Η εκπαιδευτική πολιτική του Καποδίστρια εντάσσεται στο ευρύτερο κυβερνητικό έργο και είχε μακροπρόθεσμους σκοπούς και στόχους. Αντανακλά τη νέα κοινωνική δομή και το νέο πολιτικό σύστημα που επιδίωκε για την Ελλάδα ο Κυβερνήτης. Η παροχή ίσων ευκαιριών μόρφωσης σε όλους ανεξαιρέτως τους πολίτες θα οδηγούσε σταδιακά στην πολιτική ωριμότητα και χειραφέτηση τους.
Η εκπαιδευτική πολιτική του Κυβερνήτη
Το περιεχόμενο της διδασκαλίας προσανατολίστηκε προς την ελληνοχριστιανική παράδοση, όπως τουλάχιστον διαπιστώνεται από το πρόγραμμα μαθημάτων και τις οδηγίες του ίδιου του Καποδίστρια και των συνεργατών του προς τους δασκάλους.
Δόθηκε ιδιαίτερη βαρύτητα στην εθνική διαπαιδαγώγηση, στην ενίσχυση, δηλαδή, της εθνικής συνείδησης και ταυτότητας, στη δημιουργία εθνικών πολιτών, μελών εθνικού κράτους και τονίστηκε η σύζευξη θρησκείας και Παιδείας για την ανόρθωση των πολιτών. Δεν είναι τυχαίο ότι η ευθύνη των εκκλησιαστικών και εκπαιδευτικών θεμάτων ανατέθηκε στο ίδιο υπουργείο, την «επί των Εκκλησιαστικών και της Δημοσίου Εκπαιδεύσεως Γραμματείαν», μια συνύπαρξη που συνεχίζεται μέχρι σήμερα, δείχνοντας τη σημασία θρησκείας και παιδείας στη νεοελληνική συνείδηση.
Μετά την Ελληνική Επανάσταση έφτασαν από τη Δύση στην Ελλάδα οι λεγόμενοι μισιονάριοι, οι οποίοι πρόθεση είχαν να βοηθήσουν την παιδεία των Ελλήνων. Ο Καποδίστριας κράτησε επιφυλακτική στάση απέναντι τους και αυτό συνίσταται στην καχυποψία του Κυβερνήτη ως προς τα πραγματικά τους κίνητρα και τους σκοπούς τους. Αδιαμφισβήτητα η συμβολή των μισιοναρίων στην εκπαίδευση των ελληνόπουλων, ιδίως τον κοριτσιών ήταν σημαντική. Η έλλειψη των οικονομικών πόρων συνδυασμένη με την αγάπη των Ελλήνων για την Παιδεία διευκόλυνε το έργο των ιεραποστόλων, οι οποίοι έρχονταν αυτόκλητοι να καλύψουν τις ελλείψεις που παρουσίαζε η κρατική παιδεία. Η στάση του Κυβερνήτη ήταν ανεκτική απέναντι τους λόγω της ισχνότητας των κρατικών οικονομικών πόρων και της ωφέλειας που θα μπορούσε να προέλθει από την εκπαιδευτική και εκδοτική δραστηριότητα των ιεραποστόλων. Η δράση τους αναπτύχθηκε κυρίως στις Κυκλάδες και την Αθήνα, όπου ίδρυσαν σχολεία και έδωσαν έμφαση στη μόρφωση των κοριτσιών.
Κατά το σύντομο διάστημα της διακυβέρνησης του ο Καποδίστριας φρόντισε για την ίδρυση σχολείων στοιχειώδους εκπαίδευσης σε όλες τις επαρχίες του κράτους και εισήγαγε ομοιόμορφο σύστημα διδασκαλίας, την αλληλοδιδακτική μέθοδο. Επίσης, μερίμνησε για την ίδρυση και λειτουργία σχολείων μέσης βαθμίδας εκπαίδευσης, των λεγόμενων ελληνικών σχολείων, τα οποία λειτουργούσαν σχεδόν σε κάθε επαρχία, ενώ έδωσε βαρύτητα και στην επαγγελματική εκπαίδευση. Σε εύθετο χρόνο προβλεπόταν η ίδρυση πανεπιστημίου, όταν όμως θα υπήρχαν οι απαραίτητοι οικονομικοί πόροι αλλά και οι υποψήφιοι φοιτητές. Στην Αίγινα ίδρυσε το Ορφανοτροφείο Αρρένων, όπου λειτουργούσαν και επαγγελματικά εργαστήρια με σκοπό την εκμάθηση κάποιας βιοποριστικής τέχνης παράλληλα με την απόκτηση γραμματικών γνώσεων. Πρότυπο Σχολείο για την μόρφωση και επιμόρφωση των αλληλοδιδασκάλων, Κεντρικό Σχολείο για τη μόρφωση των δασκάλων των προτύπων ή ελληνικών σχολείων. Επίσης, δημιουργήθηκαν Πρότυπο Αγροκήπιο στην Τίρυνθα για τη διδασκαλία των σύγχρονων τρόπων γεωργικής καλλιέργειας και κτηνοτροφίας, Στρατιωτική Σχολή στο Ναύπλιο, Εκκλησιαστικό Σχολείο στη μονή Ζωοδόχου Πηγής στον Πόρο για την εκπαίδευση των μελλοντικών κληρικών. Στην Ερμούπολη η προσπάθεια των εμπόρων της πόλης για ίδρυση εμπορικού σχολείου βρήκε υποστηρικτή τον Κυβερνήτη.
Πολύ σημαντική υπήρξε η φροντίδα του για τα παιδιά των αγωνιστών της Επανάστασης, στέλνοντας τα στα σχολεία της Ευρώπης, ως ελάχιστο δείγμα αναγνώρισης της προσφοράς των πατέρων τους προς το έθνος. Διατηρούσε, μάλιστα, αλληλογραφία μαζί τους και ζητούσε από τους συνεργάτες του διαρκή ενημέρωση.
Στο ενδιαφέρον του Καποδίστρια για την παιδεία εντάσσεται και έκδοση του φιλολογικού περιοδικού «Η Αιγιναία», η ίδρυση στην Αίγινα Εθνικής Τυπογραφίας, Εθνικού Μουσείου για την περισυλλογή αρχαιοτήτων και Βιβλιοθήκης, όπου συγκεντρώνονταν βιβλία προερχόμενα από δωρεές Ελλήνων του εξωτερικού, καθώς και αυτών που εξέδιδε το Εθνικό Τυπογραφείο. Στα ιδρύματα αυτά υπεύθυνος ήταν ο Ανδρέας Μουστοξύδης.
Τους οικονομικούς πόρους για την αντιμετώπιση των εξόδων συντήρησης των σχολείων ο Κυβερνήτης προσπάθησε να εξασφαλίσει με το θεσμό των προαιρετικών συνεισφορών, την αξιοποίηση της μοναστικής και εκκλησιαστικής περιουσίας, των επιτόπιων πόρων και των κληροδοτημάτων του εξωτερικού. Τα μέτρα αυτά, όμως, δεν είχαν καθολική επιτυχία. Ιδιαίτερα στο θέμα της συντήρησης των σχολείων από τα εισοδήματα των μονών και εκκλησιών, τα οποία ήταν μεγάλα, δεν υπήρξε το ποθούμενο αποτέλεσμα. Στις περιπτώσεις προαιρετικών συνεισφορών πολλές μονές και ναοί ανταποκρίθηκαν πρόθυμα και σε ορισμένες περιπτώσεις ορισμένα σχολεία συντηρήθηκαν από αυτά τα εισοδήματα. Ο φόβος όμως της Εκκλησίας ότι οι εθελοντικές συνεισφορές τους μετατραπούν σε υποχρεωτική φορολογία της περιουσίας της ανέστειλε κάθε προσπάθεια. Εκτός από τους οικονομικούς λόγους, η στάση αυτή της Εκκλησίας θα μπορούσε να αποδοθεί και σε ιδεολογικούς, εφόσον δεν είχε πλέον τον πρώτο λόγο στα εκπαιδευτικά θέματα. Ο Καποδίστριας από την πλευρά του έδειξε σχετική ελαστικότητα και επιδίωξε την προαιρετική συνεισφορά τους. Ίσως δεν αισθανόταν ακόμη έτοιμος να αντιμετωπίσει σθεναρά αυτό το κατεστημένο και να δημιουργήσει ένα επιπλέον μέτωπο. Ίσως λόγω του έντονου θρησκευτικού του συναισθήματος ήλπιζε στην εθελοντική συνεισφορά της Εκκλησίας.
Σοβαρές αντιξοότητες για την εύρυθμη λειτουργία των σχολείων αποτελούσαν η ελλιπής υλικοτεχνική υποδομή τους, η ανεπάρκεια διδακτικών βιβλίων και εποπτικών μέσων διδασκαλίας, η έλλειψη καταρτισμένου διδακτικού προσωπικού, προβλήματα αναμενόμενα βεβαίως λόγω των δύσκολων συνθηκών της εποχής. Ανάλογα όμως πάντα με τις αντικειμενικές αυτές δυσκολίες, το εκπαιδευτικό έργο του Κυβερνήτη υπήρξε σημαντικό.