Μετά την ήττα των Ελλήνων στο Φραγκοκάστελλο, τον Ιούνιο του ίδιου έτους, ο Καποδίστριας έστειλε τον Ρέινεκ στην Κρήτη, ο οποίος παρέμεινε εκεί ως τον Μάρτιο του 1829. Επειδή η στάση των Μεγάλων Δυνάμεων ήταν δυσμενής, ο Ρέινεκ συνέστησε στους Κρήτες την κατάπαυση των εχθροπραξιών, σύμφωνα με την εντολή του Καποδίστρια.
Η σύσταση αυτή του Κυβερνήτη δεν εισακούσθηκε ούτε από τους Σφακιανούς ούτε από τους οπλαρχηγούς των άλλων επαρχιών. Αντίθετα, η επανάσταση συνεχίστηκε και μάλιστα εξαπλώθηκε και στην περιοχή της Σητείας. Το «Κρητικόν Συμβούλιον» αναδιοργανώθηκε και απαρτίστηκε από αντιπροσώπους όλων των επαρχιών. Σε όλες τις επαρχίες διόρισε Δημογεροντίες για την προμήθεια όπλων και εφοδίων και για την επίβλεψη των χριστιανών.
Η επανάσταση στην Κρήτη έχει αναζωπυρωθεί σχεδόν παντού και η τουρκική αντίδραση εκδηλώνεται με απίστευτες βιαιότητες σε βάρος των χριστιανών. Σε τουρκικούς κώδικες αναφέρεται και ο πασάς του Ηρακλείου Σουλεϊμάν είχε προκηρύξει δώρα στους Τούρκους που θα του έφερναν κεφάλια ή ακρωτηριασμένα μέλη χριστιανών επαναστατών. Το καλοκαίρι του 1828 άγριες μάχες διεξάγονταν στη Μεσαρά, όπου οι οπλαρχηγοί Μιχ. Κόρακας, Ν. Μαλικούσης, Ιωασάφ Ξωπατέρας και άλλοι περιόρισαν τους Τούρκους στα μεγάλα χωριά.
Οι σφαγές των αμάχων στο Ηράκλειο και στο Ρέθυμνο είχαν προκαλέσει την αγανάκτηση των Ευρωπαίων και κάποια συμπάθεια υπέρ των Κρητών άρχισε να εκδηλώνεται. Τον Οκτώβριο 1828 αγγλικός και γαλλικός στόλος έφθασαν στο λιμάνι της Σούδας και ο ναύαρχος Μάλκολμ μεσολάβησε για την κατάπαυση των εχθροπραξιών εμποδίζοντας συνάμα την απόβαση νέων αιγυπτιακών δυνάμεων στο νησί. Από το άλλο μέρος, ο Καποδίστριας επιχείρησε να επωφεληθεί από την ευνοϊκή υπέρ των Κρητών στάση των ευρωπαϊκών δυνάμεων.
Το Νοέμβριο του 1828 έστειλε στην Κρήτη ως αντιπρόσωπο του τον Εμμανουήλ Τομπάζη, για συνεννοήσεις με τους τοπικούς οπλαρχηγούς, με σκοπό την κατάληψη της Σητείας, της μόνης κρητικής επαρχίας που έμενε ακόμη στην απόλυτη κατοχή των Τούρκων. Παρά τις αντιρρήσεις του Ρέινεκ η επιχείρηση οργανώθηκε αρχές Δεκεμβρίου 1828. Ισχυρή δύναμη 2.500 ανδρών, με αρχηγούς τους Γ. Πρωτοπαπαδάκη, Γ. Τσουδερό, Π. Ζερβουδάκη και άλλους, ξεκίνησε από το χωριό Καβούσι της Ιεράπετρας και εισέβαλε στη Σητεία από την περιοχή της Ρουκάκας.
Οι Τούρκοι τρομοκρατημένοι κλείστηκαν στους οχυρωμένους πύργους τους, ενώ άλλοι κατέφυγαν στα φρούρια της Ιεράπετρας και της Σπιναλόγκας. Στον πύργο του χωριού Λιθίνες πολιορκήθηκαν 400 Τούρκοι, που σκοτώθηκαν όλοι με την ανατίναξη του, ενώ 3.000 άλλοι, που είχαν καταφύγει στο χωριό Εθιά, παραδόθηκαν με την εγγύηση ότι θα μεταφέρονταν ασφαλείς στη Μικρά Ασία. Άλλοι Τούρκοι που είχαν κλεισθεί στο μοναστήρι της Κυρίας Ακρωτηριανής, παραδόθηκαν επίσης μόλις έμαθαν τα συμβάντα στις Λιθίνες και στην Εθιά, και μεταφέρθηκαν στη Χάλκη.
Ωστόσο η Σητεία δεν έμεινε για πολύ στα χέρια των επαναστατών. Ενώ εκείνοι μεθυσμένοι από τις απροσδόκητες νίκες τους, τράπηκαν στη λαφυραγωγία, ισχυρότατη τουρκική δύναμη 4.000 ανδρών κινήθηκε από προς τη Σητεία και την ανακατέλαβε χωρίς αντίσταση, παραδίδοντας τα χωριά στις φλόγες και οδηγώντας χιλιάδες χριστιανούς στην αιχμαλωσία.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών