Τα νησιά του Αιγαίου που είχαν μοιραστεί σύμφωνα με την partitio ανάμεσα στον Λατίνο αυτοκράτορα της Κωνσταντινούπολης (Λήμνος, Σκύρος, Λέσβος, Χίος, Σάμος, Κως, Σαμοθράκη και Τήνος) στους σταυροφόρους (Δωδεκάνησα, εκτός από τη Ρόδο, με το μεγαλύτερο μέρος των Κυκλάδων και Σποράδων) και στη Βενετία (Άνδρος, Αίγινα, Σαλαμίνα), δεν είχαν ακόμα κατακτηθεί και η ξένη κυριαρχία παρέμενε θεωρητική. Αλλά τόσο ο Ερρίκος όσο και η Βενετία απασχολημένοι με άλλες επιχειρήσεις δεν ήταν διατεθειμένοι να δικεδικήσουν με τα όπλα τα δικαιώματά τους στα νησιά του Αιγαίου. Πολλά όμως από τα νησιά είχαν μετατραπεί σε βάσεις πειρατών, οπότε επιτακτική ήταν η ανάγκη να εξασφαλισθούν οι θαλάσσιοι εμπορικοί δρόμοι που κινδύνευαν από την παρουσία τους. Το Δουκάτο του Αιγαίου ήταν απαραίτητο.
Κύριος εμψυχωτής της οργάνωσης της επιχείρησης που αποσκοπούσε στη κατάκτηση των νησιών του Αιγαίου ήταν ο Μάρκος Sanudo, αρχηγός των Βενετών στην επιχείρηση. Ο Sanudo ήταν εκείνος που πήρε τη μερίδα του λέοντος, Νάξο, Πάρο, Αντίπαρο, Μήλο, Ίο, Κύθνο, Σίφνο. Ο Sanudo όρισε ως πρωτεύουσα του κρατιδίου του τη Νάξο και κυβέρνησε 20 ολόκληρα χρόνια (1207-1227) τις κτήσεις του με τον τίτλο του Δούκα της Νάξου ή του Αρχιπελάγους.
Τα υπόλοιπα νησιά μοιράστηκαν ανάμεσα στους ευγενείς Βενετούς, οι οποίοι, είτε ως υποτελείς του Μάρκου Sanudo, που τους παραχώρησε τα φέουδα, είτε ως υποτελείς του Λατίνου αυτοκράτορα, του ηγεμόνα της Αχαΐας και των Ανδεγαυών, κυριάρχησαν με τους απογόνους τους συνδέοντας το όνομα τους με την τοπική ιστορία του κάθε νησιού. Ο Μαρίνος Dandolo στην Άνδρο, οι Ghisi στην Τήνο, Μύκονο, Σκύρο, Σκόπελο, Σκιάθο, Σέριφο, Κέα, Αμοργό και στην Εύβοια (ως τριτημόριοι), οι Querini στην Αστυπάλαια και Αμοργό, ο Ανδρέας Barozzi στη Σαντορίνη και Θηρασιά, ο Ανρέας Cornaro στην Κάρπαθο, ο Filocalo Navigaioso στη Λήμνο.
Μολονότι η οικογένεια Ghisi με την κυριαρχία της σε ένα τμήμα της Εύβοιας, καθώς και σε ένα νησιωτικό σύμπλεγμα των Σποράδων και Κυκλάδων, συνέδεσε στη διάρκεια της λατινοκρατίας, τις ιστορικές τύχες του Νεγρεπόντε και του δουκάτου του Αιγαίου. Το τεελυταίο είχε ανεξάρτητη κοινωνική και πολιτική εξέλιξη με κύριο χαρακτηριστικό γνώρσιμα την εγκαθίδρυση των φεουδαρχικών εθίμων της Δύσης. Με την παραχώρηση το 1207 της Άνδρου από τον Μάρκο Sanudo στον Μαρίνο Dandolo εγκαινιάστηκε ουσιαστικά η εφαρμογή των φουδραρχικών εθίμων στα νησιά του Αιγαίου.
Το νησί ανήκε σύμφωνα με την αρχή του κατακτητικού διακίο στον δούκα του Αρχιπελάγους, επομένως ο Dandolo έλαβε το φέουδο, αναγνωρίζοντας τα επικυριαρχικά δικαιώματα του πρώτου. Γενικά, οι νέοι κυρίαρχοι παραχώρησαν φέουδα έναντι στρατιωτικής και διοικητικής υπηρεσείας, ή επικυριαρχικού τέλους όχι μόνο στους Λατίνους αλλά και στους Έλληνες ενσωματώνοντας τους με αυτόν τον τρόπο στην ιεραρχία του φεουδαρχικού συστήματος. Έτσι στο δουκάτο του Αιαγίου δημιουργήθηκε μια νέα κοινωνική διαστρωμάτωση, καθώς απέκτησαν φέουδα και εισχώρησαν στις τάξεις των φεουδαρχών Έλληνες, που είχαν κατώτερη κοικωνική θέση.
Η συμμετοχή των αυτόχθονων στην οργανωμένη σύμφωνα με τις φεουδαρχικές συνήθειες κοινωνική ζωή των νησιών του Αιγαίου μαρτυρεί ότι οι Λατίνοι δούκες του Αρχιπελάγους εφάρμοσαν στις κτήσεις τους πολιτική συμφιλίωσης με τον πληθυσμό. Είναι χαρακτηριστικό το γεγονός ότι, όταν ο Μάρκος Sanudo έφυγε από την Κρήτη μετά τα γεγονότα της κρητικής επανάστασης του 1212, είκοσι Κρητικοί άρχοντες τον ακολούθησαν.
Ο ιδρυτής του δουκάτου του Αιγαίου έδειξε συνετή ανεξιθρησκεία. Εγκαταστάθηκε στη Νάξο όπου έχτισε φρούριο και ίδρυσε λατινική αρχιεπισκοπή που περιέλαβε τις επισκοπές Μήλου, Σαντορίνης, Τήνου και Σύρου. Οι καθολικοί, οι οποίοι συνέρρευσαν στα νησιά, εγκαταστάθηκαν στα διάφορα κάστρα, σε αντίθεση με τις συμπαγείς ομάδες του πληθυσμού πιστές στη πλειοψηφία τους στο ορθόδοξο δόγμα, που ήταν συγκεντρωμένες στον βούργο και στα χωριά. Η διαίρεση αυτή των νησιωτών σε καστρηνούς (ξένους και καθολικούς) και βουργιανούς (Έλληνες και ορθόδοξους) βασίστηκε στις κοινωνικές, εθνικές και θρησκευτικές διαφορές, που χώριζαν τους κατακτητές από τους Έλληνες και συντελούσαν στην συγκρότηση χωριστών κοινωνικών και θρησκευτικών ομάδων.
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους