Μετά την τουρκική επίθεση της 13ης Αυγούστου στην βορειοδυτική Μικρά Ασία, στην Προποντίδα, επικράτησε η ίδια κατάσταση που επικράτησε στη Χερσόνησο της Ερυθραίας. Στα Μουδανιά, στην Κίο, στην Κύζικο και στην Πάνορμο άρχισαν να συρρέουν χριστιανικοί πληθυσμοί από τις γύρω περιοχές με τη μόνη σκέψη να επιβιβαστούν σε πλοία για τη Θράκη ή άλλο ελληνικό έδαφος. Η εκκένωση του Εσκί Σεχίρ από τον ελληνικό στρατό τη νύχτα της 18ης προς την 19η Αυγούστου είχε σαν επακόλουθο την εγκατάλειψη της πόλης από τον χριστιανικό πληθυσμό που ακολουθώντας στην υποχώρηση τις ελληνικές δυνάμεις, κατευθύνθηκε και αυτός προς τα παράλια της Προποντίδας.
Στις 28 Αυγούστου πραγματοποιήθηκε η εκκένωση της Προύσας και χιλιάδες πρόσφυγες κατέφυγαν στα Μουδανιά και στην Κίο. Στα Μουδανιά υπολογίζεται ότι ο αριθμός τους έφθανε ή ξεπερνούσε τις 25.000. Σύμφωνα με ανταπόκριση της εφημερίδας Daily News ο αριθμός των προσφύγων που είχε συγκεντρωθεί στις νότιες ακτές της θάλασσας του Μαρμαρά, ήταν 60.000.
Στα Μουδανιά ο συνταγματάρχης Ζήρας ανέπτυξε σημαντική πρωτοβουλία για τη διεχέτευση των προσφύγων προς την Πάνορμο και αλλού, όπου πρόσφυγες σώθηκαν χάρη στις φροντίδες της Αμερικανίδας Miss Jilson. Το βράδυ της 29ης Αυγούστου εκκενώθηκαν τα Μουδανιά και η Κίος από τις ελληνικές δυνάμεις, οι οποίες στη συνέχεια κατευθύνθηκαν προς την Πάνορμο και την Κύζικο. Από τα λιμάνια της Πανόρμου και της Αρτάκης επρόκειτο να επιβιβασθεί ο κύριος όγκος των ελληνικών δυνάμεων στις αρχές Σεπτεμβρίου.
Τραγική τύχη όμως περίμενε χιλιάδες προσφύγων στα Μουδανιά, μετά την παράδοση της 11ης μεραρχίας. Πολυάνθρωπα θύματα θρήνησε η επαρχία της Κυζίκου, και κυρίως η ενδοχώρα. Η Κυζικινή χερσόνησος χάρη στον στρατιωτικό διοικητή της Κ. Ταβουλάρη, όχι μόνο εκκενώθηκε με τάξη, αλλά οι κάτοικοι της μπόρεσαν να πάρουν μαζί τους όλη την κινητή περιουσία τους.
Η περιφέρεια του Μπαλήκ Κεσέρ όμως δοκιμάσθηκε ιδιαίτερα. Μετά την είσοδο στη πόλη του τουρκικού στρατού, συγκεντρώθηκε στις 4 Σεπτεμβρίου όλος ο ελληνικός πληθυσμός σε μια πλατεία και κυριολεκτικά κατακρεουργήθηκε. Τα θύματα έφθασαν τις 3.000 χιλιάδες. Ανάλογη τύχη είχαν και οι κάτοικοι του Σίνδιργε, γύρω στις 3.000, στο Ακ Τσάι του Αδραμυττινού κόλπου. Από τους κατοίκους της Μπάλιας, όσοι είχαν παραμείνει εκεί και δεν είχαν ακολουθήσει τον ελληνικό στρατό, 1.000 περίπου, βρήκαν τον θάνατο. Από την επαρχία Δαρδανελλίων, μέρος του πληθυσμού, που κατοικούσε στα χωριά που βρίσκονταν υπό αγγλική κατοχή, σώθηκε. Τα χωριά όμως του εσωτερικού δοκιμάσθηκαν σκληρά. Τα θύματα των σφαγών υπολογίζονται σε 4.300.
