Με το Πρωτόκολλο του Λονδίνου αρχίζει η αιγυπτιοκρατία στην Κρήτη. Το νησί παραχωρήθηκε στον αντιβασιλέα της Αιγύπτου, Μεχμέτ Αλή, ως αντάλλαγμα των υπηρεσιών που προσέφερε στον σουλτάνο κατά τη διάρκεια της Ελληνικής Επανάστασης στην Κρήτη και στην Πελοπόννησο. Έτσι η Κρήτη περνούσε σε μια νέα πορεία «εστιλβωμένης δουλείας».

Ο φιλόδοξος μονάρχης της Αιγύπτου κατανοούσε τη σημασία της κατοχής της Κρήτης και απέβλεπε από την αρχή στη μονιμοποίηση της εξουσίας του στο νησί. Για το λόγο αυτό ανέλαβε αμέσως σύντονα μέτρα για την εξασφάλιση της εσωτερικής γαλήνης.
Πολιτικό διοικητή της νήσου διόρισε τον Μουσταφά Ναϊλή πασά, που πήρε την προσωνυμία Γκιριτλής (Κρητικός) για τη μακροχρόνια παραμονή του στην διοίκηση της Κρήτης. Τη στρατιωτική διοίκηση ενέθεσε στον έμπιστο του Οσμάν Νουρ-Ελ-Ντιν μπέη.
Αιγυπτιακή διοίκης στην Κρήτη φόρεσε το προσωπείο της δικαιοσύνης και της αμεροληψίας και αντιμετώπισε φαινομενικά ισότιμα τους μουσουλμάνους και τους χριστιανούς. Με τη χορήγηση γενικής αμνηστίας κάλεσε όλους τους κατοίκους της Κρήτης να καταθέσουν τα όπλα και να ζήσουν στο εξής ειρηνικά.
Πολλοί μουσουλμάνοι τότε, που ήταν συνηθισμένοι στις βιαιοπραγίες, δεν μπορούσαν να υπακούσουν στις αυστηρές διαταγές του Μουσταφά πασά και δεν ανέχονταν την νέα πραγματικότητα, πούλησαν τα υπάρχοντα τους και να μετανάστευσαν στη Μικρά Ασία. Αλλά και πολλοί Κρητικοί, που αρνήθηκαν να παραδώσουν τα όπλα τους, εγκατέλειψαν την Κρήτη και εγκαταστάθηκαν σε περιοχές της υπόλοιπης Ελλάδας. Το Πατριαρχείο με συνοδική επιστολή (Ιανουάριος 1831) παρακαλεί τους Κρήτες να μην φεύγουν από την πατρίδα τους και βεβαιώνει ότι θα προστατεύονταν από τον Μωχάμεντ Άλυ της Αιγύπτου.
Για τη διοίκηση του νησιού οργανώθηκαν δύο διοικητικά συμβούλια, που λέγονταν σουράδες, ένα στο Ηράκλειο και ένα στα Χανιά, ενώ άλλα δύο μικρότερα οργανώθηκαν στο Ρέθυμνο και στα Σφακιά. Στα συμβούλια αυτά εκτός από τους Τούρκους αξιωματούχους, μετείχαν και ένας χριστιανός και ένας μουσουλμάνος από κάθε επαρχία. Αυτό ακριβώς ήταν μία φενάκη, καθώς η αντιπροσώπευση των χριστιανών ήταν πάντοτε μειοψηφία, ανίσχυρη να επιβάλει τις θέσεις και τις προτάσεις της.
Είναι πάντως βέβαιο τι η αιγυπτιακή κατοχή υπήρξε σε πολλά σημεία ευεργετική και βοήθησε στην ανασυγκρότηση του νησιού και στη επούλωση των μεγάλων πληγών της επανάστασης.
Ένα ευρύ πρόγραμμα έργων κοινωφελών άρχισε να εφαρμόζεται. Δρόμοι, γέφυρες, υδραγωγεία, λιμενικά έργα και άλλα άρχισαν να εκτελούνται στην Κρήτη για πρώτη φορά μετά την βενετοκρατία. Ιδιαίτερη μνεία έλαβε η αιγυπτιακή διοίκηση για την οργάνωση της παιδείας, με την ίδρυση και τη λειτουργία σχολείων για τους χριστιανούς και τους μουσουλμάνους. Το ίδιο έγινε και τη δικαιοσύνη, την κοινωνική πρόνοια και τη δημόσια υγεία. Έγινε επίσης απογραφή πληθυσμού και για πρώτη φορά εκδόθηκε στην Κρήτη εφημερίδα δίγλωσση, με τον τίτλο «Κρητική Εφημερίς» (1831).
Με πληροφορίες από: Ιστορία του Ελληνικού Έθνους, Εκδοτική Αθηνών
[…] ενός τόσου φιλόδοξου προγράμματος, όπως αυτό της αιγυπτιακής διοίκησης της Κρήτης, απαιτήθηκαν τεράστια ποσά, που […]