Οι Έλληνες του Πόντου, πριν τα ανθελληνικά μέτρα, που πάρθηκαν από τους Νεότουρκους εναντίον τους, είχαν την ισχυρότερη οικονομική θέση στην περιοχή. Τόσο ισχυρή που στήριξαν με επιτυχία εν μέσω αποκλεισμού την ίδρυση Τράπεζας των Αθηνών το 1909 στην Αμισό και το 1911 στην Πάφρα και κατάφεραν να μην εφαρμοστεί ο αποκλεισμός με αυστηρότητα, ύστερα από αίτηση και των μουσουλμάνων εμπόρων, καθώς θα ήταν καταστροφικό κάτι τέτοιο για το σύνολο της οικονομίας της περιοχής. Η αστική τουρκική τάξη της περιοχής είχε πολύ μικρή ισχύ και δυνατότητες για να αντικαταστήσει τη διωκόμενη ελληνική, στόχος που είχε αναδειχθεί στον κυριότερο σκοπό της νεοτουρκικής οικονομικής πολιτικής.
Σημνατικό πρόβλημα τους Έλληνες του Πόντου δημιούργησε η καθιέρωση υποχρεωτικής στράτευσης, η οποία οδήγησε σε κύμα μετανάστευσης το 1911, κυρίως προς τη Ρωσία, και το οποίο ήταν τέτοιας έκτασης που ώστε ο Έλληνας πρόξενος στη Τραπεζούντα αναφέρει σε έγγραφο του ότι «Αι χριστιανικαί κοινότητες διατελούσιν εν κοινωνική σχεδόν αποσυνθέσει». Μέχρι τότε οι χριστιανοί δεν στρατεύονταν και ως αντιστάθμισμα κατέβαλαν φόρο.
Η στράτευση τους χρησιμοποιήθηκε σαν ένα μέσο αποδυνάμωσης του ελληνικού στοιχείου, καθώς η θητεία ήταν βασανιστική, με άθλιες συνθήκες διαβίωσης, σκληρές τιμωρίες, κακουχίες, προπηλακισμούς και αδυναμία ελεύθερης άσκησης της λατρείας. Ο πατριάρχης επιχείρησε με υπομνήματα να παρέμβει, δίχως όμως αποτέλεσμα. Η δυνατότητα εξαγοράς της θητείας υπήρχε ως το 1913, αλλά και αυτό χρησιμοποιήθηκε ως μέσο για την οικονομική αφαίμαξη των Ελλήνων.
Στον Πόντο οι Έλληνες δωροδοκούσαν στρατολογικές επιτροπές ή αστυνομικούς για να απαλλαγούν ή να φύγουν στο εξωτερικό. Κατά τους Βαλκανικούς Πολέμους οι περισσότεροι έγιναν φυγόστρατοι ή λιποτάκτησαν, ενώ δεν έλειψαν και περιπτώσεις Ελλήνων του Πόντου που κατατάχθηκαν στο ελληνικό στρατό. Με πρόσχημα την σύλληψη των λιποτακτών καταδίωξαν τις οικογένειες τους, λεηλάτησαν ελληνικά χωριά και δημιούργησαν ένα κλίμα τρομοκρατίας του ελληνικού πληθυσμού. Όσοι συλλαμβάνονταν εκτελούνταν.
Το κύμα των φυγόστρατων και των λιποτακτών γενικεύτηκε τα επόμενα χρόνια. Οι περισσότεροι από αυτούς συγκεντρώθηκαν στα βουνά του Πόντου και εκεί δημιούργησαν τις πρώτες αντάρτικες ομάδες. Ήταν ο προπομπός του αντάρτικου, που θα ακολουθήσει μετά το 1916, κατά του οργανωμένου πλέον διωγμού των Ελλήνων. Μετά το 1914 η θητεία στον οθωμανικό στρατό μετατράπηκε καθαρά σε μέσον εξόντωσης των Ελλήνων. Οι Έλληνες δεν έπαιρναν τα όπλα και δεν εντάσσονταν σε στρατιωτικές μονάδες, αλλά αποτελούσαν τα διαβόητα εργατικά τάγματα, στα οποία έχασαν τη ζωή τους περίπου 80% των Ελλήνων του Πόντου.
Η στράτευση δημιούργησε πολυσχιδείς επιπτώσεις στην ελληνική κοινωνία του Πόντου, γιατί, καθώς αφορούσε το δυναμικότερο τμήμα της, τη νεολαία, κλόνισε τη οικονομική της δύναμη και έπληξε καίρια την πληθυσμιακή ισχύ του Ελληνισμού, αφαιρώντας μέρος από το σημαντικότερο τμήμα του, που θα μπορούσε να αντισταθεί δυναμικά στην πολιτική διωγμών των Νεότουρκων.
Η νεοτουρκική εκπαιδευτική πολιτική δύο, κυρίως, άξονες. Αρχικά θέλησαν να διαδώσουν την τουρκική γλώσσα σε όλους τους μη τουρκόφωνους των σχολείων, τα οποία δεν είχαν ιδιαίτερη επιτυχία με ειδικό φόρο που επέβαλε η κυβέρνηση μόνο στους χριστιανούς.
Παράλληλα κατάφεραν να καταργήσουν την αποκλειστική αρμοδιότητα που είχε το Πατριαρχείο για την ελληνική εκπαίδευση, παρά τα υπομνήματα διαμαρτυρίας. Παρακάμπτοντας τις κατά τόπους αρμόδιες εκκλησιαστικές αρχές έθεσαν τα ελληνικά σχολεία υπό τον άμεσο έλεγχο του οθωμανικού υπουργείου Παιδείας με διάφορες προφάσεις.
Στο πλαίσιο αυτής της πολιτικής απαγόρευσαν την πρόσληψη αλλοδαπών δασκάλων, απόφαση που συνδεόταν με τον γενικότερο διωγμό των Ελλήνων υπηκόων και προκάλεσε μεγάλη αναστάτωση, ιδιαίτερα στον Πόντο, καθώς οι περισσότεροι δάσκαλοι ήταν Ελλαδίτες, λόγω έλλειψης γηγενών μετά την εκρηκτική ανάπτυξη της ελληνικής εκπαίδευσης τον 20ο αιώνα.
Πέραν αυτών, το νεοτουρκικό κράτος προέβαλλε ποικίλων ειδών δυσκολίες κυρίως γραφειοκρατικές στην ανέγερση και συντήρηση των σχολείων. Παρά τα οποία, όμως, προβλήματα δημιούργησε, η νεοτουρκική εκπαιδευτική πολιτική δεν είχε ιδιαίτερα σοβαρές επιπτώσεις στην ακμάζουσα ελληνική εκπαίδευση του Πόντου, η οποία συνέχισε την ανοδική της πορεία μέχρι το 1914, με ελάχιστη βοήθεια από το ελληνικό κράτος, στηριζόμενη αποκλειστικά στις δικές της δυνάμεις.
Οι Νεότουρκοι εξαρχής στράφηκαν κατά των Ελλήνων, που αναδείχθηκαν στον κυριότερο στόχο της εθνικιστικής τους πολιτικής, γιατί ήταν το δυναμικότερο, οικονομικά και πολιτισμικά, στοιχείο της αυτοκρατορίας, μεγάλο πληθυσμιακά, εξαπλωμένο σε στρατηγικά σημεία των Βαλκανίων και της Μικράς Ασίας και το πιο επίφοβο να κυριαρχήσει σε περίπτωση ισοπολιτείας, στοιχεία που το καθιστούσαν το σημαντικότερο εμπόδιο για την επικράτηση των Τούρκων στο νέο κράτος.