Τον Ιωάννη Γ’ Βατάτζη διαδέχθηκε στον θρόνο της Αυτοκρατορίας της Νίκαιας ο γιος του Θεόδωρος Β’ Δούκας Λάσκαρις, λόγιος με μεγάλη παιδεία, φιλόσοφος, θεολόγος, συγγραφέας, ποιητής και άριστος γνώστης της αρχαίας ελληνικής γλώσσας που την προτιμούσε από την εκκλησιαστική γλώσσα της εποχής του. Είχε σπουδάσει αρχαία ελληνική φιλολογία, θεολογία, φιλοσοφία, μουσική, μαθηματικά, φυσική, γεωμετρία, αστρονομία. Έτσι ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις κατατάσσεται ανάμεσα στους λίγους σοφούς αυτοκράτορες του Βυζαντίου που αγάπησαν και υποστήριξαν τα γράμματα και τις τέχνες. Ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις κατέστησε την αυλή της Νίκαιας κέντρο ανθρωπιστικών γραμμάτων εφάμιλλο με την αρχαία Αθήνα. Ο Θεόδωρος Β’ όμως δεν υπήρξε μονο εξαίρετος λόγιος, αλλά και άνθρωπος της δράσης, ικανός πολιτικός, στρατιωτικός ηγέτης και επιδέξιος διπλωμάτης.
Ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις συνέχισε την εξωτερική πολιτική του πατέρα του. Όταν ο Βούλγαρος ηγεμόνας Μιχαήλ Β’ ο Ασέν, πληροφορήθηκε τον θάνατο του Ιωάννη Γ’ Βατάτζη έσπευσε να καταλάβει πόλεις και φρούρια τα οποία βρίσκονταν στον άνω Έβρο, στον Άρδα και την Ροδόπη, καθώς και τις πόλεις Στενήμαχο και Τζέπαινα.
Ο Θεόδωρος Β’ αντέδρασε ταχύτατα. Αφού ανανέωσε τις συνθήκες με το σουλτάνο του Ικονίου, ώστε να έχει εξασφαλισμένα τα νώτα του, επιχείρησε δύο αλλεπάλληλες εκστρατείες εναντίον των Βουλγάρων (1255-1256) τους οποίους νίκησε και εξανάγκασε να υπογράψουν συνθήκη ειρήνης, σύμφωνα με την οποία τα δύο κράτη επανήλθαν στα παλαιά σύνορα. Ακόμη και η ισχυρή Τζέπαινα αποδόθηκε στους Έλληνες.
Όσον αφορά την εσωτερική του πολιτική, ο Θεόδωρος Β’ κράτησε στάση απέναντι στις λαϊκές τάξεις πολύ φιλική. Από αυτές επέλεξε τους συνεργάτες του. Πρώτος σύμβουλος ήταν ο αδελφικός του φίλος Γεώργιος Μουζάλων που καταγόταν από άσημη οικογένεια. Ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις αισθανόταν περιφρόνηση προς τους αριστοκράτες των οποίων αγνόησε εντελώς τα προνόμια με αποτέλεσμα να προκαλέσει την εχθρότητα τους.
Στην επιλογή των συνεργατών του είχε ως κριτήριο την αξιοκρατία και όχι την καταγωγή ή την συγγένεια. Αποτέλεσμα αυτής της κατάστασης ήταν η συνεχής αντιπαράθεση και ο ολοένα αυξανόμενος ανταγωνισμός ανάμεσα στον αυτοκράτορα και στις οικογένειες των μεγαλοκτημόνων (της αριστοκρατίας της επαρχίας) οι οποίοι κατείχαν τα σπουδαιότερα αξιώματα στον στρατό.
Ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις υπήρξε αξιόλογος συγγραφέας. Τα έργα του ανήκουν σε όλα τα φιλολογικά είδη. Περιλαμβάνουν: Θεολογικές, φιλοσοφικές και επιστημονικές πραγματείες, ύμνους, πανηγυρικούς λόγους, σάτιρες και μεγάλο αριθμό επιστολών (218), οι οποίες διακρίνονται σε φιλοσοφικές, συλλυπητήριες, φιλοφρονητικές, συγχαρητήριες και ευχαριστήριες.
