Στις 9 Δεκεμβρίου 1898 έφτασε στην Κρήτη ο πρίγκιπας Γεώργιος, ως Ύπατος Αρμοστής, και έγινε δεκτός με πρωτοφανείς εκδηλώσεις πατριωτικού ενθουσιασμού. Μόλις ο Πρίγκιπας Γεώργιος ανέλαβε τα καθήκοντα του έβγαλε διάγγελμα προς τον λαό της Κρήτης, με το οποίο τους καλούσε σε πειθαρχία στους νόμους και σε ειρηνική συμβίωση.
Η κρητική σημαία υψώθηκε στο φρούριο του Φιρκά. Η τουρκική σημαία διατηρήθηκε μόνο στο φρούριο της Σούδας, ως το τελευταίο σύμβολο της τουρκικής επικυριαρχίας στο νησί. Οι τέσσερις Μεγάλες Δυνάμεις έθεσαν το νησί υπό την υψηλή προστασία τους: οι Ιταλοί τα Χανιά, οι Ρώσοι το Ρέθυμνο, οι Άγγλοι το Ηράκλειο και ο Γάλλοι το Λασίθι. Η πόλη των Χανίων, πρωτεύουσα της Κρητικής Πολιτείας, βρίσκονταν υπό καθεστώς συλλογικής προστασίας.
Στις 10 Δεκεμβρίου άρχισε το δυσχερές έργο της οργάνωσης της Κρητικής Πολιτείας. Ορίστηκε 16μελής επιτροπή, από 12 χριστιανούς και 4 μουσουλμάνους, υπό την προεδρία του Ιωάννη Σφακιανάκη, με την εντολή να εκπονήσει το σχέδιο του κρητικού συντάγματος.
Στις 9 Ιανουαρίου 1899 δημοσιεύτηκε το διάταγμα «Περί συγκροτήσεως της Κρητικής Συνελεύσεως»και προκηρύχθηκαν γενικές εκλογές για την ανάδειξη πληρεξουσίων. Από τις εκλογές αναδείχθηκαν 138 χριστιανοί και 50 μουσουλμάνοι πληρεξούσιοι.
Η πρώτη πανηγυρική συνεδρία της Κρητικής Συνέλευσης έγινε στις 8 Φεβρουαρίου, ενώ το κρητικό σύνταγμα αφού εγκρίθηκε από τις Μεγάλες Δυνάμεις δημοσιεύθηκε στην Εφημερίδα της Κρητικής Πολιτείας στις 16 Απριλίου 1899 και εφαρμόστηκε αμέσως.
Στις 29 Απριλίου σχηματίστηκε η πρώτη κυβέρνηση με τους εξής Συμβούλους (Υπουργούς): Ελ. Βενιζέλο της Δικαιοσύνης, Κ. Φούμη των Οικονομικών, Μ. Κούνδουρο των Εσωτερικών και της Συγκοινωνίας, Ν. Γιαμαλάκη της Δημόσιας Εκπαίδευσης και των Θρησκευτικών και τον Χουσεΐν Γενιτσαράκη της Δημόσιας Ασφάλειας.
Η πρώτη κυβέρνηση εργάστηκε με ζήλο. Έκοψε κρητικό νόμισμα, τη δραχμή, ίδρυσε την Κρητική Τράπεζα και οργάνωσε Χωροφυλακή. Μεταξύ των υγειονομικών μέτρων της ήταν και η ίδρυση του λεπροκομείου Σπιναλόγκας, αφού η λέπρα είχε πάρει ενδημικές διαστάσεις στο νησί.
Το Σύνταγμα, όμως, της Κρητικής Πολιτείας ήταν υπερβολικά συντηρητικό και παραχωρούσε στον Ηγεμόνα υπερεξουσίες, που εύκολα μπορούσαν να οδηγήσουν στον δεσποτισμό. Τον αρχικό ενθουσιασμό διαδέχθηκε σύντομα γενική δυσφορία, που την έκανε εντονότερη η κατάληψη των μεγάλων θέσεων και των αξιωμάτων από Αθηναίους συμβούλους του Γεωργίου και ο παραγκωνισμός των Κρητών.
Εκτός όμως από τις συνταγματικές και διοικητικές αδυναμίες δεν άργησε να φανεί και η διάσταση απόψεων για την ένωση της Κρήτης με την Ελλάδα. Ο Γεώργιος έμεινε πιστός στο καθεστώς της Αυτονομίας, όπως το προσδιόρισαν και το εγγυήθηκαν οι Μεγάλες Δυνάμεις και φαινόταν να πιστεύει ότι η λύση του εθνικού ζητήματος θα ωρίμαζε με συνεχείς παραστάσεις και με συνεχή υπομνήματα. Δεν άργησε όμως να φανεί πόσο εξωπραγματική ήταν η άποψη αυτή.
Στο επίμαχο αυτό ζήτημα ο Βενιζέλος, ο οποίος είχε αναδειχθεί σε ηγετική μορφή με ευρύτερη ακτινοβολία, πίστευε ότι η λύση θα ήταν σταδιακή, με βαθμιαίες κατακτήσεις, και ως πρώτη κατάκτηση θα ήταν η απομάκρυνση των ξένων στρατευμάτων από τις κρητικές πόλεις και η αντικατάσταση τους από εντόπια πολιτοφυλακή με Έλληνες αξιωματικούς. Το Φεβρουάριο του 1901 εισηγήθηκε και ανέπτυξε τις απόψεις του αυτές το Ηγετικό Συμβούλιο, χωρίς όμως να βρει υποστηρικτές.
Η σύγκρουση Βενιζέλου-Πρίγκιπα Γεωργίου ήταν πια φανερή και ο Βενιζέλος απολύθηκε από τη θέση του Υπουργού της Δικαιοσύνης. Η αδιαλλαξία του Πρίγκιπα οδήγησε σε Επανάσταση που ξεκίνησε από την πατρίδα του Βενιζέλου το Θέρισο Χανίων.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών