Οι ξυλόστεγες βασιλικές ελληνιστικού τύπου αναλόγως με την μορφή της κάτοψης μπορούν να διακριθούν στις παρακάτω βασικές παραλλαγές:
- Μονόχωρες δρομικές βασιλικές: Δεν έχουν βασικά εσωτερικά στηρίγματα και ονομάζονται συχνά μονόκλιτες βασιλικές. Η παραλλαγή αυτή σπανίζει στα παλαιοχριστιανικά χρόνια και χρησιμοποιήθηκε κυρίως για μαρτύριο.
- Δρομικές βασιλικές: Είναι ορθογώνια κτίρια που έχουν εσωτερικά στηρίγματα, κατά κανόνα κίονες που βαίνουν παράλληλα προς τον κατά μήκος άξονα του ναού και τον χωρίζουν σε στενόμακρες στοές, οι οποίες ονομάζονται κλίτη. Τα στηρίγματα αυτά εκτείνονται σε όλο το μήκος του ναού και δεν διακόπτονται ούτε κάμπτονται μπροστά από την αψίδα. Επειδή η διάταξη αυτή των κλιτών θυμίζει τους κεντρικούς δρόμους των ρωμαϊκών πόλεων, οι οποίοι είχαν εκατέρωθεν στοές, ονομάστηκαν και οι βασιλικές αυτές δρομικές. Αναλόγως με τον αριθμό των κλιτών οι βασιλικές διακρίνονται συνήθως σε τρίκλιτες και πεντάκλιτες συνήθως. Υπάρχουν όμως και σπάνιες περιπτώσεις, όπου τα κλίτη ανέρχονται σε επτά ή εννέα. Κατά κανόνα το μεσαίο κλίτος είναι πλατύτερο και υψηλότερα στεγασμένο με αμφίριχτη στέγη, ενώ τα πλάγια καλύπτονται με μονόριχτες στέγες.
- Βασιλικές με εγκάρσιο κλίτος: Οι βασιλικές αυτές πρωτοεμφανίστηκαν στις αρχές του 4ου αιώνα. Σε πολλές περιπτώσεις ανάμεσα στα κλίτη και τον ανατολικό τοίχο διαμορφώνεται του ναού, διαμορφώνεται ένας επιμήκης εγκάρσιος χώρος. Λόγοι διαμόρφωσης του κλίτους αναφέρονται η ταφή μαρτύρων μέσα στους ναούς, ιδίως κάτω από την Αγία Τράπεζα και απλά αισθητικοί λόγοι. Σε μερικά μνημεία το εγκάρσιο κλίτος χωρίζεται από το μεσαίο με ένα θριαμβευτικό τόξο. Αυτό εξυπηρετεί στατικούς σκοπούς, αφού στηρίζεται καλύτερα η στέγη. Ακόμη τονίζεται η νοητή παρουσία του Θεού στο θυσιαστήριο, στο σημείο ακριβώς που θεωρείται το όριο μεταξύ του επίγειου και του ουράνιου κόσμου.
- Σταυρόσχημες βασιλικές: Αυτές θεωρούνται εξέλιξη των μικρών διαστάσεων μονόχωρων σταυρόσχημων μαρτυρίων, που χτίζονταν την πρωτοχριστιανική εποχή επάνω από τον τάφο του μάρτυρα ή κάποιου ιερού χώρου. Ο τάφος συνήθως βρισκόταν στο κέντρο, στη διασταύρωση των κεριών του σταυρού. Μετά την επικράτηση του Χριστιανισμού συνεχίζεται η χρήση των σταυρόσχημων μαρτυρίων, μόνο που τώρα οι διαστάσεις τους είναι ιδιαίτερα μεγάλες, για να εξυπηρετούν τις ανάγκες του πλήθους των προσκυνητών. Τα μνημεία της κατηγορίας αυτής με τη συμμετρική διάταξη του χώρου γύρω από τον κεντρικό άξονα θα μπορούσαν να καταταχθούν στα περίκεντρα κτίρια. Επειδή όμως τα κτίρια αυτά αποτελούν σύνθεση τεσσάρων σταυρικώς διαταγμένων ξυλόστεγων βασιλικών, είναι δυνατόν να θεωρηθούν παραλλαγή των βασιλικών.