Η Σαμοθράκη βρίσκεται στο βορειοανατολικό Αιγαίο. Είναι καταπράσινη και το όρος Σάος, που την κατατρέχει, έχει την ψηλότερη κορυφή (Φεγγάρι, 1611μ.) του Αιγαίου. Πρωτεύουσα του νησιού είναι η Χώρα που έχει επίνειο την Καμαριώτισσα. Η Χώρα είναι χτισμένη αμφιθεατρικά σε πλαγιά του όρους Σάος. Από το λιμάνι Καμαριώτισσα απέχει 6 χιλιόμετρα.
Σε απόσταση 12,5 χλμ βόρεια της Χώρα βρίσκεται η Παλαιόπολη. Είναι ένας οικισμός με 20 κατοίκους, αλλά με σπουδαία αρχαιολογικά μνημεία. Η αρχαία πόλη διέθετε επιβλητικό τείχος που ξεκινούσε από τη θάλασσα και ανηφόριζε στην πλαγιά του βουνού που σήμερα ονομάζεται Άγιος Γεώργιος. Χρονολογείται τον 6οπ.Χ. αιώνα.
Πρώτοι κάτοικοι του νησιού αναφέρονται οι Πελασγοί, ή κατ’ άλλους, Δάρδανοι, Αρκάδες ή Τρώες. Γύρω στο 1100π.Χ. εγκαταστάθηκαν εκεί Ίωνες από τη Σάμο που έδωσαν το όνομα «Σάμος Θρακία», το οποίο μετεξελίχθηκε σε Σαμοθράκη. Μετά τον 5ο π.Χ. αιώνα είχε επικρατήσει. Πριν λεγόταν Μελίτη, Δαρδανία, Λευκανία, Αιθιοπία, Σούννησος.
Η μεγάλη οικοδομική δραστηριότητα σημειώθηκε κατά τους ελληνιστικούς χρόνους. Τότε το ιερό που είχε χτιστεί από τον 6οπ.Χ. αιώνα περιτριγυρήστηκε με διάφορα λαμπρά οικοδομήματα και στολίστηκε με αναθήματα.
Στην Σαμοθράκη στα ιστορικά χρόνια, πίστευαν πως Θράκη και Μικρά Ασία ήταν κάποτε ενωμένες. όμως, κάποια στιγμή το στενό του Βοσπόρου σχίστηκε στα δύο και τα ορμητικά νερά του Εύξεινου Πόντου χύθηκαν στο Αιγαίο και πλημμύρησαν τα νησιά.
Θρύλοι για μια τεράστια πλημμύρα που κατέστρεψε τα πάντα στη στεριά υπήρχαν και στη Ρόδο, στη Λυδία, στην Ιωνία. Ο Ποσειδώνας καθόταν στην πιο ψηλή κορυφή της Σαμοθράκη, το Φεγγάρι, για να παρακολουθεί τα γεγονότα στον Τρωικό πόλεμο.
Οι Αργοναύτες έκαναν μια στάση στο νησί. Με τη μεσολάβηση του Ορφέα, οι Αργοναύτες έκαναν παράκαμψη στο θαλασσινό δρομολόγιο τους και στάθμευσαν στη Σαμοθράκη, που τότε λεγόταν το νησί της Ηλέκτρας. Εκεί έμειναν οι Κάβειροι, οι γιοι του Ήφαιστου (πνεύματα ή θεότητες της φωτιάς με κέντρα λατρείας τη Λήμνο και τη Σαμοθράκη). Συνδέονται με τις μυστηριακές λατρείες της Δήμητρας, στις οποίες ο Ορφέας είχε από παλιά μυηθεί. Μυήθηκαν και οι υπόλοιποι Αργοναύτες και άφησαν ως αφιερώματα κάποιες χρυσές φιάλες.
Οι μεταγενέστεροι τις επιδείκνυαν σε εκείνους που δεν πίστευαν ότι οι ήρωες πέρασαν από εκεί. Η παράκαμψη αυτή είχε πρακτική σημασία, καθώς οι μυημένοι στα μυστήρια των Καβείρων δεν κινδύνευαν στην θαλασσοταραχή. Χάρη στη λατρεία των Καβείρων, στα ιστορικά χρόνια, η Σαμοθράκη απολάμβανε ασυλίας και έγινε καταφύγιο πολλών πρώην εστεμμένων.
Στα 513π.Χ., η Σαμοθράκη υπέκυψε στον Δαρείο όπως και οι πόλεις της απέναντι θρακικής ακτής. Στα χρόνια του Ξέρξη, κάτοικοι της Σαμοθράκης ακολούθησαν τους Πέρσες στην εναντίον της Ελλάδας εκστρατεία του. Μετά το νησί απελευθερώθηκε. Εντάχθηκε στην Α’ Αθηναϊκή Συμμαχία πληρώνοντας φόρο 2.400 δρχ. τον χρόνο, ώσπου μετά τη ναυμαχία στους Αιγός ποταμούς (405π.Χ.) υποτάχθηκε στους Σπαρτιάτες. Με την Ανταλκίδειο Ειρήνη (387π.Χ.) ανέκτησε την αυτονομία της.
Στα ρωμαϊκά χρόνια η Σαμοθράκη κατάφερε να διατηρήσει την αίγλη της, καθώς οι πιο διάσημοι Ρωμαίοι ανταγωνίζονταν για το ποιος θα μυούνταν πρώτος στα μυστήρια των Καβείρων. Τον 4ομ.Χ. αιώνα στο νησί εξακολουθούσαν να τελούνται μυστήρια.
Στα βυζαντινά χρόνια ανήκε διοικητικά στο θέμα Θράκης, ώσπου το 1204 κυριεύθηκε από τους Φράγκους και αποδόθηκε στη βενετική οικογένεια του Ερρίκου Δάνδολου μαζί με τη Θάσο, όπως έγινε και το 1356 που τα δύο νησιά παραδόθηκαν από τον Ιωάννη Δούκα Βατάτζη στους Γκατελούζους.
Στα 1444 την πήραν οι Τούρκοι. Στα 1821 οι κάτοικοι της Σαμοθράκης γνώρισαν μεγάλο διωγμό: όλοι οι άνδρες σφαγιάστηκαν οι γυναίκες και τα παιδιά πουλήθηκαν ως δούλοι στην Κωνσταντινούπολη και τη Σμύρνη. Το νησί ερήμωσε. Έξι χρόνια αργότερα κάποιοι διασωθέντες ξεκίνησαν να επιστρέψουν. Μαζί τους έφτασαν κι εγκαταστάθηκαν και οικογένειες από τη θρακική παραλία. Τον Οκτώβριο του 1912 η Σαμοθράκη έγινε πάλι ελληνική.