Μετά την άλωση της Κωνσταντινούπολης από τους σταυροφόρους, ο Κωνσταντίνος Λάσκαρις εκλέχθηκε αυτοκράτορας σε μια προσπάθεια να σωθεί ό,τι μπορούσε να σωθεί. Δυστυχώς, όμως, δεν μπορούσε να σωθεί τίποτα. Γι’ αυτό ο Κωνσταντίνος Λάσκαρις μαζί με τον αδελφό του Θεόδωρο και μερικούς λαϊκούς και κληρικούς έφυγαν στην Μικρά Ασία, όπου άρχισε να οργανώνει την αντίσταση κατά των Λατίνων. Σε κάποια μάχη όμως Κωνστατίνος Λάσκαρις σκοτώθηκε (άνοιξη του 1205). Την θέση του στην αρχηγία πήρε ο Θεόδωρος Λάσκαρις, γαμπρός του Αλεξίου Γ’ και μετέπειτα ιδρυτής της «Αυτοκρατορίας της Νίκαιας».
Ο Θεόδωρος Α’ Λάσκαρις ηγείτο «μιας αυτοκρατορίας εν εξορία», η οποία κατά τα πρώτα της βήματα συνάντησε αφάναταστες δυσκολίες. Ένας σύγχρονος μελετητής, γράφει ότι σπάνια στην ελληνική ιστορία ηγεμόνας είχε να αντιμετωπίσει τόσα μεγάλα προβλήματα στη αρχή της βασιλείας του, όπως ο Θεόδωρος Λάσκαρις.
Οι πληθυσμοί της Βιθυνίας που είχαν υποστεί φοβερή οικονομική αφαίμαξη από τη φορολογική πολιτική των Αγγελων έβλεπαν με δυσπιστία και πολλές φορές με εχθρόατητα τον Θεόδωρο Λάσκαρι. Στην αρχή ζήτησε καταφύγιο στην Προύσσα και στις γύρω περιοχές. Η Νίκαια αρνήθηκε να τον δεχθεί. Οι κάτοικοι της δεν τον ήθελαν στη πόλη τους, γιατί ο πρώην αυτοκράτορας Αλέξιος Γ’, πεθερός του Θεόδωρου, ζούσε ακόμη. Τελικά ο Θεόδωρος τους έπεισε να δεχθούν την οικογένεια του (την σύζυγό του Άννα και τις τρεις κόρες του, Ελένη, Μαρία και Ευδοκία).
Σιγά σιγά επεξέτεινε την κυριαρχία του σε πάρα πολλές περιοχές της Βιθυνίας στις οποίες αναγνωρίστηκε ως δεσπότης. Αργότερα άρχισαν να συρρέουν στην Νίκαια, στην Προύσσα και σε άλλα κέντρα της Βιθυνίας πλήθη Βυζαντινών προσφύγων από την κυρίως Ελλάδα και από τα νησιά του Αιγαίου που ζητούσαν την σωτηρία τους από τις φραγκικές πειρατικές επιδρομές.
Ο Θεόδωρος κατάφερε να αντιμετωπίσει με επιτυχία τις αντιξοότητες οι οποίες προέρχονταν από τους τοπικούς πληθυσμούς, από τους τοπικούς δυνάστες (τοπάρχες), από τους Λατίνους της Λατινικής Αυτοκρατορίας της Κωνσταντινούπολης και από τους Τούρκους του σουλτανάτου του Ικονίου.
Κατά τα τέλη του 1204 ο αδελφός του αυτοκράτορα της Κωνσταντινούπολης Βαλδουΐνου, Ερρίκος της Φλάνδρας, και οι ιππότες του κόμητος Λουδοβίκου de Blois, (ο οποίος σύμφωνα με την συνθήκη του διαμελισμού θα γινόταν βασιλιάς στη Νίκαια) ξεκίνησαν από την Κωνσταντινούπολη για να καταλάβουν τα εδάφη της Μικράς Ασίας που είχαν επιδικαστεί στην Λατινική Αυτοκρατορία. Πριν προλάβει ο Θεόδωρος Α’ να οργανώσει κάπως το κράτος του πολιτικά και στρατιωτικά βρέθηκε στην ανάγκη να πολεμήσει με τους Λατίνους από τους οποίους νικήθηκε σε δύο μάχες στις βορειοδυτικές μικρασιατικές ακτές. Οι περισσότερες πόλεις της Βιθυνίας έπεσαν στα χέρια των Λατίνων.
Η στιγμή ήταν πολύ κρίσιμη για τον Θεόδωρο Λάσκαρι και για το νεοσύστατο κράτος του. Η σωτηρία ήρθε από τους Βυζαντινούς αριστοκράτες της Θράκης και από τον Βούλγαρο τσάρο Καλογιάννη: Η βυζαντινή αυτοκρατορία των γαιοκτημόνω της Θράκης πρότεινε συνεργασία στους νέους κύριους της Κωνσταντινούπολης. Οι Λατίνοι όμως απέρριψαν την πρόταση συνεργασίας. Οι αριστοκράτες της Θράκης εξοργίστηκαν και εξεγέρθηκαν εναντίον της λατινικής κυριαρχίας. Προσκάλεσαν αμέσως τον Βούλγαρο Καλογιάννη, ο οποίος εισέβαλε στη Θράκη και στις 14 Απριλίου 1205 οι Λατίνοι ιππότες ηττήθηκαν και αφανίστηκαν ολοκληρωτικά από τα βουλγαρικά στρατεύματα. Ο Βαλδουΐνος συνελήφθη αιχμάλωτος και αργότερα θανατώθηκε. Η δύναμη των Λατίνων της Κωνσταντινούπολης είχε καταρρεύσει.
Ο Θεόδωρος Λάσκαρις έμεινε απερίσπαστος στην οργάνωση του κράτους του. Στην εσωτερική διάρθρωση ακολούθησε σε κάθε λεπτομέρεια τα πρότυπα του παλαιού Βυζαντίου. Η οργάνωση της διοίκησης, η υπαλληλική ιεραρχία και η αυτοκρατορική αυλή ανανεώθηκαν σύμφωνα με τις παλαιές βυζαντινές αρχές. Οι πολιτικές και οι εκκλησιαστικές παραδόσεις της βυζαντινής αυτοκρατορίας που είχαν ενσωματωθεί συμβολικά στο πρόσωπο του αυτοκράτορα και του πατριάρχη αναβίωσαν πάλι στη Νίκαια.
Το Πάσχα του 1208, ο Θεόδωρος Α’ Λάσκαρις στέφθηκε επίσημα στη Νίκαια «Βασιλεύς και Αυτοκράτωρ Ρωμαίων», διάδοχος και συνεχιστής των βυζαντινών αυτοκρατόρων της Κωνσταντινούπολης. Στο εξής αναγνωριζόταν ως ο μοναδικός και νόμιμος αυτοκράτορας του Βυζαντίου, όπως και ο πατριάρχης που έμεινε στην Νίκαια και έφερε τον τίτλο του Οικουμενικού Πατριάρχης της Κωνσταντινουπόλεως αναγνωριζόταν ως η μοναδική και νόμιμη κεφαλή της Ελληνικής Εκκλησίας. Η Νίκαια έγινε το πολιτικό και εκκλησιαστικό κέντρο της αυτοκρατορίας που είχε εκδιωχθεί από την Κωνσταντινούπολη.
Ο Θεόδωρος Λάσκαρις εκτός από τους Λατίνους είχε να αντιμετωπίσει και το σουλτανάτο του Ικονίου. Ο αγώνας του υπήρξε συνεχής και διμέτωπος. Ο σουλτάνος του Ικονίου Καϊχοστρόης ο Α’ επιθυμώντας να δημιουργήσει μια ενδιάμεση δύναμη μεταξύ του κράτους του και των Λατίνων της Κωνσταντινούπολης είχε ευνοήσει τον Θεόδωρο Λάσκαρι στις αρχές της βασιλείας του. Οι φιλικές σχέσεις όμως δεν επρόκειτο να συνεχιστούν, γιατί οι Τούρκοι με κανέναν τρόπο δεν θα δέχονταν να δημιουργηθεί δίπλα τους ένα ισχυρό κράτος.
