Ο στρατός, όταν ήρθε ο Καποδίστριας στην Ελλάδα, παρουσίαζε εικόνα αποδιοργάνωσης. Ο επταετής τότε πόλεμος άφησε την Ελλάδα, στα χέρια 20 ή 30 χιλιάδων στρατιωτών και 15 ή 20 χιλιάδων αεργούντων ναυτών. Υπήρχε μεγάλος αριθμός στρατηγών και ανωτέρων αξιωματικών λόγω της αφειδούς απονομής βαθμών από τις διάφορες κυβερνήσεις, για να προσεταιρισθούν στρατιωτικά στελέχη, ιδίως κατά τους εμφυλίους πολέμους.
Οι στρατιώτες αυτοί έπρεπε να υπαχθούν κατά κάποιο τρόπο σε στρατιωτικούς κανονισμούς και να συγκροτήσουν οργανωμένα στρατιωτικά τμήματα. Οι πολυάριθμοι στρατηγοί και ανώτεροι αξιωματικοί έπρεπε να δεχθούν να υπηρετήσουν σε θέση υποδεέστερη των αξιώσεων τους και με βαθμούς κατώτερους από αυτούς που είχαν ήδη. Η οργανωτική αυτή προσπάθεια γινόταν δυσκολότερη εξαιτίας και της έλλειψης οικονομικών μέσων που θα εξασφάλιζαν την κανονική μισθοδοσία και τροφοδοσία των αξιωματικών και των στρατιωτών και έτσι θα διασωζόταν το κύρος της κυβέρνησης πάνω από κάθε άλλη προσωπική και κομματική επιρροή και απέναντι σε κυβερνητικές και στασιαστικές διαθέσεις και υποκινήσεις.
Ο Καποδίστριας, τις πρώτες μέρες του Φεβρουαρίου, άρχισε τη συγκέντρωση των ατάκτων στρατευμάτων στην περιοχή Δαμαλά, υπό την εφορία του Υψηλάντη, και σχεδόν αμέσως προχώρησε στην συγκρότηση των πρώτων μονάδων. Ανώτερη μονάδα του στρατού καθορίστηκε η χιλιαρχία, με υποδιαίρεση της σε πεντακοσιαρχίες, εκατονταρχίες, πεντηκονταρχίες, εικοσιπενταρχίες, δωδεκαρχίες και πενταρχίες. Προβλέπονταν αντίστοιχοι αξιωματικοί και υπαξιωματικοί, όπως και ιερέας, γιατρός υπασπιστής για κάθε χιλιαρχία, σημαιοφόροι, σαλπιγκτές, ταμίας, φροντιστής.
Ως τότε οι στρατιώτες ακολουθούσαν απλώς τους αρχηγούς τους, μικρούς ή μεγάλους. Η κατάσταση αυτή είχε το σοβαρό μειονέκτημα ότι οι άνδρες κάθε τμήματος θεωρούσαν ότι ανήκαν στους αρχηγούς τους περισσότερο παρά στην απρόσωπη υπηρεσία, αλλά και το σπουδαίο πλεονέκτημα ότι δημιουργούσε ισχυρούς δεσμούς μεταξύ αρχηγών και ανδρών και έτσι αποτελούσε θετικό παράγοντα για την πολεμική απόδοση.
Λαμβάνοντας τους παραπάνω παράγοντες υπόψιν, αποφασίστηκε ότι θα είχε κατ’ αρχήν δικαίωμα διορισμού σε θέση διοικητή ή αξιωματικού χιλιαρχίας στρατιωτικός, ο οποίος θα παρουσίαζε στο στρατόπεδο Δαμαλά και αργότερα και στο Μεγάρων, αριθμό στρατιωτών ανάλογο με την αντίστοιχη θέση. Έτσι, εξασφαλίστηκε η ένταξη στην ίδια τη μονάδα των παλαιών συμπολεμιστών. Η οριστική εκλογή των διοικητών και των αξιωματικών θα γινόταν με βάση την ικανότητα, την πολεμική δράση και την υπόληψη στο στράτευμα.
Κατά τον Ιούλιο του 1828 είχε ολοκληρωθεί η οργάνωση του άτακτου στρατού. Από τον Αύγουστο ο Κυβερνήτης φρόντισε για την ανάπτυξη του τακτικού στρατού, επιδιώκοντας να αυξήσει τη δύναμη του από 1.000 άνδρες, που ήταν τότε, σε 3.000 άνδρες. Παράλληλα φρόντιζε για τη οργάνωση δύο μονάδων ιππικού, τακτικού και ελαφρού από 100 άνδρες το πρώτο και 150 το δεύτερο, όπως και για την οργάνωση ενός τάγματος πυροβολικού.
Παράλληλα με όλες τις προσπάθειες οργάνωσης των ενόπλων δυνάμεων της Ελλάδας, γινόταν και προσπάθεια για την καθιέρωση της πειθαρχίας στον στρατό, η οποία προσέκρουσε στην παράδοση των ατάκτων στρατευμάτων. Οι αξιωματικοί δύσκολα δέχονταν να υπαχθούν υπό τις διαταγές άλλων. Οι αυθάδειες σε ανωτέρους, οι χλευασμοί, οι λιθοβολισμοί και άλλες απρέπειες ήταν συχνά φαινόμενα. Η ορθή λύση των προβλημάτων ηγεσίας, οργάνωσης και εφοδιασμού συνέβαλε στην προαγωγή της πειθαρχίας. Επίσης, η ύπαρξη κεντρικής εξουσίας υψηλού κύρους ήταν στοιχείο συντελεστικό για την εμπέδωση της πειθαρχίας.
Η αναπτέρωση του ηθικού του στρατού δεν χρειαζόταν ιδιαίτερη προσπάθεια. Επακολούθησε τη γενική μεταβολή στη ζωή του Έθνους και την ραγδαία βελτίωση της εσωτερικής κατάστασης. Με την ανασύνταξη του στρατού και του στόλου η χώρα αποκτούσε εθνικό στρατό και εθνικό στόλο, οι οποίοι υπάκουαν στις διαταγές της κυβέρνησης. Έτσι ο Καποδίστριας μπορούσε να αναθέσει τις πρώτες αποστολές.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών