Γεωλογικά, η Μύκονος είναι η πιο νεαρή προέκταση της ελληνικής κεντρικής ραχοκοκαλιάς, η μακρινή δισεγγονή της Βόρειας Εύβοιας: η πελαγονική οροσειρά ξεκίνησε να ανορθώνεται μέσα από τη θάλασσα πριν από 140 εκατομμύρια χρόνια. Μια στενή καμπούρα που ξεκινούσε από τη σημερινή περιοχή στα βόρεια του ποταμού Αξιού, περνούσε τον Όλυμπο και στη σημερινή Ανατολική Θεσσαλία κι έφτανε ως τη Βόρεια Εύβοια.
Η Μαντώ Μαυρογένους σε πορτραίτο που βρίσκεται στην Εθνική Βιβλιοθήκη των Παρισίων 
Προτομή Κόρης σε μετώπη λαιμού «μηλιακής» υδρίας του 6ου αιώνα π.Χ., Αρχαιολογικό Μουσείο Μυκόνου
Ακολούθησαν η Αττική με τη Νότια Εύβοια κι ενωμένη μαζί της η Άνδρος και με αυτήν η Τήνος. Στα 35 εκατομμύρια χρόνια πριν από την εποχή μας εμφανίστηκε τελευταία στη σειρά η Μύκονος. Με έδαφος τραχύ και άνυδρο. Με κοιτάσματα μαγγανιούχου σιδήρου, χαλκού και γαληνίτη. Με πυριτική άμμο.
Το λευκό και ο ασίγαστος άνεμος χαρακτηρίζουν την πρωτεύουσα Μύκονο ή Χώρα που από μόνη της είναι ένα ατελείωτο αξιοθέατο, καθώς ο παραδοσιακός κυκλαδίτικος χαρακτήρας έχει προστατευτεί ως διατηρητέος οικισμός: ανεμόμυλοι, εκκλησάκια, σπιτάκια, στενά δρομάκια, όλα λευκά.
Η ιστορική πορεία των κατοίκων του νησιού είναι συνδεδεμένη με αυτή των λοιπών Κυκλάδων. Ευρήματα πείθουν ότι το νησί ήταν κατοικημένο από την τελευταία τουλάχιστον χιλιετία της Εποχής του Λίθου (4000π.Χ.). Ως τώρα δεν έχουν βρεθεί μαρτυρίες ικανές να μας διαφωτίσουν για την ακριβή της θέση στον ευρύτερο Κυκλαδικό πολιτισμό της Εποχής του Χαλκού.
Ο μυθικός Άνιος που στάλθηκε από τον Ραδάμανθυ να αποικίσει τη Δήλο, φέρεται να είχε γιο τον Μύκονο που έδωσε το όνομα του στο νησί. Η μυθολογική σύνδεση της με τον Ηρακλή και τη Γιγαντομαχία, καθώς και η γειτνίαση της με τη Δήλο επιβεβαιώνουν ότι αργότερα κατοικήθηκε από τους Ίωνες.
Στην κλασική εποχή διέθετε τουλάχιστον δύο αξιόλογες πόλεις: τη Μύκονο στη θέση της σημερινής χώρας και την Πάνορμο. Από την εποχή των διαδόχων του Μεγάλου Αλεξάνδρου και της ρωμαϊκής κατάκτησης σώζονται ερείπια τριών πύργων ενώ κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας υπήρξε ορμητήριο πειρατών, χωρίς αυτό να εμποδίσει δύο μοναχούς από την Εκατονταπυλιανή της Πάρου να ιδρύσουν μοναστήρι στην περιοχή της Άνω Μεριάς (Παναγία Τουρλιανή, 1542).
Η εξέλιξη των πειρατικών πλοίων έφερε τους Μυκονιάτες να διαθέτουν ακμαία ναυτιλία τις παραμονές της Ελληνικής Επανάστασης. Από τους πρώτους που επαναστάτησαν στα νησιά, προσέφεραν στον Αγώνα 22 πολεμικά πλοία με 130 πυροβόλα. Εντάχθηκαν στη μοίρα του Υδραίου Γιακουμάκη Τομπάζη.
Η Μύκονος των Μαυρογένηδων
Η Μύκονος ήταν ο τόπος αποκατάστασης του ονόματος των Μαυρογένηδων που έτυχε να συνδεθούν με το νησί από την εποχή της Άλωσης της Κωνσταντινούπολης. Η αριστοκρατική οικογένεια των Μαυρογένηδων καταγόταν από το Βυζάντιο. Μετά την Άλωση της Κωνσταντινούπολης, τα μέλη της οικογένειας έφυγαν για την Πελοπόννησο, την Πάρο και τη Μύκονο.
Στα χρόνια της Τουρκοκρατίας βρήκαν τρόπο να προσεγγίσουν τους σουλτάνους και να τους υπηρετήσουν με το αζημίωτο. Γύρισαν στο Φανάρι. Ο Νικόλαος Μαυρογένης έγινε ηγεμόνας της Βλαχίας και της Μολδαβίας και αντιστράτηγος των Τούρκων στον πόλεμο κατά των Ρώσων. Ήταν μισητός στους Έλληνες αλλά αυτό δεν τον εμπόδισε τον σουλτάνο να τον αποκεφαλίσει (1790), όταν νικήθηκε.
Ο Στέφανος Μαυρογένης ήταν μεγάλος λογοθέτης και διερμηνέας του τουρκικού στόλου, στα 1821, όταν ξέσπασε η Ελληνική Επανάσταση. Αποκεφαλίστηκε στις διώξεις. Ο Σπυρίδων Μαυρογένης ήταν, ως το 1902, προσωπικός γιατρός του σουλτάνου Αβδούλ Χαμίτ. Και ο γιος του Αλέξανδρος, το 1902, διορίστηκε από τους Τούρκους ηγεμόνας της Σάμου.
Δεν ήταν, όμως, όλοι οι Μαυρογένηδες προσκυνημένοι. Εγγονή του Στέφανου Μαυρογένη, η Μαντώ ζούσε στην Τεργέστη με τον πατέρα της Νικόλαο, όταν ξέσπασε η Επανάσταση. Πλούσια, νέα και όμορφη, δεν έπαυε να είναι φλογερή πατριώτισσα. Μάζεψε όσα χρήματα μπορούσε και έφυγε στη Μύκονο όπου ζούσαν οι συγγενείς της. Εξόπλισε δύο πλοία και συγκρότησε δικό της στρατιωτικό σώμα. Το νησί φλογιζόταν από τον ενθουσιασμό της.
Ο Καπουδάν πασάς ενοχλήθηκε ιδιαίτερα όταν έμαθε τι γινόταν. Όχι να ξεσηκώνουν τους ραγιάδες και οι γυναίκες. Έστειλε τον τουρκικό στρατό να πνίξει την επανάσταση στο νησί. Η τουρκική απόβαση στη Μύκονο έγινε στις 3 Οκτωβρίου του 1822. Πρώτοι βγήκαν στη στεριά 100 αλγερινοί πειρατές, ο φόβο και ο τρόμος των θαλασσών. Σάστισαν όταν είδαν μια γυναίκα με το γυμνό σπαθί στο χέρι να οδηγεί τους άνδρες εναντίον τους.
Η Μαντώ και οι δικοί της ρίχτηκαν πάνω τους με τόση ορμή, ώστε τους έριξαν στα νερά. Την ίδια τύχη είχαν κι όσοι Τούρκοι ακολούθησαν. Κάτω από τις ξέφρενες ιαχές των Ελλήνων, ο εχθρός έκρινε πως ήταν πιο φρόνιμο να αποχωρήσει. Η Μαντώ έγινε σύμβολο του Αγώνα. Η δημοσιότητα που δόθηκε ήταν ό,τι καλύτερο μπορούσε να περιμένει κάποιος, στην προσπάθεια να προωθηθεί η ελληνική υπόθεση. Για την ίδια τη Μαντώ, η απόβαση στη Μύκονο αποτελούσε μόνο την αρχή. Με τους άνδρες της, πέρασε στην ηπειρωτική Ελλάδα και συνέχισε να πολεμά όπου χρειαζόταν. Η απελευθέρωση τη βρήκε δοξασμένη και πάμφτωχη.
Ο Ιωάννης Καποδίστριας την εγκατέστησε στο Ναύπλιο και της απένειμε τον τίτλο της επίτιμης αντιστρατήγου. Το σπίτι της βρισκόταν κοντά στο σπίτι του Δημητρίου Υψηλάντη. Ένα ειδύλλιο αναπτύχθηκε ανάμεσα τους αλλά δεν κράτησε πολύ, λόγω ψευδών φημών από μέρους πολιτικών αντιπάλων του Δημητρίου Υψηλάντη.
Ο Καποδίστριας δολοφονήθηκε και η Μαντώ εξορίστηκε στη Μύκονο, το 1832. Έζησε στην Πάρο ως το 1848. Πολλοί συγγενείς της συνέχισαν να πλουτίζουν υπηρετώντας τους σουλτάνους.