Μετά την υποταγή της κυρίως Ελλάδας στους Ρωμαίους, η Κρήτη ήταν φυσικό να βρεθεί στο κέντρο του ενδιαφέροντος της ρωμαϊκής πολιτικής στην ανατολική Μεσόγειο. Η κατάληψη και η κατοχή της Κρήτης θα παρείχε στη Ρώμη την μοναδική δυνατότητα να ελέγχει τους θαλάσσιους δρόμους, να περιορίζει τη δράση των πειρατών και να προστατεύει αποτελεσματικά το θαλάσσιο εμπόριο.
Η Ρώμη ανέθεσε τον ύπατο Κόιντο Καικίλιο Μέτελλο να υποτάξει την Κρήτη. Η επιχείρηση άρχισε το 69π.Χ. και με την απόβαση ρωμαϊκών λεγεώνων στη δυτική Κρήτη. Η πρώτη σοβαρή αναμέτρηση έγινε στην Κυδωνία όπου είχε οργανωθεί η κρητική άμυνα. Οι Κρήτες αναγκάστηκαν να υποχωρήσουν. Ο αγώνας προσλαμβάνει στη συνέχεια τη μορφή πολέμου εκπόρθησης φρουρίων καθώς οι Ρωμαίοι κινούνται προς την ανατολική Κρήτη και είναι υποχρεωμένοι να εκκαθαρίζουν όλες τις εστίες της κρητικής άμυνας. Η Ελεύθερνα, η Λάππα και η Λύκτος επέδειξαν πραγματική ανδρεία κατά τη διάρκεια της άμυνας τους.
Εκεί όμως που κρίθηκε ο πόλεμος ήταν στην περιοχή της Κνωσού. Ο στρατηγός Λασθένης οχυρώθηκε στη γενέτειρα πόλη και οργάνωσε την άμυνα της. Η πόλη υπεράσπισε την ελευθερία της με απαράμιλλη γενναιότητα, αλλά δεν κατόρθωσε να υπομείνει την τρομερή πίεση των ρωμαϊκών λεγεώνων. Όταν πια χάθηκε κάθε ελπίδα ο στρατηγός των Κρητών συγκέντρωσε στο σπίτι του όλους τους θησαυρούς της πόλης και τους κατέκαυσε για να μην πέσουν στα χέρια των κατακτητών. Μετά υποχώρησε από την πόλη με τους άνδρες του προς την Ιεράπυτνα.
Η κατάληψη της Κνωσού το 67π.Χ. σήμανε και τη οριστική υποταγή της Κρήτης. Ο Κόιντος Καικίλιος Μέτελλος έλαβε την προσωνυμία «Κρητικός» και τέλεσε στη Ρώμη μεγαλοπρεπή θρίαμβο, όπως συνήθιζαν οι Ρωμαίοι νικητές. Οι Κρήτες υποδουλώνονται για πρώτη φορά και ακολουθούν την τύχη των άλλων Ελλήνων.
Με την υποταγή της στους Ρωμαίους η Κρήτη εκμηδενίστηκε ουσιαστικά ως πολιτική και στρατιωτική δύναμη. Τα μεγάλα κέντρα της καταστράφηκαν και οι συμμαχίες εσωτερικές και εξωτερικές διαλύθηκαν. Παράλληλα, σταμάτησαν και οι εμφύλιοι πόλεμοι. Οι πόλεις μπαίνουν σε νέους ρυθμούς ζωής.
Οι Ρωμαίοι δεν επιχείρησαν τον εκλατινισμό του νησιού, κάτι που από τη φύση της χώρας και από το χαρακτήρα των κατοίκων θα ήταν και ανέφικτο. Έτσι δεν παρατηρούνται πληθυσμιακές αλλοιώσεις. Ο πληθυσμός της Κρήτης παραμένει αμιγώς ελληνικός με σχετικά υψηλό πολιτιστικό επίπεδο, καθώς ελληνική παραμένει και η γλώσσα των κατοίκων.
Οι Κρητικοί πέρα από την αρχική αντίσταση δεν εξέφρασαν κάποια άλλη εναντίωση στους Ρωμαίους. Έτσι δεν χρειάστηκε να εγκατασταθεί στο νησί στρατιωτική δύναμη. Η κυριαρχία των Ρωμαίων περιορίστηκε στην πολιτική διοίκηση και οικονομική εκμετάλλευση του νησιού. Μόνο κατά τη διάρκεια των εμφυλίων πολέμων στη Ρώμη παρουσιάστηκαν κάποιες ταραχές στην Κρήτη. Οι κρητικές πόλεις όμως διχάστηκαν και ο Οκταβιανός μετά τη νίκη του στο Άκτιο (31π.Χ.) τιμώρησε τις πόλεις (Κνωσός κ.α.) που του εναντιώθηκαν, ενώ σε όσες (Κυδωνία, Λάππα) τον υποστήριξαν έδωσε προνόμια.
Με την πάροδο του χρόνου η Κρήτη φαίνεται να μην είναι πια το κέντρο του ενδιαφέροντος της Ρώμης. Φαίνεται να είναι νησί απομακρυσμένο, όπου η Ρώμη μπορούσε να στέλνει τους ανεπιθύμητους πολιτικούς και στρατιωτικούς αρχηγούς. Όχι σπάνια χρησιμοποιήθηκε ως τόπος εξορίας πολιτικών και στρατιωτικών.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών