Τα υπομυκηναϊκά χρόνια και ολόκληρη η λεγόμενη πρωτογεωμετρική και γεωμετρική εποχή με τη δωρική εισβολή και τις αλλεπάλληλες εσωτερικές μετακινήσεις και παράλληλα με τον αποικισμό και τη γνωριμία των Ελλήνων με τους μικρασιατικούς λαούς, υπήρξαν περίοδος χάους για την ελληνική θρησκεία: δοξασίες και λατρείες της Ανατολής διασταυρώθηκαν με εγχώριες και βόρειες, ενώ παράλληλα ένα πλήθος τοπικών λατρειών των μετακινούμενων ελληνικών φύλων άρχισε να ανακατεύεται σε ένα μεγάλο χωνευτήρι.
Παρά τη σύγχυση που κυριαρχούσε κατά τις μετακινήσεις, οι τοπικές λατρείες αποτελούσαν την ουσία της ελληνικής θρησκείας και παρέμειναν μάλιστα ως το τέλος της αρχαιότητας στο κέντρο της θρησκευτικής ζωής των Ελλήνων. Αυτές οι τοπικές λατρείες και όχι η επίσημη θρησκεία εφείλκυαν την ευλάβεια του λαού και την αυθόρμητη θρησκευτική συγκίνηση. Κάθε πόλη είχε τις δικές της λατείες και εορτές, όπως είχαν διαμορφωθεί από την παράδοση. Πολλές ξεπέρασαν τα όρια της πόλης για να εξελιχθούν σε πανελλήνιες λατρείες. Οι περισσότερες ωστόσο διατήρησαν τον τοπικό τους χαρακτήρα.
Επειδή στα ιστορικά χρόνια κάθε πόλη φρόντιζε να ταυτίζει τους τοπικούς θεούς της με τους ολύμπιους, γιατί αυτό μεγάλωνε το κύρος τους, πολλοί τοπικοί θεοί και ήρωες εξαφανίσθηκαν κάτω από τα ονόματα των επίσημων θεών. Οι περισσότεροι όμως επεέζησαν ως προσωνύμια των θεών αυτών.
Ο αριθμός των γνωστών τοπικών θεοτήτων είναι πολύ μεγάλος. Στην Αρκαδία π.χ. λατρευόταν η Δέσποινα, μια μεγάλη θεά με ιερό και μυστηριακές τελετές στη Λυκόσουρα. Ο Παυσανίας γράφει ότι το όνομα Δέσποινα ήταν προσηγορικό, όπως το όνομα Κόρη, της οποίας το κύριο όνομα είναι Περσεφόνη. Το κύριο όνομα της αρκαδικής Δέσποινας γινόταν γνωστό μόνο στους μυημένους στα μυστήριά της. Ο Παυσανίας το ήξερε, αλλά φοβόταν να το κοινολογήσει.
Στην Σπάρτη υπήρχε από την αρχή των ιστορικών χρόνων ιερό της θεάς Ορθίας. Φαίνεται πως ήταν προστάτρια των παιδών και γι’ αυτό πολύ κοντά στο ιερό της λατρευόταν η προστάτρια του τοκετού Ειλείθυια. Η Ορθία ταυτίστηκε με την Άρτεμι. Η θεά Αλέα της Τεγέας που ταυτίστηκε με την Αθηνά ήταν αρχικά «προστάτρια» θεά ή θεά που εξασφάλιζε την απαραίτητη θερμότητα και έδιωχνε την παγωνιά του χειμώνα ώστε να ευοδωθεί η βλάστηση.
Στην Επίδαυρο λατρευόταν πριν από τον Ασκληπιό ο θεός Μαλεάτας. Θεραπευτής θεός σαν τον Ασκληπιό, ο Μαλεάτας ταυτίστηκε αργότερα με τον Απόλλωνα. Όπως ο Ασκληπιός παραμέρισε στην Επίδαυρο τον Μαλεάτα, έτσι και ο εξίσου φημισμένος θεραπευτής θεός του Ωρωπού Αμφιάραος παραμέρισε έναν Ραμνούσιο θεραπευτή ήρωα, τον Αριστόμαχο. Το τέμενος του Αριστόμαχου στον Ραμνούντα έγινε πρώτα κοινό τέμενος του Αριστόμαχου και του Αμφιάραου και έπειτα αποκλειστικά του Αμφιάραου.
Η Ιφιγένεια φαίνεται ότι στην αρχή ήταν σημαντική θεά του τοκετού, όπως η Ειλείθυια. Στην αρχαϊκή Αίγειρα υπήρχε ναός της θεάς Ιφιγένειας με αρχαιότροπο άγαλμα της. Όταν η Ιφιγένεια ταυτίστηκε με την Άρτεμι (και έγινε Άρτεμις Ιφιγένεια), ο ναός θεωρήθηκε της Αρτέμιδος. Με την Άρτεμι ή την Εκάτη ταυτιζόταν και η μεγάλη θεσσαλική θεά Φερραία (η λατρεία της ξεκίνησε από τις Φερές της Θεσσαλιώτιδας), που ονομαζόταν επίσης και Ενοδεία. Την παρίσταναν έφιππη ή πεζή με δάδα σε κάθε χέρι. Στη νότια Έλλαδα, όπου μεταδόθηκε η λατρεία της, ήταν γνωστή ως Άρτεμι Φεραία.
Με την Άρτεμι επίσης συνήθιζαν να ταυτίζουν και την τοπική τους θεά Ευρυνόμη οι Φιγαλείς της Αρκαδίας. Πολλοί όμως στην αρχαιότητα πίστευαν ότι ταυτισμός αυτός ήταν ατυχής. Η Ευρυνόμη ήταν μάλλον δαιμονική ύπαρξη του Κάτω Κόσμου, όπως και ο θεός Ευρύνομος. Αντίθετα ο ταυτισμός της αιτωλικής θεάς Λαφρίας με την Άρτεμι φαίνεται επιτυχής. Η λατρεία της Λαφρίας είχε διαδοθεί στην Πάτρα, από όπου είναι γνωστή η εορτή της Λάφρια. Η θεά ήταν μεγάλη προστάτρια των ζώων καθώς και των καρπών γενικά.
Μεγάλη διάδοση έχει η λατρεία των Νυμφών: ο κατ’ εξοχήν τόπος λατρείας των Νυμφών ήταν η Αρκαδία. Μία Αγεμώ ή Ηγεμόνη ταυτίστηκε με την Άρτεμι. Οι Χάριτες είχαν την πιο φημισμένη λατρεία στον Ορχομενό ως θεότητες της βλάστησης. Ένας σημαντικός θεός ή δαίμονας των Ηλείων ονομαζόταν Σωσίπολις, και είχε ναό στην Ολυμπία, όπου τον τιμούσαν μαζί με την Ειλείθυια. Ήταν πολύ σεβαστή θεότητα, αφού οι Ηλείοι τον επικαλούνταν ως προστάτη των όρκων.
Στη Θεσσαλία και τη Βοιωτία η πιο σεβαστή θεά ήταν η Ιτωνία. Υπάρχει ρητή μαρτυρία ότι την έφεραν οι Βοιωτοί από την Άρνη της Θεσσαλιώτιδας στην Καδμηίδα, που μετονομάστηκε Βοιωτία, όταν εγκαστάθηκαν εκεί λίγο πριν από το 1100π.Χ. Στα ιστορικά χρόνια στο Ιτώνειο της Βοιωτίας, κοντά στην Κορώνεια, συνέρχονταν οι αντιπρόσωποι του Κοινού των Βοιωτών. Εκεί γίνονταν και οι αγώνες Παμβοιώτια. Οι Θεσσαλοί εξάλλου που τιμούσαν την Ιτωνία ως εθνική τους θεά εόρταζαν τα Ιτώνια. Θεωρούσαν τη θεά προστάτριά τους στον πόλεμο (Ιτώνια στην κυριολεξία είναι η «επιθετική» ή «πρόμαχος θεά» έχει τη ρίζα -ιτ του ρήματος είμι. Η παρακέλευση «ίτε» έχει τη σημασία του «ορμάτε»). Οι παραστάσεις της έχουν τον τύπο της Αθηνάς προμάχου, με την οποία ταύτιζαν την Ιτώνια στα ιστορικά χρόνια.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους