Από την εποχή του Μεγάλου Κωνσταντίνου γίνεται προσπάθεια να αντικατασταθεί η αρχαία λατρεία των ειδώλων με τη λατρεία του αυτοκράτορα. Οι αρχαίοι ναοί βρίσκονται νομίμως στην κατοχή των ειδωλολατρών. Ο Κωνστάντιος Β’ αποσυνδέει τους αρχαίους ναούς από τη λατρεία και τους θεωρεί μνημεία που μαρτυρούν το ένδοξο παρελθόν. Το 356 διατάσσεται το κλείσιμο των αρχαίων ναών και απαγορεύεται η είσοδος σε αυτούς και η λατρεία. Το 400 επιτρέπεται η δημόσια χρήση των αρχαίων ναών. Έτσι η εκκλησία αρχίζει να χρησιμοποιεί αρχαίους ναούς. Ο εξαγνισμός των παγανιστικών μνημείων γίνεται με τη χάραξη του σημείου του σταυρού.
Η οικοδόμηση του ναού του Παναγίου Τάφου στα Ιεροσόλυμα είναι η πρώτη μετατροπή αρχαίου εθνικού χώρου σε χριστιανικό. Καταστράφηκε, με διαταγή του αυτοκράτορα Μεγάλου Κωνσταντίνου, το ιερό της Αφροδίτης προκειμένου να χτιστεί ο χριστιανικός ναός. Στον συροπαλιαστινιακό χώρο σημειώθηκαν πολλές καταστροφές παγανιστικών ιερών. Κάποιες φορές οικονομικοί λόγοι ανάγκαζαν τους χριστιανούς να μετατρέψουν έναν αρχαίο ναό σε εκκλησία και να μην τον εξαφανίσουν.
Στην Αθήνα αρχαίοι ναοί χρησιμοποιούνταν για την αρχαία λατρεία ως το 435, που ίσχυσε η απαγόρευση του Θεοδόσιου του Β’. Στην Αθήνα, παρά την επικράτηση του Χριστιανισμού, παρατηρείται ιδιαίτερος σεβασμός για τη διατήρηση των αρχαίων μνημείων. Η λατρεία θα εισέλθει στους αρχαίους ναούς τέλος του 5ου αιώνα.
Μόνο το Ασκληπιείο στα νότια της Ακρόπολης προς το τέλος του 5ου αιώνα καταστράφηκε, γιατί ο χώρος δεν προσφερόταν για μετατροπή σε εκκλησία. Πάνω στα ερείπια του Ασκληπιείου χτίστηκε μια τρίκλιτη βασιλική με νάρθηκα και αίθριο. Την αρχαία ιερά κρήνη την μετέτρεψαν πιθανώς σε βαπτιστήριο. Ο ναός αφιερώθηκε αρχικά στον Σωτήρα Χριστό κα αργότερα στους ιαματικούς Αγίους Αναργύρους. Πιθανόν να χρίστηκε μεταξύ 450 με 460.
Ο Παρθενώνας μετατρέπεται τον 5ο πιθανώς αιώνα σε τρίκλιτη βασιλική με ευρύχωρο νάρθηκα και υπερώα. Στη θέση της πύλης του αρχαίου ναού χτίστηκε αψίδα και στη βορειοδυτική γωνία του νάρθηκα βαπτιστήριο. Αφιερώθηκε στην Παρθένο Μαρία, την «Παναγία Αθηνιώτισσα», που αντικατέστησε τη λατρεία της Παρθένου Αθηνάς.
Το Ερέχθειο μετατράπηκε σε τρίκλιτη δρομική βασιλική με την προσθήκη εσωτερικά δύο κιονοστοιχιών και αψίδας ανατολικά. Δυτικά έχει νάρθηκα, ενώ η βόρεια πρόσταση μετατράπηκε σε αίθριο με φιάλη. Η μετατροπή πιθανών έγινε τον 6ο αιώνα. Τέλος, ο ναός του Ηφαίστου, το Θησείο, μετατράπηκε με την προσθήκη πεντάπλευρης αψίδας σε μονόκλιτη βασιλική με πτερύγια στα πλάγια του Βήματος. Αφιερώθηκε στον Άγιο Γεώργιο.