Ο έκπτωτος βασιλιάς Αλέξιος Γ’ είχε καταφύγει στην αυλή του σουλτάνου. Ο Θεόδωρος Λάσκαρις αξίωσε από τον σουλτάνο να του παραδώσει τον Αλέξιο Γ’. Ο σουλτάνος με τη σύμφωνη γνώμη των Βενετών συμμάχων του ζήτησε την παραίτηση του Θεόδωρου υπέρ του Αλεξίου Γ’. Αυτό ήταν ένα πρόσημα για να επιτεθούν οι Τούρκοι. Η σύγκρουση έγινε στην Αντιόχεια του Μαιάνδρου το 1211. Οι 800 Λατίνοι μισθοφόροι του Λασκάρεως εξοντώθηκαν αλλά ο σουλτάνος σκοτώθηκε από τον ίδιο τον θεόδωρο Λάσκαρι στη μεταξύ τους μονομαχία που έγινε μετά τη μάχη. Ο έκπτωτος βασιλιάς συνελήφθη αιχμάλωτος και πέρασε το υπόλοιπο της ζωής του σε μοναστήρι στη Νίκαια.
Μετά από αυτή τη νίκη επί των Σελτζούκων ο Λάσκαρις συνέχισε τον αγώνα του εναντίον των Λατίνων. Το 1214 υπογράφηκε συνθήκη με την οποία καθορίζονταν τα σύνορα των δύο κρατών. Μετά το 1214, επικράτησε σταθερότητα και ισορροπία στις σχέσεις Αυτοκρατορίας της Νίκαιας και Λατινικής Αυτοκρατορίας. Ακολούθησε περίοδος οικονομικής ακμής της Νίκαιας, ενώ αντίθετα η Λατινική αυτοκρατορία ολοένα και παρήκμαζε, ιδιαίτερα μάλιστα μετά τον θάνατο του Ερρίκου, που είχε διαδεχθεί στον θρόνο της Κωνσταντινούπολης τον Βαλδουΐνο.
Ο Θεόδωρος Λάσκαρις επεδίωξε συνεννόηση με την Ρωμαϊκή Εκκλησία. Έθεσε το θέμα της Ένωσης των δύο Εκκλησιών. Όμως οι διαπραγμετεύσεις που πραγματοποιήθηκαν τον Νοέμβριο του 1214 μεταξύ του Καρδιναλίου Πελαγίου και του Έλληνα θεολόγου Νικολάου Μεσαρίτη απέδειξαν για ακόμη μια φορά ότι το χάσμα που χώριζε τις δύο εκκλησίες ήταν αγεφύρωτο.
Και με την Βενετία δημιούργησε πολιτικές και οικονομικές σχέσεις ο Θεόδωρος Α’ Λάσκαρις. Το 1219 συνήψε συνθήκη με τους Βενετούς της Κωνσταντινούπολης. Η συνθήκη αυτή ήταν η πρώτη μετά από την άλωση, είχε πενταετή ισχύ και έδινε στους Βενετούς ελευθερία εμπορίας και φορολογική ατέλεια με τον όρο να έχουν και οι Έλληνες έμποροι τα ίδια προνόμια στις χώρες που κατέχονταν από τους Βενετούς.
Στις αρχές του 1222 πέθανε ο ιδρυτής της Αυτοκρατορίας της Νίκαιας Θεόδωρος Α’ Λάσκαρις. Μέσα από το χάος που προκάλεσε αφ’ ενός η προδοτική στάση των Αγγέλων και αφ’ ετέρου η άλωσης της Κωνσταντινούπολης από τους σταυροφόρους και τους Ενετούς και με σκληρούς και συνεχείς αγώνες κατόρθωσε να θέσει τις βάσεις για την μετέπειτα λαμπρή εξέλιξη του κράτους της Νίκαιας, το οποίο το 1222 ήταν υπολογίσιμη δύναμη. Συγχρόνως πέτυχε να ανασυνδέσει το κράτος του με την μεγάλη βυζαντινή παράδοση και να ενισχύσει και να διατηρήσει τον μικρασιατικό ελληνισμό. Όλα αυτά επιβάλλουν να χαρακτηρισθεί ο Θεόδωρος Α’ Λάσκαρις ως ένας από τους μεγαλύτερους αυτοκράτορες του Βυζαντίου.