Ο συχνότερος μύθος για την κοσμογονία των Ίνκας διαδραματίστηκε στη λίμνη Τιτικάκα. Οι περισσότερες εκδοχές του μύθου αυτού ξεκινούν με τη διαβεβαίωση ότι όλα στην αρχή το χρόνου βρίσκονταν σε βαθύ σκοτάδι. Ο ήλιος, το φεγγάρι και τα αστέρια δεν είχαν ακόμη δημιουργηθεί. Μέσα σε αυτό το πρωταρχικό σκοτάδι αναδύθηκε ο δημιουργός Βιρακότσα (Ουϊρακότσα), που το όνομα του σημαίνει «πάχος της Θάλασσας» ή «αφρός της θάλασσας».
Ο Βιρακότσα προέβαλε μέσα από το σκοτάδι και δημιούργησε την πρώτη φυλή ανθρώπων. Οι πρωτόπλαστοι ζούσαν στο σκοτάδι, μέχρι που για κάποιους λόγους εκνεύρισαν τον Βιρακότσα. Από τον θυμό του ο Βιρακότσα τερμάτισε εκείνη την πρώτη περίοδο με πλημμύρες και πέτρωσε τους πρωτόπλαστους. Ανάμνηση αυτής της πρώτης περιόδου είναι τα πέτρινα αγάλματα στο Τιαουανάκο, κοντά στην λίμνη Τιτικάκα.
Ο Βιρακότσα καταπιάστηκε στη συνέχεια με τη δημιουργία ενός άλλου ανθρώπινου γένους. Πριν αρχίσει, κάλεσε τον ήλιο, το φεγγάρι και τα αστέρια να ανατείλουν από ένα νησί της λίμνης Τιτικάκα. Οι Ίνκας είχαν ένα σημαντικό βωμό, κέντρο ετήσιου προσκηνύματος σε ένα νησί της λίμνης Τιτικάκα, που ονόμαζαν Νησί του Ήλιου. Αφού ο Βιρακότσα δημιούργησε τα φωτεινά ουράνια σώματα και τα έθεσε σε κίνηση, έπλασε το δεύτερο γένος των ανθρώπων. Έπλασε τους ανθρώπους από πέτρα.
Σε άλλη εκδοχή ο Βιρακότσα δημιούργησε τους ανθρώπους που θα εκπροσωπούσαν τα διαφορετικά έθνη των Ταουαντινσούγιου. Ζωγράφισε καθέναν με την ενδυμασία που θα χρησιμοποιούσε το έθνος του και έδωσε σε κάθε έθνος τη γλώσσα που θα μιλούσε, τα τραγούδια που θα τραγουδούσε, καθώς και τα φαγητά, τους σπόρους και τα λαχανικά για τη διατροφή τους.
Σε μια τρίτη εκοδχή, οι άνθρωποι προϋπήρχαν, αλλά ένας κατακλυσμός τους εξαφάνισε εκτός από έναν άνδρα και μία γυναίκα, οι οποίοι ξεβράστηκαν στη γη του Τιαουανάκο. Τότε εμφανίστηκε ο Βιρακότσα και διέταξε το ζεύγος να παραμείνει εκεί ως μιτιμάε. Έτσι ονομάστηκαν όσοι εξαναγκάστηκαν από τους Ίνκας να μετοικήσουν από τον τόπο τους σε ένα άλλο μέρος της αυτοκρατορίας. Μετά την υποχώρηση των υδάτων ο Βιρακότσα άρχισε να διασπείρει στη γη τους προγόνους των διαφόρων εθνών των Ταουαντινσούγιου, τους οποίους έφτιαξε από πηλό και πάνω στους οποίους ζωγράφισε την ενδυμασία που θα φορούσαν.
Ταυτόχρονα με το δεύτερο ανθρώπινο γένος, ο Βιρακότσα δημιούργησε στο Τιαουανάκο και όλα τα ζώα και τα πτηνά, για κάθε είδος ένα αρσενικό και ένα θηλυκό. Υπέδειξε σε όλα τα πλάσματα τις περιοχές που θα ζούσαν και τις τροφές που θα έτρωγαν, ενώ σε κάθε είδος πτηνού έδωσε το χαρακτηριστικό του τραγούδι. Αφού ο Βιρακότσα κράτησε μαζί του στη λίμνη Τιτικάκα δύο από τα δημιουργήματα του, έστειλε τα υπόλοιπα ζώα να ζήσουν κάτω από τη γη. Τα δύο πρόσωπα που κράτησε ο δημουργός είναι οι Ιμαϊμάνα Βιρακότσα και Τοκάπο Βιρακότσα.
Ο Βιρακότσα έδιωξε τους νεόπλαστους λίθινους ανθρώπους μακριά από τον τόπο καταγωγής τους με σκοπό να διευκολύνει τη «γέννησή» τους σε διάφοτους τόπους της επικράτειας των Ταουαντινσούγιου. Αυτοί οι τόποι θα αναγνωρίζονταν από τα διάφορα «έθνη» που θα προέρχονταν από τους λίθινους προγόνους ως ιδιαίτεροι τόποι καταγωγής. Θα ζούσαν υπογείως, εωσότου άκουγαν το κάλεσμα του δημιουργού και αναδύονταν από πηγές, σπηλιές και άλλες τοποθεσίες.
Αφού ο Βιρακότσα «έσπειρε» με αυτόν τον τρόπο τη γη με τους προγόνους των διαφόρων εθνών της αυτοκρατορίας, στράφηκε για βοήθεια στους δύο γιου του, τους οποίους είχε ήδη δημιουργήσει και κρατήσει μαζί του. Διέταξε τον Ιμαϊμάνα να φύγει από τη λίμνη και να ταξιδέψει βορειοδυτικά από τον δρόμο που περνά από δίπλα από το δάσος και τα βουνά. Τον μικρότερο γιο, τον Τοκάπο, τον έστειλε από τον παράκτιο δρόμο. Ο ίδιος ταξίδεψε βορειοδυτικά ανάμεσα στις πορείες των δύο γιοων του, από τον δρόμο που διέρχεται από τα κεντρικά βουνά.
Καθώς οι τρεις δημιουργοί διέσχιζαν τη γη σε αυτό το πρωταρχικό ταξίδι δημιουργίας, καλούσαν τους προγόνους των ντόπιων λαών να αναδυθούν από τις πηγές, τις σπηλιές και τις βουνοκορφές. Επίσης, κατά τη διάρκεια του ταξιδιού τους, οι τρεις Βιρακότσα ονομάτισαν όλα τα δέντρα και τα φυτά και όριζαν πότε θα ανθίζει και πότε θα καρποφορεί το καθένα. Ταξίδεψαν μεχρι το βορειοδυτικό άκρο της αυτοκρατορίας, ώσπου έφτασαν τελικά στη Μάντα, στην ακτή του Ισημερινού. Από εκεί συνέχισαν το ταξίδι τους προς την ίδια κατεύθυνση και ανοίχτηκαν στη θάλασσα, περπατώντας πάνω στο νερό μέχρι που εξαφανίστηκαν.