Οι στασιαστές που ενθρόνισαν την Ειρήνη την Αθηναία ανακήρυξαν αυτοκράτορα τον Νικηφόρο, λογοθέτη του Γενικού ή Γενικό Λογοθέτη, δηλαδή τον υπουργό των Οικονομικών, όπως θα λέγαμε σήμερα. Ο Νικηφόρος υπήρξε ικανός, έξυπνος και δραστήριος. Είχε μεγάλη πείρα στα οικονομικά ζητήματα. Με διάφορα οικονομικά μέτρα που πήρε προσπάθησε να τακτοποιήσει την οικονομία του Κράτους που είχε κλονιστεί από την επιπόλαιη πολιτική της Ειρήνης.
Φορολόγησε τα εκκλησιαστικά και τα μοναστηριακά κτήματα με αποτέλεσμα να προκαλέσει το μίσος των μοναχών μεταξύ των οποίων σπουδαιότερος εκείνη την εποχή ήταν ο Θεόδωρος Στουδίτης, τον οποίο εξόρισε ο Νικηφόρος.
Εκτός από τα εσωτερικά, ο Νικηφόρος είχε να αντιμετωπίσει και σπουδαιότατα εξωτερικά ζητήματα που αφορούσαν τις σχέσεις του Βυζαντίου με τους Φράγκους της Πελοποννήσου και τους Βουλγάρους. Το 803 ο Νικηφόρος συνομολόγησε ειρήνη με τον Κάρολο το Μέγα, σύμφωνα με την οποία αναγνωρίστηκαν τα κυριαρχικά δικαιώματα του Βυζαντίου στην Κάτω Ιταλία, στη Βενετία, στην Ίστρα και τη δαλματική παραλία. Αλλά το 805 επαναστάτησε η Βενετία και μόλις το 812 επί Μιχαήλ Ραγκαβέ υπογράφηκε οριστική ειρήνη με τους Φράγκους.
Οι πόλεμοι του Νικηφόρου Α’ με τους Άραβες κατέληξαν σε αποτυχία. Επειδή αρνήθηκε να πληρώσει φόρο που είχε αναλάβει την υποχρέωση να πληρώνει η Ειρήνη η Αθηναία, οι Άραβες, των οποίων ο χαλίφης ήταν ο Αρούν Αλ Ρασίντ, του κήρυξαν πόλεμο, εισέβαλαν στην Μικρά Ασία, κατέλαβαν τα Τύανα και έφτασαν μέχρι την Άγκυρα (806). Ο Νικηφόρος αναγκάστηκε να δεχτεί εριήνη με ταπεινωτικούς όρους. Σύμφωνα με αυτούς, ο Νικηφόρος υποχρεωνόταν να πληρώσει 30.000 χρυσά νομίσματα και να μην χτίσει τις κατεστραμμένες πόλεις. Όμως οι Άραβες επανέλαβαν σε λίγο τις επιδρομές τους.
Κατά την εποχή αυτή οι Βούλγαροι με αρχηγό τον Κρούμο είχαν επεκτείνει πολύ το κράτος τους και προς τα Βόρεια και προς τα βορειοδυτικά. Την άνοιξη του 809 ο Κρούμος κατέλαβε τη Σαρδική (Σόφια). Ο πολυάριθμος στρατός του Νικηφόρου φόβισε τον Κρούμο, ο οποίος πρότεινε ειρήνη που όμως δεν έγινε δεκτή. Ο αυτοκράτορας ήταν αποφασισμένος να διαλύσει οριστικά το κράτος των Βουλγάρων τους οποίους συνέτριψε σε δύο μάχες. Ο Κρούμος είχε καταφύγει στα βουνά.
Ο Νικηφόρος νόμιζε ότι ήταν οριστικά θριαμβευτής και επέτρεψε στον στρατό του να επιδοθεί σε λεηλασίες με αποτέλεσμα να χαλαρωθεί η πειθαρχία του. Αυτό ακριβώς περίμενε ο Κρούμος, ο οποίος παρακολουθούσε τις κινήσες των Βυζαντινών, τους οποίους κύκλωσε στις ορεινές διαβάσεις. Ήταν αδύνατον να διαφύγουν, ακόμα κι αν γίνονταν φτερωτοί, σύμφωνα με τα λόγια του ίδιου του αυτοκράτορα.
Ο αυτοκράτορας και το άνθος των ευπατριδών που τον συνέδευε πέφτουν ηρωικά μαχόμενοι (26 Ιουλίου 811). Ο γιος του και συναυτοκράτορας Σταυράκιος βαρειά τραυματισμένος μεταφέρεται στην Ανδριανούπολη. Ο αιμοβόρος Κρούμος διέταξε να αποκοπεί το κεφάλι του Νικηφόρου και να τοποθετηθεί πάνω σε ένα κοντάρι για πολλές μέρες.
Ο Σταυράκιος στην Ανδριανούπολη αναγορεύτηκε από τον στρατό αυτοκράτορας. Όμως τα τραύματα του ήταν βαριά και δεν υπήρχε ελπίδα να θερεπευτεί. Επειδή ήταν και άτεκνος προέκυψε οξύ δυναστικό πρόβλημα. Ο ετοιμοθάνατος Σταυριάκιος πιεζόταν από αυλικούς κύκλους να ορίσει διάδοχο του τον σύζυγο της αδελφής του Προκοπίας Μιχαήλ Ραγκαβέ. Την υποψηφιότητα του Μιχαήλ υποστήριζε και ο πατριάρχης Νικηφόρος. Στη λύση αυτή αντιτάχθηκε η σύζυγος του Σταυράκιου, Θεοφανώ η Αθηναία, η οποία γνωρίζοντας ότι το τέλος του Σταυράκιου ήταν κοντά, φιλοδοξούσε να αναλάβει η ίδια την εξουσία κατά το πρότυπο της θείας της, Ειρήνης της Αθηναίας. Και ο Σταυράκιος ήθελε να ορίσει ως διάδοχο του τη σύζυγό του Θεοφανώ. Φοβόταν όμως, μήπως, αν όριζε διάδοχο του την Θεοφανώ, ξεσπούσαν λαϊκές εξεγέρσεις, γι’ αυτό έμενε αναποφάσιστος.
Όταν όμως διπαίστωσαν ο δομέστικος Στέφανος, ο μάγιστρος Θεόκτιστος και ο πατριάρχης Νικηφόρος ότι ήταν ενδεχόμενο να αναγορευθεί διάδοχος η Θεοφανώ, τότε συφώνησαν να προωθήσουν στον αυτοκρατορικό θρόνο τον Μιχαήλ Ραγακαβέ. Στις 2 Οκτωβρίου 811 ανακηρύχθηκε πραξικοπηματικά από τον στρατό και τη σύγκλητο αυτοκράτορας ο Μιχαήλ Ραγκαβές κια λίγο αργότερα στέφθηκε στην Αγιά Σοφιά από τον πατριάρχη Νικηφόρο.
Ο Σταυράκιος όταν πληροφορήθηκε τα γεγονότα γεμάτος πικρία αποσύρθηκε σε μοναστήρι, όπου μετά από τρεις μήνες πέθανε (12 Ιανουαρίου 812). Και η σύζυγός του Θεοφανώ κατέφυγε σε μοναστήρι, όπου έζησε την υπόλοιπη ζωή της.