Στο Αξάρι, όπου το ελληνικό στοιχείο ανθούσε οικονομικά και αριθμούσε γύρω στις 10.000 ψυχές, διαδόθηκε στις 15 Αυγούστου η πληροφορία ότι η πόλη θα εκκενωνόταν από τον ελληνικό στρατό. Οι πρόκριτοι, έπειτα από συμφωνία, αποφάσισαν να μείνουν. Ήρθαν μάλιστα σε συνεννόηση με τους Τούρκους πρόκριτους, που υποσχέθηκαν να εμποδίσουν τον τακτικό στρατό να τους πειράξει. Στις 16 Αυγούστου μπήκαν οι τσέτες στην πόλη, και συγκέντρωσαν τους χριστιανούς κατοίκους μπροστά στο δημαρχείο, ενώ οι Αρμένιοι που αντιστάθηκαν φονεύθηκαν. Αμέσως χίλιοι περίπου Έλληνες απήχθηκαν από το Αξάρι και οδηγήθηκαν στο χωριό Καπακλί, από όπου και πάλι τους μετέφεραν πίσω και τους άφησαν να γυρίσουν στα σπίτια τους.
Έπειτα από δύο μέρες όμως τους ξανασυγκέντρωσαν και τους κατέγραψαν. Στη συνέχεια, τον άρρενα πληθυσμό από 15 έως 65 ετών τον πήραν για να τον οδηγήσουν σε στρατόπεδα. Από αυτούς όμως πολλοί φονεύθηκαν στον δρόμο. Όσοι επέζησαν, οδηγήθηκαν στη Μαγνησία, όπου συνέρρεαν πολλά ανθρώπινα ράκη από άλλες περιοχές του εσωτερικού. Από εκεί πάμπολλοι οδηγήθηκαν σε μια χαράδρα, στο Κιρτίκ Ντερέ, όπου τους σκότωσαν. Υπολογίζεται ότι εκεί εξοντώθηκαν περίπου 7.000 Έλληνες από το Αξάρι.
Στη Μαγνησία, που κατοικούσαν 8.000 Έλληνες, ο συνταγματάρχης Φ. Φιλλίπου, παρά τις διαταγές του Στεργιάδη, προσπαθούσε να επιβιβάσει τον πληθυσμό στις αμαξοστοιχίες που έφθαναν γεμάτες με στρατιώτες και πρόσφυγες. Ο ίδιος έμεινε, και σκοτώθηκε με 250 άλλους Έλληνες στρατιωτικούς και μαζί με χιλιάδες Έλληνες της Μαγνησίας που δεν είχαν κατορθώσει να διαφύγουν.
Έλληνες στρατιώτες και πρόσφυγες από το εσωτερικό είχαν κατακλύσει τον Κασαμπά από το πρωί της 22ας Αυγούστου. Η είδηση ότι τα κεμαλικά στρατεύματα βρίσκονταν πια στο Σαλιχλί, λίγα χιλιόμετρα έξω από τον Κασαμπά, έσπειρε τον πανικό και την αλλοφροσύνη στον πληθυσμό της πόλης και τους πρόσφυγες. Έτσι την ίδια εκείνη νύχτα, πολλοί κατόρθωσαν να φύγουν με τρένα για τη Σμύρνη. Την 23η Αυγούστου άρχισε η πυρπόληση της πόλης του Κασαμπά. Περισσότερος από τον μισό χριστιανικό πληθυσμό του Κασαμπά δεν είχε φύγει μετά την αποχώρηση των ελληνικών δυνάμεων, με αποτέλεσμα σύντομα να εξοντωθεί από τους Τούρκους.
Οι βιαιότητες όμως των Τούρκων εκδηλώθηκαν και σε περιοχές στη Μικρά Ασία, όπου δεν είχε φθάσει ο ελληνικός στρατός. Διωγμοί των χριστιανών κατοίκων παρατηρήθηκαν και στην Καππαδοκία και στην Κιλικία, αν και με λιγότερη ένταση. Από την Κιλικία, μετά την αποχώρηση των Γάλλων, τον Οκτώβριο του 1921, είχαν αποχωρήσει περίπου 35.000 Έλληνες.