Τον Αλέξιο Α’ Κoμνηνό διαδέχτηκε ο γιος του Ιωάννης Β’. Κατά τη γνώμη των συγχρόνων του αλλά και μεταγενέστερων ιστορικών ο Ιωάννης ήταν ο μεγαλύτερος από τη Δυναστεία των Κομνηνών. Υπήρξε ικανότατος στρατιωτικός και πολιτικός ηγέτης, ανδρείος, σταθερός και ευθύς χαρακτήρας, ακλόνητος στην πραγματοποίηση των στόχων του. Με άκαμπτη επιμονή συνέχισε την πολιτική του πατέρα του χωρίς ποτέ να λησμονεί μέχρι που έφταναν τα όρια του δυνατού.
Ο Ιωάννης Β’ συνειδητοποίησε περισσότερο από κάθε άλλον αυτοκράτορα τη σημασία του τουρκικού κινδύνου από τη Μικρά Ασία, και γι’ αυτό σε όλη τη διάρκεια της βασιλείας του προσπάθησε όχι μονο να αποκρούσει τους Σελτζούκους αλλά και να απελευθερώσει εδάφη της Μικράς Ασίας, τα οποία προηγουμένως ανήκαν στην Αυτοκρατορία.
Ένα χρόνο ακριβώς μετά την άνοδο του Ιωάννη στο θρόνο, οι Τούρκοι του εμιράτου της Μελιτηνής, αφού έλυσαν τις συνθήκες που είχαν συνάψει παλαιότερα με τον Αλέξιο Α’, εισέβαλαν στην Φρυγία και στην Παμφυλία. Αμέσως ο Ιωάννης Β’ εξεστράτευσε εναντίον τους, τους νίκησε και απελευθέρωσε τη Φιλαδέλφεια και τη Λαοδικεία. Το επόμενο έτος εξεστράτευσε και πάλι και απελευθέρωσε τη Σχιζόπολη, ισχυρότατη πόλη της Παμφυλίας, καθώς και το ισχυρό φρούριο Ιερακουφίτη.
Δύο χρόνια αργότερα ενώ ετοιμαζόανα να εκστρατεύσει και πάλι κατά των Τούρκων πληροφορείται ότι οι Πατσινάκες είχαν παραβιάσει τα βόρεια σύνορα της Αυτοκρατορίας και λεηλατούσαν τις περιοχές γύρω από τον Δούναβη ως την Θράκη και τη Μακεδονία. Ο αυτοκράτορας αντέδρασε ταχύτατα. Επικεφαλής καλά οργανωμένου στρατού έσπευσε στη Θράκη, όπου αντιμετώπισε τους εισβολείς κοντά στη Βερόη και τους κατανίκησε.
Ήταν τόσο μεγάλο το πλήγμα που δέχτηκε το ληστρικό αυτό έθνος ώστε από τότε εξαφανίστηκαν οριστικά από το ιστορικό προσκήνιο. Από αυτούς που επέζησαν ένα τμήμα κατατάχθηκε στο βυζαντινό στρατό (μισθοφορικό στράτευμα), ενώ οι υπόλοιποι εγκαταστάθηκαν μονίμως σε πολλά νέα χωριά που ίδρυσε το κράτος στη περιοχή της Αλμωπίας, της Μακεδονίας και με την πάροδο του χρόνου αφομοιώθηκαν.
Μετά την νίκη του κατά των Πατσινακών ο Ιωάννης Β’ θέλησε να τακτοποιήσει και τα πράγματα στην Σερβία. Οι Σέρβοι κατείχαν εκτός από την Παλαιά Σερβία και περιοχές της Δαλματίας. Λίγο μετά την ήττα των Πατσινακών άρχισαν να γίνονται ενοχλητικοί στο Βυζάντιο οι Σέρβοι. Ο Ιωάννης ανέλαβε ο ίδιος εκστρατεία εναντίον τους και σε μια αποφασιστική μάχη νίκησε τον Ζουπάνο της Ρασκίας και αποχώρησε με πλούσια λεία και πολλούς αιχμαλώτους. Οι Σέρβοι αναγκάστηκαν να αναγνωρίσουν την βυζαντινή κυριαρχία. Για να αποδυναμώσει τους Σέρβους προέβη σε μετακινήσεις πληθυσμών, από τη Σερβία στη μικρά Ασία, όπου αναφέρονται τα Σερβοχώρια.
Το 1130 ο Ιωάννης Β’ επανήλθε στη Μικρά Ασία για να συνεχίσει τον Αγώνα όχι εναντίον του σουλτανάτου του Ικονίου, που είχε αποδυναμωθεί από εσωτερικές συγκρούσεις, αλλά κατά των Δανισμενδιτών Τούρκων, οι οποίοι ορμώμενοι από την πρωτεύουσα τους, Σεβάστεια, επιχειρούσαν επιδρομές κατά των βυζαντινών επαρχιών. Ο Ιωάννης επήλθε κατά των Δασμενδιτών Τούρκων εκδιώκοντας τους από τη Γαλατία, την Παφαλαγονία και τον Πόντο και απελευθερώνοντας αξιόλογες πόλεις, όπως την Κασταμονή, την Γάγγρα και την Άγκυρα.
Τα βυζαντινά στρατεύματα έφτασαν μέχρι τις όχθες του Άλυ Ποταμού. Με τις εκστρατείες του αυτές ο Ιωάννης Κομνηνός περιόρισε τους Τούρκους στη Κεντρική Μικρά Ασία, δηλαδή στη Λυκαονία, στην Καππαδοκία και στην νοτιοανατολική Γαλατία. Οι πλούσιες χώρες των παραλίων της Μκράς Ασίας, οι οποίες επικοινωνούσαν με το Λύκιο και το Αιγαίο Πέλαγος, με την Προποντίδα και τον Εύξεινο Πόντο παρέμειναν στα χέρια των Ελλήνων.
Από την αρχή της βασιλείας του ο Ιωάννης αρνιόταν να επικυρώσει εμπορικά προνόμια στους Ενετούς, που είχε παραχωρήσει ο Αλέξιος Α’ Κομνηνός. Το γεγονός αυτό προκάλεσε ένταση στις βυζαντινοενετικές σχέσεις. Η ένταση κατέληξε σε πόλεμο. Οι ενετικοί στόλοι επιτέθηκαν και λεηλάτησαν την Ρόδο, τη Χίο, τη Λέσβο, την Άνδρο και την Πάρο και κατέστρεψαν τα λιμάνια της Σμύρνης και της Μεθώνης. Το 1126 κατέλαβαν την Κεφαλλονιά. Ο Ιωάννης Β’ επειδή δεν διέθετε ναυτικό ώστε να μπορέσει να αντιδράσει στους Ενετούς, αναγκάστηκε να υποκύψει στις ενετικές πιέσεις και με χρυσόβουλο να επικυρώσει τα προνόμια.
Ένα μεγάλο λάθος ολόκληρης της Δυναστείας των Κομνηνών ήταν η παραμέληση του ναυτικού. Ενώ κατά τους περασμένους αιώνες κυριαρχούσαν στη θάλασσα οι υπερήφανοι αυτοκρατορικοί βυζαντινοί στόλοι, τώρα κυριαρχούσαν οι Ιταλοί.
Το έτος 1142 οι Νορμανδοί της Αντιόχειας ακύρωσαν τις συνθήκες που είχαν συνάψει με τον Ιωάννη Β’. Ο αυτοκράτορας αποφάσισε εκστρατεία κατά των Νορμανδών της Αντιόχειας. Συγχρόνως σχεδίαζε να αποκαταστήσει τη Βυζαντινή κυριαρχία στη Παλαιστίνη. Τον πρόλαβε όμως ο θάνατος. Σε ένα κυνήγι αγριόχοιρων στην Κιλικία σκοτώθηκε θανάσιμα από δηλητηριασμένο βέλος και πέθανε στις 8-4-1143, πάνω στην ακμή της ηλικίας του, μόλις 55 χρόνων, αφού βασίλεψε 24 χρόνια. Βασιλικές τριήρεις μετέφεραν τη σορό του αυτοκράτορα στην Κωνσταντινούπολη, όπου θάφτηκε στο ναό του Παντοκράτορα.
Ο Ιωάννης Β’ Κομνηνός ανήκει στους καλύτερους αυτοκράτορες του Βυζαντίου. Κυβέρνησε την Αυτοκρατορία κατά τρόπο συνετό και ρεαλιστικό. Συγχρόνως άσκησε δυναμική και μεθοδευμένη πολιτική με αποτέλεσμα να αυξήσει το γόητρο του Βυζαντινού Κράτους, να ενισχύσει τη στρατιωτική του δύναμη και να επεκτείνει τη βυζαντινή κυριαρχία στην Ανατολή και στην Βαλκανική. Απέφυγε με επιμέλεια να εμπλακεί σε πολυμέτωπους αγώνες και χησιμοποίησε με σύνεση τα στρατιωτικά και διπλωματικά μέσα του κράτους κατορθώνοντας έτσι να νικήσει ή να εξουδετερώσει τους εχθρούς του.
Ο καθηγητής Άμαντος επισημαίνει δύο σφάλματα του Ιωάννη Β’: «Το πολιτικό του σφάλμα υπήρξεν ότι δεν εγκατέλειψε την Συρίαν εις τους Φράγκους, έναντι συνεργασίας κατά των Τούρκων. Επίσης, μέγα σφάλμα υπήρξεν η ανάμιξις του Βυζαντίου εις τα εσωτερικά της Ουγγαρίας».
