Η Κασσάνδρα της Χαλκιδικής ήταν το κύριο επαναστατικό μέτωπο που είχε απομείνει στην Χαλκιδική το Σεπτέμβριο του 1821. Στα μέσα Σεπτεμβρίου 600 Έλληνες αγωνιστές προσπάθησαν να χτυπήσουν τα νώτα του εχθρικού στρατού, αλλά το σημείο της απόβασης τους προδόθηκε και πολλοί βρήκαν τον θάνατο και την αιχμαλωσία.
Τότε ο Εμμανουήλ Παπάς έστειλε τον καπετάν Κότα στο Ελευθεροχώρι για να ζητήσει βοήθεια από τους οπλαρχηγούς του Ολύμπου και παράλληλα για τον ίδιο σκοπό απεσταλμένους στον Υψηλάντη, στα Ψαρά και στην Ύδρα. όμως όχι μόνο ενισχύσεις δεν έφθασαν αλλά και τα ψαριανά πλοία, που είχαν προσφέρει ως τότε πολύτιμη βοήθεια αποχώρησαν γιατί δεν είχαν πληρωθεί οι μισθοί τους. Οι ηγούμενοι τους Αγίου Όρους αρνούνταν παρά τις επανειλημμένες εκκλήσεις των επαναστατών να ενισχύσουν οικονομικά τον Αγώνα.
Στο τέλος Σεπτεμβρίου η κατάσταση στην Κασσάνδρα ήταν απελπιστική. Παρατηρήθηκαν διαρροές στρατιωτών, ενώ οι Τούρκοι ενισχύονταν. Η πρώτη προσπάθεια των Τούρκων να προχωρήσουν προς τη χερσόνησο απέτυχε και η ανασύνταξη των Ελλήνων δημιούργησε προσωρινά ελπίδες, γεγονός που επέτρεψε στους αγωνιστές να απορρίψουν τις τουρκικές προτάσεις για κατάθεση όπλων και υποταγή, με αντάλλαγμα τη γενική αμνηστία.
Την αυγή της 30ης Οκτωβρίου ο Εμπού Λουμπούτ, βαλής της Θεσσαλονίκης, πραγματοποίησε νέα αποφασιστική επίθεση. Οι Έλληνες αντιμετώπισαν τη πρώτη εχθρική έφοδο, αλλά ο Τούρκος στρατηγός εξαπέλυσε γενική επίθεση χρησιμοποιώντας και κανόνια, ενώ παράλληλα σώμα από 1.000 Τούρκους, που είχαν κατορθώσει να επιχωματώσουν αμυντική τάφρο των Ελλήνων και να περάσουν στη χερσόνησο εξουδετερώνοντας τους λίγους άνδρες του Χατζή Χριστοδούλου, επιτέθηκε από τα νώτα στους αμυνόμενους, η κατάσταση έγινε πολύ κρίσιμη. Τα 3/4 των Ελλήνων αγωνιστών έπεσαν στο πεδίο της μάχης. Ο Εμμανουήλ Παπάς διασώθηκε στο Άγιον Όρος, όπου πίστεψε πως θα μπορούσε να συνεχίσει την επανάσταση.
Στην Κασσάνδρα η μανία των Τούρκων ξέσπασε και εναντίον του άμαχου πληθυσμού που είχε καταφύγει στη Χερσόνησο. Μόνο 200 οικογένειες κατάφεραν να διαφύγουν στη Σκιάθο, τη Σκόπελο, στη Σκύρο και τα άλλα νησιά.
Άμεση συνέπεια της πτώσης της Κασσάνδρας υπήρξε η κάμψη της επανάστασης και στο Άγιον Όρος. Μάταιες υπήρξαν οι προσπάθειες του Εμμανουήλ Παπά να διατηρήσει εκεί την επαναστατική φλόγα. Όταν είδε ότι αποτύγχανε το έργο του και ότι μέρος των μοναχών και κυρίως οι προεστοί της Κοινής Συνάξεως ήταν έτοιμοι να υποταχθούν, και μάλιστα είχαν ήδη απελευθερώσει τον Τούρκο αιχμάλωτο, αναχώρησε με αρκετούς μοναχούς και λαϊκούς προς την Ύδρα για να συνεχίσει από εκεί τον αγώνα. Επάνω στο πλοίο, όμως, ο Εμμανουήλ Παπάς έπαθε ανακοπή και πέθανε. Υπήρξε μια από τις αγνότερες και ηρωικότερες μορφές του Αγώνα. Ανιδιοτελής δαπάνησε όλη την τεράστια περιουσία του για τον Αγώνα.
Στο μεταξύ απεσταλμένοι από τον Άγιον Όρος πήγαν στην Κασσάνδρα για να δηλώσουν υποταγή. Στα μέσα Δεκεμβρίου 1821 ο Μεχμέτ Εμίν, ύστερα από την ενέργεια αυτή των Αγιορειτών παραχώρησε αμνηστία με τους εξής όρους:
- Να παραδοθούν όλα τα πυροβόλα όπλα, πυρομαχικά και κάθε είδους πολεμικό υλικό σε διάστημα ένδεκα ημερών
- Να παραδοθούν πενήντα έγκριτοι κληρικοί και προύχοντες, που θα στέλνονταν ως όμηροι στην Κωνσταντινούπολη μέχρι την αποκατάσταση στης ειρήνης στην Χαλκιδική
- Να καταβληθούν διπλοί όλοι οι καθυστερημένοι από την αρχή της επανάστασης φόροι
- Να καταβάλλονται κανονικά οι κεφαλικοί φόροι σύμφωνα με τις διατάξεις του Ιερού Νόμου
- Να εγκατασταθεί στρατός στη χερσόνησο του Αγίου Όρους, που τη συντήρηση του θα αναλάβουν τα μοναστήρια.
Στο φιρμάνι ο σουλτάνος τόνιζε ότι οι μοναχοί έπρεπε να αποδείξουν «όχι με ξηρούς λόγους, αλλά εμπράκτως την υποταγήν των, οπότε και θα αποδειχθή και θα κριθή αν εσυνθηκολόγησαν πονηρώς ή δολίως».
Έτσι τελείωσε η επανάσταση στη Χαλκιδική. Οι απώλειες σε ανθρώπινες ζωές ήταν τεράστιες, αλλά δεν ήταν λιγότερες και οι υλικές καταστροφές. Συνολικά 78 χωριά ελληνικά, 59 μετόχια αγιορείτικα κάηκαν και 3.014 ζευγάρια βοδιών αροτριώντων χάθηκαν.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών