Μετά τη Σαλαμίνα οι Έλληνες άργησαν πολύ να αναλάβουν την πρωτοβουλία νέων επιχειρήσεων στη θάλασσα και αυτό οφείλεται στην διαφωνία για την αποδοχή ενός κοινού σχεδίου επιχειρήσεων, ιδιαίτερα στην ξηρά. Τελικά την λύση έδωσαν οι Ίωνες και οι Έλληνες αντιμετώπισαν τους Πέρσες στο ακρωτήριο της Μυκάλης, όπου διεξήχθη η μάχη της Μυκάλης.
Το 479π.Χ. πρεσβεία από τη Σάμο, με αρχηγό τον Ηγησίστρατο (που το όνομά του σημαίνει τον αρχηγό του στρατού και ο Λεωτυχίδης το μεταχειρίσθηκε σαν καλό οιωνό για να αναλάβει την επιχείρηση), ήρθε στη Δήλο, όπου ο ελληνικός στόλος είχε πλέον τη βάση του, και παρουσιάστηκε στους αρχηγούς των Ελλήνων, τον βασιλιά της Σπάρτης Λεωτυχίδη και τον Αθηναίο στρατηγό Ξάθιππο, και ανακοίνωσε ότι οι Ίωνες ήταν έτοιμοι να αποτινάξουν τον περσικό ζυγό και ότι ζητούσαν τη βοήθεια του ελληνικού στόλου.
Ο Πέρσης στρατηγός Τιγράνης που στρατοπέδευσε στο ακρωτήριο της Μυκάλης απέναντι από τη Σάμο, διέθετε περιορισμένες δυνάμεις. Σε αυτές περιλαμβάνονταν και Ίωνες που η νομιμοφροσύνη τους ήταν αμφίβολη. Έτσι οι Πέρσες τους απομάκρυναν από το στρατόπεδο ή τους αφόπλισαν πριν τη μάχη. Οι Πέρσες βρίσκονταν σε αδυναμία όταν ο ελληνικός στόλος κατευθύνθηκε προς τη Σάμο. Γι΄αυτό εγκατέλειψαν τη Σάμο και έπλευσαν προς τη Μυκάλη, έσυραν τα πλοία τους στην ακτή και ένωσαν τις δυνάμεις τους με τον στρατό του Τιγράνη. Εκεί οχύρωσαν το στρατόπεδό τους με ξύλινο τείχος που θυμίζει το τείχος του Μαρδόνιου κοντά στη Θήβα, κατά τη μάχη των Πλαταιών.
Αλλά οι Έλληνες δεν παραιτήθηκαν από τα σχέδιά τους και χτύπησαν τον εχθρό στο κρυσφήγετό του. Ο ελληνικός στόλος έπλευσε στη Μυκάλη και αποβίβασε χωρίς εμπόδιο 5.000-6.000 πεζοναύτες, καλώντας τους Ίωνες να εγκαταλείψουν τους κυρίους τους και να ενωθούν μαζί τους. Οι Πέρσες παρατάχθηκαν μπροστά από το στρατόπεδό τους. Το βουνό τους προστάτευε από τα ανατολικά. Ήταν ήδη μεσημέρι όταν αποβιβάστηκαν οι Έλληνες λίγο ανατολικά από το εχθρικό στρατόπεδο. Την αριστερή πτέρυγα αποτελούσαν οι Αθηναίοι, το κέντρο οι Κορίνθιοι, οι Σικυώνιοι και οι Τριζήνιοι, τη δεξιά πτέρυγα οι Σπαρτιάτες. Αθηναίοι, Κορίνθιοι, Σικυώνιοι και Τριζήνιοι προχώρησαν κατά μήκος της ακτής σε ομαλό πεδίο, ενώ οι Σπαρτιάτες από κάποια χαράδρα και από τα βουνά για να περικυκλώσουν τον εχθρό.
Τα στρατεύματα της αριστερής πτέρυγας και του κέντρου επιτέθηκαν πρώτα εναντίον του εχθρού. Οι Πέρσες σχημάτισαν ένα τείχος με τις ξύλινες ασπίδες τους και πολέμησαν πίσω από αυτό. Ο αγώνας συνεχίστηκε τραχύς ακόμη και όταν οι Έλληνες ανέτρεψαν το τείχος των ασπίδων. Τέλος, οι Πέρσες κατέφυγαν στο οχυρωμένο στρατόπεδό τους, μέσα στο οποίο εφορμούσαν συγχρόνως και οι Έλληνες. Αλλά οι Πέρσες είχαν να αντιμετωπίσουν εκεί και τους Ίωνες, που μόλις αντιλήφθηκαν την περσική ήττα, επαναστάτησαν με αρχηγούς του αφοπλισμένους Σάμιους. Έτσι ο εχθρός έπαυσε την αντίσταση μέσα στο ίδιο το στρατόπεδο και ζήτησε καταφύγιο στο βουνό. Μόνο τα καθαυτό περσικά τμήματα του στρατού αγωνίζονταν ακόμη σε μικρές ομάδες με τους Έλληνες, που όλο και περισσότεροι εισχωρούσαν στο στρατόπεδο.
Η άφιξη των Σπαρτιατών έθεσε τέρμα στη μάχη. Ο κύριος όγκος του βαρβαρικού στρατού προσπάθησε να διαφύγει από τα στενά προς την κατεύθυνση της Εφέσου, αλλά οι Μιλήσιοι, που είχαν τοποθετηθεί από τους Πέρσες να φρουρούν τις ορεινές διαβάσεις, στασίασαν και βοήθησαν στην εξόντωση των φυγάδων. Κατά τον Ηρόδοτο, οι Έλληνες πριν επιστρέψουν στη Σάμο πυρπόλησαν τα περσικά πλοία που βρήκαν τραβηγμένα στην ακτή.
Συνέπειες της μάχης της Μυκάλης
Η μάχη της Μυκάλης και η νίκη των Ελλήνων έδωσε το σύνθημα της γενικής εξέγερσης των Ιώνων που ήθελαν να αποτινάξουν τον περσικό ζυγό. Οι τύραννοι και οι περσικές φρουρές εκδιώχθηκαν από παντού. Οι Ίωνες ζήτησαν να γίνουν μέλης της Ελληνικής Συμμαχίας για να αποφύγουν την εκδίκηση των Περσών. Οι Σπαρτιάτες όμως δεν έκριναν ότι οι δυνάμεις των Ελλήνων ήταν σε θέση να προστατεύσουν την ανεξαρτησία των ιωνικών πόλεων και αρνήθηκαν να αναλάβουν μόνιμες υποχρεώσεις απέναντι στην Μκρά Ασία.
Ίσως οι Έλληνες, παρ’ όλες τις νίκες στην Σαλαμίνα, τις Πλαταιές και στη Μυκάλη, να μην είχαν συνείδηση της δύναμης τους και της περσικής αδυναμίας. Λίγο αργότερα, όταν η Αθήνα ανέλαβε την προστασία των ιωνικών πόλεων και τον επιθετικό πόλεμο εναντίον των Περσών αποδείχθηκε ανίκανη να νικήσει αποφασιστικά τους Πέρσες στην ξηρά, αλλά αυτό βέβαια δεν προδικάζει ότι θα συνέβαινε το ίδιο, αν τον πόλεμο εναντίον των Περσών διεξήγαγαν μαζί η Σπάρτη και η Αθήνα.
Κατά τον Ηρόδοτο, οι Σπαρτιάτες αντιπρότειναν ένα σχέδιο πρακτικά ανεφάρμοστο: να μεταναστεύσουν οι Ίωνες στην κυρίως Ελλάδα και να εγκατασταθούν στις πόλεις που είχαν μηδίσει. Είναι πολύ αμφίβολο αν οι Σπαρτιάτες έκαναν αυτή την πρόταση. Μια τέτοια πρόταση θα μπορούσε να γίνει δεκτή μόνο κάτω από τον άμεσο κίνδυνο του εξανδραποδισμού του μικρασιατικού Ελληνισμού.
Όπως και να έχει, δεν αντιμετωπίστηκε σοβαρά ούτε η εισδοχή των Ιώνων στην συμμαχία ούτε η μετανάστευσή τους στην κυρίως Ελλάδα. Οι Έλληνες δέχθηκαν στη συμμαχία τους μόνο τη Λέσβο, τη Χίο και τη Σάμο. Η ίδια η ΑΘήνα όμως άρχισε από τότε να συνάπτει ιδιαίτερες συμμαχίες με τις πόλεις της Ιωνίας και του Ελλησπόντου και να ετοιμάζει έτσι την πρώτη Αθηναϊκή Συμμαχία.
Αμέσως μετά τη Μυκάλη, οι Έλληνες αποφάσισαν να καταστρέψουν τις γέφυρες στη Σηστό, για να εμποδίσουν την επιστροφή των υπολειμμάτων του στρατού του Μαρδόνιου στην Ασία και για να υποστηρίξουν την επανάσταση των πόλεων του Ελλησπόντου. Όταν όμως έφτασαν τα ελληνικά πλοία στην Άβυδο, βρήκαν τις γέφυρες κατεστραμμένες από τρικυμία.
Το φθινόπωρο πλησίαζε και οι Έλληνες επιθυμούσαν να επιστρέψουν στις πόλεις τους. Έτσι τα πλοία των περισσοτέρων πόλεων γύρισαν στην Αίγινα. Μόνο οι Αθηναίοι με αρχηγό τον Ξάνθιππο, αποφάσισαν να παραμείνουν για να επιχειρήσουν την κατάληψη της Χερσονήσου,. Πέρασαν από την Άβυδο στην Σηστό και την πολιόρκησαν.
Η κατάληψη της Σηστού από τους Αθηναίους έγινε ύστερα από πολύμηνη πολιορκία. Τελικά η περσική φρουρά πέτυχε να διαφύγει με έξοδο, αλλά εξοντώθηκε στους Αιγός ποταμούς. Η κατάληψη της Σηστού εξασφάλισε την είσοδο του Βόσπορου, τον έλεγχο των Στενών και συνεπώς τον ανεφοδιασμό της Αθήνας με σιτηρά από την Ταυρική Χερσόνησο (Κριμαία). Η Σηστός αποτέλεσε τον πρώτο σταθμό για την αθηναϊκή ναυτική αυτοκρατορία.
Από τη στάση της Σπάρτης και της Αθήνας έπειτα από τη μάχη της Μυκάλης γίνεται φανερό ότι η πολιτική των δύο πόλεων διαφοροποιείται. Ενώ οι Σπαρτιάτες περιορίζονται στην ενίσχυση της θέσης τους στην Πελοπόννησο και στην Κεντρική Ελλάδα, οι Αθηναίοι συλλαμβάνουν μια ευρύτερη πολιτική. Στην απόφαση του Ξάνθιπου να πολιορκήσει μόνος τη Σηστό, υπάρχει ο πυρήνας της Αθηναϊκής εξωτερικής πολιτικής κατά την Πεντηκονταετία, της πολιτικής δηλαδή που έμελλε να εφαρμόσει ο γιος του Περικλής.
Η πολιτική αυτή είχε ως στόχους την προστασία του Ελληνισμού του Ελλησπόντου και της Μικράς Ασίας, τη δημιουργία της πρώτης Αθηναϊκής συμμαχίας και τον επιθετικό πόλεμο εναντίον των Περσών. Παράλληλα ο διαχωρισμός των Αθηναίων και των Σπαρτιατών μπροστά από τα τείχη της Σηστού συμβόλιζε και προοιώνιζε τον ανταγωνισμό ανάμεσα στις δύο πόλεις, που θα κατέληγε στον Πελοποννησιακό πόλεμο. Ενώ για τους Σπαρτιάτες η Μυκάλη ήταν το τέλος του εθνικού αμυντικού πολέμου, για τους Αθηναίους η Σηστός ήταν η απαρχή του αθηναϊκού επεκτατισμού.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους