Έπειτα από την επιτυχή εκστρατεία του Κίτσου Τζαβέλλα στην κεντρική Στερεά και την απελευθέρωση σημαντικών περιοχών, ο Κυβερνήτης έστρεψε το ενδιαφέρον του στην Ανατολική Στερεά. Ο Καποδίστριας αποφάσισε να αναπτύξει τις επιχειρήσεις με μόνες τις ελληνικές δυνάμεις. Έτσι, στις 24 Οκτωβρίου 1828, ύστερα από διαταγή του αναχώρησε από το στρατόπεδο των Μεγάρων ο Υψηλάντης με τον Γεώργιο Δυοβουνιώτη, τον Βάσο Μαυροβουνιώτη και τον Διονύσιο Ευμορφόπουλο και τις χιλιαρχίες τους καθώς και με την πεντηκονταρχία του στρατάρχη υπό τον Νικόλαο Στράτο.
Η προέλαση του Υψηλάντη ήταν ταχύτατη. Μέσα σε τρεις μέρες είχε φθάσει στη Μονή Δομπού στον Ελικώνα, όπου αναγκάστηκαν να κλεισθούν 200 Αλβανοί. Θεωρώντας ύψιστης στρατηγικής σημασίας την κατάληψη της Μονής διέταξε τον Ευμορφόπουλο να την πολιορκήσει, ενώ ο ίδιος προχώρησε, πέρασε τα στενά του Ελικώνα και έφθασε στο Στεβένικο, δύομισυ ώρες ανατολικά της Λιβαδειάς. Η φρουρά το χωριού ήταν 50 Αλβανοί, τους οποίους έτρεξαν να συνδράμουν Τούρκοι πεζοί και ιππείς από τη Λιβαδειά. Ο Δυοβουνιώτης ύστερα από εντολή του Υψηλάντη επιτέθηκε εναντίον τους με την χιλιαρχία του. Μέσα σε λίγη ώρα οι Τούρκοι τράπηκαν σε φυγή και οι Έλληνες κατέλαβαν το Στρεβένικο.
Τη νίκη στο Στεβένικο ακολούθησε, στις 31 Οκτωβρίου, η κατάληψη της Αράχωβας, όπου Έλληνες με τη συνδρομή του Κομνά Τράκα, ανάγκασαν τους Τούρκους να παραδοθούν εγκαταλείποντας την κωμόπολη. Την ίδια μέρα συνθηκολόγησαν και παραδόθηκαν στον Ευμορφόπουλο και οι κλεισμένοι στη Μονή Δομπού Τουρκαλβανοί, με τον όρο να μην πολεμήσουν ποτέ ξανά εναντίον των Ελλήνων.
Έπειτα ο Υψηλάντης έμεινε ο ίδιος στο οχυρό Στεβένικο και ο Δυοβουνιώτης κινήθηκε εναντίον των τουρκικών φρουρών του Διστόμου, του Στενού του Ζεμενού και της μονής του Οσίου Λουκά. Στις 2 Νοεμβρίου έπειτα από συνθήκες οι τουρκικές φρουρές συνθηκολόγησαν. 250 άνδρες συνολικά παραδόθηκαν και αναχώρησαν για τη Λιβαδιά με τον οπλισμό τους. Η χιλιαρχία του Βάσου Μαυροβουνιώτη αμέσως κατόπιν κατέλαβε τη Γρανίτσα, με τη συνδρομή του ιππικού.
Έμενε μόνο η Λιβαδιά. Στις 5 Νοεμβρίου καταλήφθηκε και αυτή με συνθηκολόγηση και περίπου 1000 πεζοί και ιππείς αναχώρησαν, άλλοι για το Ζητούνι (Λαμία) και άλλοι για την Εύβοια με ελληνική συνοδεία υπό τον Ευμορφόπουλο. Η είσοδος του Υψηλάντη στην πόλη ήταν συγκινητική. Αφού έγινε δεκτός έξω από την πόλη από τον αρχιερέα Άνθιμο και όλο το ιερατείο, μπήκε στην πόλη περνώντας ανάμεσα από τους άνδρες του στρατεύματος, που είχαν παραταχθεί τιμητικά σε δύο σειρές, ενώ λαός και στρατεύματα τον επευφημούσαν.
Στις 6 Νοεμβρίου καταλήφθηκε και η Πέτρα από τον Ευμορφόπουλο. Οι Τούρκοι έφευγαν από την Σκριπού και άλλες περιοχές, ενώ εκκενώθηκε με τη βία η Αταλάντη, μετά από αιφνίδια επίθεση του «προσκυνημένου» οπλαρχηγού Μ. Λιακόπουλου εναντίον του βοεβόδα της πόλης μετά από συνεννόηση με τον Έλληνα στρατάρχη. Αμέσως ακολούθησε η παράδοση του φρουρίου της Βοδονίτσας (Μενδενίτσας).
Ο Υψηλάντης τώρα στόχευε τα Σάλωνα. Διέταξε τη χιλιαρχία Δυοβουνιώτη και το σώμα του Κομνά Τράκα να κινηθούν αμέσως προς τα εκεί. Η επιχείρηση δεν ήταν καθόλου εύκολη. Παντού συναντούσαν αντίσταση. Τελικά μετά από σειρά νικηφόρων για τους Έλληνες μαχών το φρούριο των Σαλώνων με 8 κανόνια παραδόθηκε στον Βάσο και τον Δυοβουνιώτη. Όλοι οι Έλληνες που είχαν πιαστεί αιχμάλωτοι απελευθερώθηκαν, ενώ οι 800 περίπου Τουρκαλβανοί κατευθύνθηκαν στις πατρίδες τους.
Ο πρώτος αντικειμενικός στόχος του Καποδίστρια, η κατάληψη των Σαλώνων, είχε πραγματοποιηθεί. Λίγες μέρες αργότερα ο Υψηλάντης έστειλε δύναμη να καταλάβει τις Θερμοπύλες, διασφαλίζοντας έτσι τις ελευθερωμένες ως τότε επαρχίες.
Από την άποψη των εδαφικών κερδών η εκστρατεία του Υψηλάντη σημείωσε εξαιρετική επιτυχία. Μέσα σε λιγότερο από ένα μήνα τα στρατεύματα του κατόρθωσαν να καταλάβουν σημαντικές θέσεις και να διώξουν τους Τούρκους από μεγάλο μέρος της ανατολικής Στερεάς. Η επιτυχία βεβαίως αυτή οφειλόταν και στις νίκες που είχαν πετύχει τα στρατεύματα του Κίτσου Τζαβέλλα και του Ιωάννη Στράτου στη κεντρική Στερεά, χάρη στις οποίες οι δυνάμεις του εχθρού είχαν κατατμηθεί.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών