Οι Τούρκοι, μετά την κατάληψη της Σμύρνης, άρχισαν τη συγκέντρωση όλου του άρρενα πληθυσμού από 18 έως 45 ετών, όπως αναφερόταν στη σχετική διαταγή του Νουρεντίν. Στην πραγματικότητα όμως συλλαμβάνονταν και οι κάτω των 18 ή πάνω των 45. Μέσα σε λίγες ώρες συνελήφθησαν περίπου 4.000 άνδρες, ως αιχμάλωτοι πολέμοι, κλείστηκαν σε στρατώνες της Σμύρνης και οι περισσότεροι εξοντώθηκαν.
Η διαταγή του Νουρεντίν όριζε ως τελευταία μέρα την 17η Σεπτεμβρίου για την αναγκαστική αναχώρηση όλου του υπόλοιπου ελληνικού πληθυσμού. Κατά την επιβίβαση όμως των προσφύγων στα πλοία, οι Τούρκοι που έκαναν έλεγχο συνέλαβαν και πάμπολλους άλλους για να τους οδηγήσουν σε στρατόπεδα στο εσωτερικό. Πολλοί κατάφεραν να διαφύγουν μεταμφιεσμένοι, αλλά αυτοί ήταν οι εξαιρέσεις. Οι υπόλοιποι σχηματίζοντας μεγάλες φάλαγγες πήραν τον δρόμο για το εσωτερικό.
Υπολογίζεται ότι πάνω από 150.000 χριστιανοί από την Σμύρνη και τα περίχωρα οδηγήθηκαν σε στρατόπεδα. Τις πρώτες κιόλας μέρες του εκτοπισμού αναφέρεται ότι εξοντώθηκαν 3.000 Έλληνες κοντά στο προάστιο της Σμύρνης Μπουνάρμπασι, ενώ από μια άλλη φάλαγγα 5.000 αιχμαλώτων σκοτώθηκαν περίπου χίλιοι, στα ανατολικά του Μπορνόβα. Άλλοι τόσοι σκοτώθηκαν μόλις έφθασαν στη Μαγνησία. Οι εκτοπιζόμενοι είχαν χωριστεί σε τρεις ομάδες προς τον Κασαμπά, τη Μαγνησία και τη Φιλαδέλφεια, όπου από τους χίλιους περίπου που περιλάμβανε η ομάδα σκοτώθηκαν οι μισοί.
Τα ίδια συνέβησαν και σε άλλες πόλεις της Μικράς Ασίας. Ακόμη και γυναικόπαιδα εκτοπίστηκαν στην Κιουτάχεια, στο Ουσάκ, στο Εσκί Σεχίρ, στη Νικομήδεια και αλλού. Στο στρατόπεδο Ουσάκ οι Μικρασιάτες που είχαν καταταγεί στον ελληνικό στρατό φονεύθηκαν, ενώ πολλοί αυτοκτόνησαν. Από τους 8.000 ή και περισσότερους Έλληνες που συγκεντρώθηκαν εκεί, λιγότεροι από τους μισούς επέζησαν. Εκτός από τους φόνους, θερίζονταν από τις κακουχίες και την ασιτία, καθώς και από τις επιδημίες του εξανθηματικού τύφου και της εντερίτιδας.
Στρατόπεδα αιχμαλώτων σχηματίστηκαν και πολλές άλλες πόλεις του εσωτερικού. Στο Τάλας της Καισάρειας, στο χωριό Κουπλιά, στα περίχωρα της Νικομήδειας, όπου τους υποχρέωναν σε αγγαρείες, στον Αφιόν-Καραχισάρ, στην Άγκυρα και αλλού. Οι περιγραφές των αιχμαλώτων για τις απάνθρωπες συνθήκες που επικρατούσαν στα στρατόπεδα συμπίπτουν. Αντίθετα οι αριθμοί που αναφέρονται για το πόσοι σώθηκαν και επέστρεψαν αργότερα στην Ελλάδα ποικίλουν. Γεγονός πάντως παραμένει ότι μικρό μόνο μέρος από αυτούς επέζησε. Σύμφωνα με πηγές, μόνο 15.000 επέστρεψαν στην Ελλάδα.