σκοτεινή σελίδα της Ιεράς Εξέτασης, η οποία επηρέασε τη ζωή της Ιταλίας, της Γαλλίας, της Ισπανίας πολύ αργότερα, κυρίως μετά το 1492, όταν στην Ισπανία η Ιερά Εξέταση είχε μεγάλη δράση εναντίον των κρυπτο-εβραίων, των ψευτο-χριστιανών. Στην Ισπανία μάλιστα υπήρχε δράση της Ιεράς Εξέτασης ακόμη και στον 18ο αιώνα.
Η Ιερά Εξέταση διήρκεσε από τον 13ο αιώνα μέχρι και τον 17ο αιώνα και κόστισε ένα πολύ
βαρύ κλίμα στη δυτική πλευρά. Χιλιάδες άνθρωποι βασανίστηκαν ή εκτελέστηκαν μέσα σε
σκοτεινές διαδικασίες και παράλληλα παρατηρείται στη Δυτική Ευρώπη το κυνήγι μαγισσών. Το κυνήγι μαγισσών παρουσιάζεται κυρίως τον 15ο αιώνα και διήρκεσε μέχρι τον 18ο αιώνα.
Υπολογίζεται ότι στη διάρκεια αυτών των τριακοσίων χρόνων του κυνηγιού των μαγισσών και
των μάγων πρέπει να σκοτώθηκαν από 250 χιλιάδες μέχρι ένα εκατομμύριο άτομα. Οι περισσότεροι μελετητές κλίνουν στο μεγαλύτερο νούμερο. Μάλιστα, γνωρίζουμε από στοιχεία, στο Κόμο της Ιταλίας του 16ου αιώνα, ότι από καταγραφές που έχουν βρεθεί, μπορεί κανείς να υπολογίσει ότι καίγονταν περί τις εκατό μάγισσες τον χρόνο.
Ο καθολικισμός είναι εκείνος ο οποίος είχε πάρει τέτοιες δράσεις, δηλαδή και η Ιερά Εξέταση και το κυνήγι των μαγισσών ήταν σκληρές πλευρές της επιβολής του ορθού, που εκπροσωπούσε ο Πάπας, ενάντια σε κάθε άτομο το οποίο μπορούσε να αμφισβητήσει τη δύναμη, το κέντρο των αποφάσεων σε σχέση με τα θρησκευτικά ζητήματα, κάθε ατόμου το οποίο παρεκτρεπόταν από τις αρχές που είχε δηλώσει η κεντρική πλευρά της Εκκλησίας, δηλαδή ο Πάπας.