Ο Καποδίστριας έπειτα από μακρό ταξίδι μέσω Ελβετίας και Ιταλίας αποβιβάσθηκε στην Μάλτα στις 28 Δεκεμβρίου 1827, όπου τον ανέμενε ο Κόδριγκτον, Άγγλος ναύαρχος, για να του εκθέσει την πολιτική που θα ακολουθούσε ως Κυβερνήτης του υπό σύσταση ελληνικού κράτους. Αφού έμεινε 6 ημέρες εκεί, διαβεβαίωσε τον Κόδριγκτον ότι η συνθήκη της 6ης Ιουλίου θα ήταν το πλαίσιο της πολιτικής του και κέρδισε την εμπιστοσύνη του, αναχώρησε στις 2 Ιανουαρίου 1828, επιβαίνοντας στο αγγλικό πολεμικό πλοίο «Γουώρσπαϊτ», με κατεύθυνση την Αίγινα. Λόγω σφοδρών ανέμων τελικά το αγγλικό πλοίο έπιασε λιμάνι στις 6 Ιανουαρίου το 1828 στο Ναύπλιο. Το συνόδευαν το γαλλικό πολεμικό «Ήρα» και το ρωσικό «Ελένη».
Η υποδοχή του Καποδίστρια στην πόλη, όπου αποβιβάστηκε στις 8 του μηνός ήταν αποθεωτική, ιδίως από τον λαό, που τον έβλεπε ως λυτρωτή από τα εσωτερικά δεινά και ως απελευθερωτή από το λαό. Στις 11 Ιανουαρίου ο Καποδίστριας έφθασε στην Αίγινα. Η υποδοχή ήταν και πάλι αποθεωτική. Η υποδοχή στην Αίγινα είχε και ένα σπαρακτικό τόνο, επειδή εκεί ήταν συγκεντρωμένος ο μεγάλος αριθμός των προσφύγων, των χηρών, ορφανών και αναπήρων του Αγώνα.
Όταν έφθασε ο Καποδίστριας στην Ελλάδα, η στρατιωτική κατάσταση ήταν δεινή. Ο Κιουταχής κατείχε σταθερά ολόκληρη σχεδόν την Στερεά Ελλάδα, που κινδύνευε έτσι να παραμείνει στην κυριαρχία των Τούρκων, κατά την επικείμενη ρύθμιση του Ελληνικού ζητήματος, και ο Ιμπραήμ, με την κατοχή των φρουρίων της δυτικής ακτής της Πελοποννήσου και ισχυρών θέσεων στο εσωτερικό της, είχε υπό τον έλεγχο το μεγαλύτερο τμήμα της.
Εξάλλου από τις ελεύθερες περιοχές μόνο στην Αίγινα, στον Πόρο, στην Ελευσίνα στα Μέγαρα και σε λίγα νησιά περιοριζόταν η εξουσία της ελληνικής κυβέρνησης. Οι υπόλοιπες ελεύθερες περιοχές εξουσιάζονταν από τους τοπικούς ισχυρούς, ενώ στο Αιγαίο κυριαρχούσαν οι πειρατές. Ο Καποδίστριας παρακολουθούσε από το εξωτερικό με πολλή επιμέλεια τα ελληνικά πράγματα και γνώριζε ότι η κατάσταση, που θα συναντούσε στην Ελλάδα, θα ήταν εξαιρετικά δύσκολη.
Οι εκθέσεις που υπέβαλαν στον Καποδίστρια οι γραμματείς (υπουργοί) της προσωρινής κυβέρνησης παρέχουν σαφή εικόνα της φοβερής κατάστασης που επικρατούσε, των ερειπίων σε όλους τους τομείς της δημόσιας και ιδιωτικής ζωής: Αποδιοργάνωση της κυβέρνησης αλλά και η εξάρτησή της από το Βουλευτικό, που και αυτό σε αδυναμία για πολλούς λόγους να εργάζεται κανονικά, τελμάτωνε κατά κανόνα τις πρωτοβουλίες των υπουργών. Ανυπαρξία διοικητικών αρχών στις επαρχίες. Αυθαιρεσίες των στρατιωτικών, που πιέζονταν από την ανάγκη να εξασφαλίσουν την τροφοδοσία τους.
Ακόμη, οξείες κοινωνικές συγκρούσεις ιδίως στα νησιά που δεν είχε φθάσει στα νησιά. Εγκατάλειψη των γεωργικών εργασιών από φόβο ότι δεν θα μπορούσε να γίνει η συγκομιδή ή θα αρπάζονταν τα προϊόντα από τους στρατιωτικούς ή από τον εχθρό. Το εμπόριο ήταν αδύνατο εξαιτίας της πειρατείας και της ληστείας. Αμφίβολη η αμοιβή εργασίας και στις πόλεις σε κάθε τέχνη, επειδή επικρατούσε το δίκαιο του ισχυρότερου. Το λαθρεμπόριο και η κιβδηλεία σε ακμή, ιδιαίτερα στα νησιά. Αδυναμία είσπραξης φόρων, από έλλειψη υπαλλήλων της κυβέρνησης, αλλά και αδυναμία της απέναντι στους τοπικά ισχυρούς. Σφετερισμός των δημοσίων πόρων, όπου εισπράττονταν από τους προκρίτους και τους ισχυρότερους, που αγνοούσαν την κυβέρνηση. Ο στόλος σε ακινησία από έλλειψη οικονομικών μέσων. Τα στρατιωτικά τμήματα, σε αταξία και ανεφοδίαστα, ζούσαν σε βάρος των πληθυσμών.
Εκτός από τις υλικές καταστροφές, οι μετακινήσεις πληθυσμών από την ύπαιθρο προς τις λίγες ελεύθερες πόλεις και τα νησιά συνέτειναν στην ερήμωση της υπαίθρου αλλά και δημιουργούσαν τεράστιο για την εποχή προσφυγικό πρόβλημα. Σύμφωνα με δημοσίευμα της Γενικής Εφημερίδας της Ελλάδος κατά το τέλος του 1828 βρίσκονταν σε διάφορα μέρη πρόσφυγες, Ρουμελιώτες 26.191 και Πελοποννήσιοι 26.364.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών