Τον Θεόδωρο Α’ Λάσκαρι διαδέχθηκε στον αυτοκρατορικό θρόνο ο γαμπρός του Ιωάννης Γ’ Δούκας Βατάτζης, σύζυγος της κόρης του Ειρήνης. Ο Ιωάννης Γ’ Βατάτζης, σύμφωνα με τον Ostrogorsky, είναι «χωρίς αμφιβολία ο μεγαλύτερος πολιτικός της περιόδου της Νίκαιας και ένας από τους πιο σημαντικούς ηγεμόνες της βυζαντινής Ιστορίας». Ο Ιωάννης Γ’ Βατάτζης υπήρξε ικανότατος στραηγός, επιδέξιος πολιτικός, άριστος διπλωμάτης και οργανωτικός νους. Ως χαρακτήρας ήταν ενεργητικός, δραστήριος, αποφασιστικός. Ως άνθρωπος υπήρξε δίκαιος, ευσεβής και φίλος των ελληνικών γραμμάτων. Ήταν τόσο αγαπητός στον λαό ώστε, όταν πέθανε, ανακηρύχθηκε τοπικός άγιος. Η οικογένεια των Βατάτζηδων καταγόταν από την Θράκη. Πολλά μέλη της οικογένειας είχαν διακριθεί σε ανώτατα αξιώματα του Βυζαντινού Κράτους πριν το 1204.
Ο Ιωάννης Γ’ Βατάτζης κατέβαλε ιδιαίτερη φροντίδα στον τομέα της κοινωνικής πολιτικής. Ιδιαίτερα υποστήριξε τις κατώτερες οικονομικά τάξεις με την ίδρυση νοσοκομείων και άλλων φιλανθρωπικών ιδρυμάτων. Στην κοινωνική του πολιτική τον βοήθησε ιδιαίτερα η σύζυγός του Ειρήνη Λάσαρι. Με τα μέτρα που πήρε και γενικά με την οικονομική πολιτική που εφάρμοσε πέτυχε ο Ιωάννης Γ’ πλήρη εξυγίανση των οικονομικών του κράτους του ανώτερη από την εποχή των Κομνηνών.
Ο Ιωάννης Γ΄Βατάζτης με την εξωτερική του πολιτική είχε υπερδιπλσιάσει τα εδάφη του κράτους του, το οποίο περιέλαβε: ένα μεγάλο τμήμα της βορειοδυτικής Μικράς Ασίας, τα νησιά του Αιγαίου Λέσβο, Χίο, Σάμο, Ικαρία, Κω, Ρόδο και άλλα, καθώς και τα ηπειρωτικά ευρωπαϊκά εδάφη τα οποία περιελάμβαναν τη σημερινή δυτική, βόρεια και ανατολική Μακεδονία, τμήματα από το κράτος των Σκοπίων, τμήματα από τη σημερινή νότια Αλβανία, από τη σημερινή Βουγαρία, καθώς και τη σημερινή δυτική και ανατολική Θράκη εκτός από την Κωνσταντινούπολη και μια μικρή περιοχή γύρω της. Με την εσωτερική οικονομική πολιτική του κατόρθωσε να ανορθώσει οικονομικά το κράτος του και να το καταστήσει ακμαίο και δυνατό, πιο δυνατό από το βυζαντινό Κράτος των δύο τελευταίων Κομνηνών και της εποχής των Αγγέλων.
Με την επιτυχημένη πολιτική του, η οποία υπήρξε φιλολαϊκή και προοδευτική, κατέστησε την αυοκρατορία της Νίκαιας μεγάλη και υπολογίσιμη δύναμη και πλησίασε πάρα πολύ κοντά στο όραμα και στο στόχο όλων των αυτοκρατόρων της Νίκαιας, δηλαδή την ανάκτηση της Κωνσταντινούπολης. Ο Ιωάννης Γ’ Δούκας Βατάτζης υπέφερε τα τελευταία χρόνια της ζωής του από κρίσεις επιληψίας και πέθανε στις 3 Νοεμβρίου 1254.
Τιμή του Ιωάννη Γ’ Δούκα Βατάτζη ως Αγίου
Η μνήμη του Αγίου Ιωάννου Βατάτζη του Ελεήμονος ετιμάτο κάθε χρόνο ως το 1922 (Μικρασιατική Καταστροφή) με ιδιαίτερη ευλάβεια από τους μικρασιατικούς πληθυσμούς στην εκκλησία της Μαγνησίας την οποία έχτισε ο ίδιος και στην οποία βρήκε την τελευταία ανάπαυσή του καθώς και στο Νυμφαίο την αγαπημένη του κατοικία.
Το 14ο αιώνα ο επίσκοπος Πελαγονίας Γεώργιος συνέγραψε τον Βίον του Αγίου Ιωάννου βασιλέως του Ελεήμονος σε μορφή συναξαρίου, ενώ του αποδόθηκαν πολλά θαύματα. Στον επίσκοπο Γεώργιο πιθανόν βασίστηκε και ο Νικόδημος ο Αγιορείτης (1749-1809), ο οποίος κατά παραγγελία του μητροπολίτη Εφέσου συνέταξε ακολουθία προς τιμήν του Αγίου-Αυτοκράτορα. Η Εκκλησία δεν τον αναγνώρισε επίσημα ως άγιο, ωστόσο στα μηναία αναφέρεται η μνήμη του «Ιωάννη Δούκα Βατάτζη» στις 4 Νοεμβρίου. Στο Διδυμότειχο έχει ανεγερθεί το 2010 ο πρώτος ναός αφιερωμένος στον Άγιο Ιωάννη Βατάτζη.