Από τα άλλα έργα του σημαντικά είναι: το Εγκώμιο στον πατέρα του Ιωάννη Γ’ Βατάτζη, το Εγκώμιο της πόλης της Νίκαιας, η Νεκρολογία του Γερμανού αυτοκράτορα Φρειδερίκου Β’, ο Μέγας Παρακλητικός Κανών της Παναγίας, ο οποίος ψάλλεται τον Δεκαπενταύγουστο, η «σάτιρα του παιδαγωγού» και άλλα σατιρικά. Οι οκτώ λόγοι του Θεόδωρου Β’ Λασκάρεως για την χριστιανική θεολογία, οι λόγοι του για την Αγια Τριάδα, για την εκπόρευση του Αγίου Πνεύματος, για τη Θεωνυμία, για τη νηστεία τον καθιστούν τον μόνο θεολόγο της εποχής του.
Ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις όπως και ο πατέρας του ενδιαφέρθηκε ιδιαίτερα για την εκπαίδευση του απλού λαού. Ίδρυσε πάρα πολλά σχολεία, έχτισε δημόσιες βιβλιοθήκες σε όλες τις πόλεις του κράτους και έτσι έδωσε ώθηση στην καλλιέργεια των γραμμάτων. Ίδρυσε ανώτερη σχολή Φιλοσοφίας στη Νίκαια. Την τροφή και τη συντήρηση των δασκάλων και των μαθητών είχε αναλάβει να πληρώνει ο ίδιος ο αυτοκράτορας από τα χρήματα του ιδιαίτερου αυτοκρατορικού ταμείου. Ο ίδιος ο αυτοκράτορας παρακολουθούσε την πρόοδο των μαθητών.
Η κληρονομική ασθένεια από την οποία κατατρυχόταν ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις τον οδήγησε τελικά στον θάνατο στα τέλη Αυγούστου του 1258 σε ηλικία 37 ετών. Ο Θεόδωρος Β’ Λάσκαρις υπήρξε μια από τις ευγενέστερες μορφές της Βυζαντινής Ιστορίας. Οραματίστηκε την ευτυχία του λαού του και εργάστηκε γι’ αυτήν σε όλο το διάστημα της σύντομης βασιλείας του.
Τον Θεόδωρο Β’ Λάσκαρι διαδέχθηκε στον θρόνο ο γιος του Ιωάννης Δ’ Λάσκαρις, ο οποίος τότε ήταν 8 χρονών. Λόγω της ανηλικότητας του ο πατέρας του όρισε δύο επιτρόπους-αντιβασιλείς, τον πρωτοβεστιάριο Γεώργιο Μουζάλωνα και τον Πατριάρχη Αρσένιο.
Ο Γεώργιος Μουζάλων, αντιλαμβναόμνεος ότι δεν ήταν αρεστός στον λαό, ζήτησε από τη σύγκλητο να εκλέξει ως αντιβασιλέα κάποιον άλλο ικανότερο, αλλά δεν δέχτηκαν οι αριστοκράτες. Όμως εννέα μέρες αργότερα, όταν ετελείτο το μνημόσυνο του Θεοδώρου Β’ στη Μαγνησία, άνθρωποι της αριστοκρατίας (Φράγκοι μισθοφόροι) εισήλθαν στην εκκλησία και κατέσφαξαν τον Μουζάλωνα και τους αδελφούς του.
Μετά από λίγες μέρες η συνέλευση των δυνατών ανέθεσε την αντιβασιλεία στον Μιχαήλ Παλαιολόγο, στον οποίο απένειμαν και τον τίτλο του δεσπότη. Ο Μιχαήλ Παλαιολόγος όμως ήθελε τον θρόνο. Έπεισε με πολύ κόπο τον πατριάρχη Αρσένιο να τον στέψει συναυτοκράτορα του νεαρού Ιωάννη υποσχόμενος ότι θα σεβαστεί τα επί του θρόνου διακιώματα του ανήλικου βασιλιά. Την 1η Ιανουαρίου του 1259 ο Μιχαήλ Παλαιολόγος στέφθηκε αυτοκράτορας στη Νίκαια μαζί με τον Ιωάννη.
Μετά όμως την ανακατάληψη της Κωνσταντινούπολης (25 Ιουλίου 1261), ο Μιχαήλ Η’ παραμέρισε τον Ιωάννη Δ’, τον τύφλωσε και τον έκλεισε στο φρούριο Δακίβιζα στη θάλασσα του Μαρμαρά. Εκεί ο δυστυχής Ιωάννης, ο τελευταίος αυτοκράτορας της πιο σεμνής, σοβαρής και φιλολαϊκής δυναστείας του Βυζαντίου, της δυναστείας των Λασκάρεων, θα περάσει τυφλός όλη την υπόλοιπη ζωή του.