Τον Κωνσταντίνο Δ’ διαδέχθηκε στον θρόνο ο νεαρός γιος του Ιουστινιανός Β’. Το μόνο κοινό γνώρισμα που είχε με τον πατέρα του ήταν η γενναιότητα και η δραστηριότητα. Υπήρξε άνθρωπος αρκετά βίαιος, εγωιστής, σκληρός και υπερβολικά φιλόδοξος.
Στις σχέσεις του με τους Άραβες ακολούθησε εσφαλμένη πολιτική, γιατί υπέγραψε συνθήκη με την οποία δεχόταν την αποχώρηση των Μαρδαϊτών από τον Λίβανο και τη Συρία στη Μικρά Ασία και στη Θράκη. Το μόνο ευνοϊκό σημείο της συνθήκης ήταν η επανάληψη της υποχρέωσης των Αράβων να καταβάλουν ετησίως στο Βυζάντιο 365.000 χρυσά νομίσματα, 365 δούλους και 365 καθαρόαιμους ίππους.
Τον ίδιο χρόνο ο Ιουστινιανός Β’ επιχείρησε εκστρατεία κατά των Βουλγάρων και των Σλάβων. Τους μεν Βούλγαρους τους νίκησε και τους απομάκρυνε από την περιοχή του Έβρου, ενώ τους Σλάβους τους υπέταξε με δυσκολία. Συνέλαβε αιχμαλώτους πολλούς Σλάβους, τους οποίους μετέφερε και εγκατέστησε στην περιοχή της Βιθυνίας στο θέμα Οψικίου. Από αυτούς σχημάτισε ιδαίτερο στρατιωτικό σώμα από 30.000 άνδρες τους λεγόμενους Σκλαβησιάνους, οι οποίοι αποτέλεσαν χωριστό στρατιωτικό τάγμα. Αυτούς αργότερα τους έστειλε κατά των Αράβων, αλλά δεν φάνηκαν πιστοί στο Βυζάντιο, γιατί το μεγαλύτερο μέρος τους εξαγοράστηκε από τους αντιπάλους.
Εν τω μεταξύ οι καταπιέσεις από ανθρώπους του Ιουστινανού και γενικότερα η ασύνετη πολιτική του προκάλεσαν τόση αντίδραση, ώστε οργανώθηκε εναντίον του λαϊκή εξέγερση επικεφαλής της οποίας ήταν ο στρατηγός Λεόντιος, ο οποίος ανακηρύχθηκε αυτοκράτορας το 695. Ο Ιουστινιανός Β’ συνελήφθη και «ερρινοκοπήθη», δηλαδή του έκοψαν τη μύτη, και «εγλωσσοκοπήθη», δηλαδή του έκοψαν τη γλώσσα και εξορίστηκε στη Χερσώνα.
Αφού μάταια προσπάθησε να βοηθηθεί από τον λαό της Χερσώνας, έφυγε από εκεί, έφτασε στη Βουλγαρία και με τη βοήθεια των Βουλγάρων και έμπιστων φίλων του μέσα στην Κωνσταντινούπολη, κατόρθωσε να ξαναπάρει το θρόνο (705). Αμέσως διέταξε γενική σφαγή των αντιπάλων του αυτοκρατόρων Λεοντίου και Τιβερίου Β’ Αψίμαρρου, του στρατηγού Ηρακλείου και των άλλων στρατιωτικών και πολιτικών.
Τα εγκλήματα του Ιουστινιανού προκάλεσαν νέα εξέγερση στη Χερσώνα. Ο Αρμένιος στρατηγός της Χερσώνας Βαρδάνης ανακηρύσσεται αυτοκράτορας και παίρνει το όνομα Φιλιππικός. Αυτός ήλθε στην Κωνσταντινούπολη, συνέλαβε τον θηριώδη αυτοκράτορα και τον αποκεφάλισε το 711.
Αυτό το άδοξο τέλος είχε η δυναστεία του μεγάλου Ηρακλείου. Το μόνο καλό που έκανε ο αιμοσταγής αυτοκράτορας ήταν η Πενθέκτη Οικουμενική Σύνοδος ή Σύνοδος του Τρούλλου (δηλαδή της θολωτής αίθουσας των βυζαντινών αυτοκρατόρων), η οποία συγκλήθηκε το 691-692 για να συμπληρώσει την Ε’ Οικουμενική Σύνοδο. Η Σύνοδος αυτή απαγόρευσε πολλά εθνικά έθιμα, ήθη και δοξασίες, όπως τη δαιμονομαντεία, την αστρομαντεία, την οιωνοσκοπεία και διάφορες ειδωλολατρικές γιορτές (του Διονύσιου και άλλες).