Τον Θεόφιλο διαδέχθηκε ο μόλις τριών ετών γιος του Μιχαήλ, ο επονομαζόμενος Μιχαήλ Γ’. Τον μικρό Μιχαήλ επόπτευε η μητέρα του Θεοδώρα και η μεγαλύτερη αδελφή του Θέκλα. Οι τρεις συμβασιλείς είχαν οριστεί από τον Θεόφιλο. Συγχρόνως ο Θεόφιλος είχε ορίσει ένα ολιγομελές συμβούλιο το οποίο θα ασκούσε την κυβερνητική εξουσία. Μέλη αυτού του συμβουλίου ήταν τα αδέλφια της αυγούστας Βάρδας και Πετρωνάς, ο μάγιστρος Σέργιος Νικητιάτης, θείος της αυγούστας ο ευνοούμενος της, λογοθέτης του δρόμου, Θεόκτιστος.
Η αυγούστα προσέγγισε τον Θεόκιστο, ο οποίος ήταν πειθαρχημένος κρατικός λειτουργός, ενώ ο αδελφός της Βάρδας υπήρξε μεν ικανός και έξυπνος, αλλά χωρίς ηθικούς φραγμούς. Πάντως, ο Θεόκτιστος πήρεα τα χέρια του ολόκληρη την κρταική εξουσία και αφού απομάκρυνε τον Βάρδα έμεινε οναδικός σύμβουλςο της Θεοδώρας. Ο Θεόκτιστος διέθετε μεγάλη μόρφωση, ενίσχυσε την παιδεία και διαχειρίστηκε με σύνεση τα οικονομικά του κράτους.
Κατά την εποχή της βασιλείας του Μιχαήλ Γ’ συνέβησαν μεγάλα γεγονότα και εμφανίστηκαν σημαντικές προσωπικότητες. Λύθηκε το ζήτημα της εικονομαχίας με ενέργειες της αυγούστας Θεοδώρας και έγινε η Αναστήλωση των εικόνων. Ιδρύθηκε το πανεπιστήμιο της Μαγναύρας από τον καίσαρα Βάρδα. Άκμαζε ο πατριάρχης Φώτιος. Απεκρούσθη η πρώτη επίθεση των Ρώσων στην Κωνσταντινούπολη. Οι Βούλγαροι και οι Σλάβοι της Μοραβίας ασπάστηκαν τον Χριστιανισμό.
Ο Μιχαήλ Γ’ υπήρξε γενικά ένας μέτριος αυτοκράτορας, ο οποίος έζησε σε μια μεγάλη εποχή. Στα μεγάλα γεγονότα της βασιλείας του ο ίδιος πήρε μικρό μέρος. Στις 21 Απριλίου του 866 ο παρακειμώμενος Βασίλειος σε συνεννόηση με τον Μιχαήλ Γ’ δολοφόνησαν τον Βάρδα, τον οποίο κατηγορούσαν ως συνωμότη. Στις 26 Μαΐου ο Βασίλειος πέτυχε αυτό που επιθυμούσε δηλαδή την ανάδειξη του σε συμβασιλέα.
Έπειτα ο Βασίλειος άρχισε να προετοιμάζει το έδαφος για τον παραμερισμό του Μιχαήλ Γ’. Τη νύχτα της 23ης προς την 24η Σεπτεμβρίου 867, ύστερα από το δείπνο, ο Βασίλειος και οι συνεργοί του μπήκαν στον βασιλικό κοιτώνα και δολοφόνησαν εκεί τον μεθυσμένο αυτοκράτορα, ο οποίος ήταν τότε 28 ετών. Με τον θάνατό του εκλείπει η Φρυγική Δυναστεία και ιδρύεται από τον Βασίλειο Α’ τον Μακεδόνα η πιο ένδοξη δυναστεία της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας.